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- PDB-8g2v: Cryo-EM structure of recombinant human LECT2 amyloid fibril core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g2v
タイトルCryo-EM structure of recombinant human LECT2 amyloid fibril core
要素Leukocyte cell-derived chemotaxin-2
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid / LECT2 / human / recombinant / fibril / protein / ALECT2 / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


skeletal system development / chemotaxis / extracellular space / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leukocyte cell-derived chemotaxin 2 / Leukocyte cell-derived chemotaxin 2, chordata / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte cell-derived chemotaxin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.715 Å
データ登録者Richards, L.S. / Flores, M.D. / Zink, S. / Schibrowsky, N.A. / Sawaya, M.R. / Rodriguez, J.A.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-02ER63421 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)Grant R35 GM128867 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)5T32GM008496 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)U24 GM129541 米国
引用ジャーナル: Structure / : 2023
タイトル: Cryo-EM structure of a human LECT2 amyloid fibril reveals a network of polar ladders at its core.
著者: Logan S Richards / Maria D Flores / Samantha Zink / Natalie A Schibrowsky / Michael R Sawaya / Jose A Rodriguez /
要旨: ALECT2 systemic amyloidosis is associated with deposition of the leukocyte cell-derived chemotaxin-2 (LECT2) protein in the form of fibrils. In ALECT2 amyloidosis, ALECT2 fibrils deposit in the ...ALECT2 systemic amyloidosis is associated with deposition of the leukocyte cell-derived chemotaxin-2 (LECT2) protein in the form of fibrils. In ALECT2 amyloidosis, ALECT2 fibrils deposit in the glomerulus, resulting in renal failure. Patients lack effective treatment options outside of renal transplant or dialysis. The structure of globular LECT2 has been determined but structures of ALECT2 amyloid fibrils remain unknown. Using single-particle cryo-EM, we find that recombinant human LECT2 forms robust twisting fibrils with canonical amyloid features. ALECT2 fibrils contain two mating protofilaments spanning residues 55-75 of the LECT2 sequence. The geometry of the ALECT2 fibril displays features in line with other pathogenic amyloids. Its core is tightly packed and stabilized by both hydrophobic contacts and hydrogen-bonded uncharged polar residues. The robustness of ALECT2 fibril cores is illustrated by their resistance to denaturants and proteases. This ALECT2 fibril structure presents a potential new target for treatments against ALECT2 systemic amyloidosis.
履歴
登録2023年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2
B: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2
C: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2
D: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2
E: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2
F: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2
G: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2
H: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2
I: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2
J: Leukocyte cell-derived chemotaxin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,89810
ポリマ-23,89810
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Leukocyte cell-derived chemotaxin-2 / LECT-2 / hLECT2


分子量: 2389.752 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LECT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14960

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Recombinant human LECT2 amyloid fibril core. / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm
撮影電子線照射量: 1.3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置位相板: VOLTA PHASE PLATE

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.13次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: 179.49 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.345 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 1622942
3次元再構成解像度: 2.715 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24770 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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