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- PDB-8g2m: The tumor activated anti-CTLA-4 monoclonal antibody XTX101 demons... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g2m
タイトルThe tumor activated anti-CTLA-4 monoclonal antibody XTX101 demonstrates tumor-growth inhibition and tumor-selective pharmacodynamics in mouse models of cancer
要素
  • Heavy chain of humanized IgG
  • Light chain of humanized IgG
  • masking peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Engineered antibody
機能・相同性CITRIC ACID
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Peptide display vector fth1 (その他)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Williams, J.C. / Williams, J.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: J Immunother Cancer / 年: 2023
タイトル: XTX101, a tumor-activated, Fc-enhanced anti-CTLA-4 monoclonal antibody, demonstrates tumor-growth inhibition and tumor-selective pharmacodynamics in mouse models of cancer.
著者: Jenkins, K.A. / Park, M. / Pederzoli-Ribeil, M. / Eskiocak, U. / Johnson, P. / Guzman, W. / McLaughlin, M. / Moore-Lai, D. / O'Toole, C. / Liu, Z. / Nicholson, B. / Flesch, V. / Qiu, H. / ...著者: Jenkins, K.A. / Park, M. / Pederzoli-Ribeil, M. / Eskiocak, U. / Johnson, P. / Guzman, W. / McLaughlin, M. / Moore-Lai, D. / O'Toole, C. / Liu, Z. / Nicholson, B. / Flesch, V. / Qiu, H. / Clackson, T. / O'Hagan, R.C. / Rodeck, U. / Karow, M. / O'Neil, J. / Williams, J.C.
履歴
登録2023年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: masking peptide
H: Heavy chain of humanized IgG
L: Light chain of humanized IgG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1034
ポリマ－46,9113
非ポリマー1921
水9,746541
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.180, 55.230, 73.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-591-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド masking peptide


分子量: 992.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Peptide display vector fth1 (その他)
#2: 抗体 Heavy chain of humanized IgG


分子量: 23624.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Light chain of humanized IgG


分子量: 22294.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium Citrate Dibasic pH 5.0, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→28.98 Å / Num. obs: 42381 / % possible obs: 96.99 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0645 / Rpim(I) all: 0.0228 / Rrim(I) all: 0.06861 / Net I/σ(I): 21.67
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / Rmerge(I) obs: 0.5691 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 3390 / CC1/2: 0.848 / Rpim(I) all: 0.3137

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→28.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.741 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21395 2120 5.1 %RANDOM
Rwork0.1798 ---
obs0.18155 39463 97.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.199 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0.3 Å2
2---0.18 Å2-0 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3298 0 13 541 3852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0163456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2821.814718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4441.5637114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1195.12458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.50310550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02678
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8320.9261756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8270.9261756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4711.3712197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4711.3722198
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5591.1751700
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4091.1651697
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8051.6432516
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.28717.533805
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.16214.1023625
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 108 -
Rwork0.259 2320 -
obs--76.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.193-1.3462-7.70280.7849-0.235817.0596-0.0178-0.07470.6350.32470.2745-0.2453-1.1507-0.8038-0.25670.28770.1177-0.01830.21190.00790.2423-34.59232.9018.323
25.0702-0.51442.62554.087-0.52232.84040.00311.0271-0.24040.2681-0.0492-0.7928-0.14850.79130.04610.0399-0.0187-0.09750.2561-0.04110.2911-8.48227.17810.776
34.3389-0.41523.8831.56240.47483.95570.06990.21980.0938-0.1459-0.0471-0.2483-0.04150.2103-0.02270.0733-0.0394-0.02170.12850.0680.0806-17.64131.7242.571
43.26740.3020.35823.82170.61234.05960.0079-0.14580.19380.35310.0007-0.0649-0.3457-0.0875-0.00860.11050.0108-0.04440.0196-0.00870.0547-20.95731.47314.256
53.1925-2.21482.36892.9049-0.68825.8877-0.1847-0.34220.29160.43270.3072-0.1292-0.2588-0.5614-0.12260.22330.0252-0.07620.09160.05280.1856-11.72431.26817.79
63.419-1.74520.72742.2918-1.26060.8621-0.13860.33170.47390.1268-0.123-0.4057-0.13170.12060.26150.0529-0.0415-0.05310.07720.0670.1038-10.9219.91613.412
74.1904-2.34312.065913.13530.55883.5094-0.02460.1547-0.36160.45780.0438-0.32320.44490.1343-0.01920.08640.02320.02630.18440.02880.11317.163-4.0324.196
82.4419-1.01680.76516.82190.94721.4153-0.10220.35830.2333-0.292-0.0447-0.5333-0.00810.34860.14690.0998-0.01070.00610.25090.06320.10297.0913.20717.868
96.3373-4.505-2.08619.52292.04462.47530.0907-0.30750.04870.2705-0.0328-0.46630.1528-0.0516-0.0580.1205-0.0139-0.02730.07060.03260.044-28.1950.82117.496
102.79540.51432.72775.87480.15324.5185-0.04990.1501-0.03560.126-0.01660.1182-0.1562-0.14090.06650.01710.0076-0.0110.0567-0.01510.0193-26.33713.89610.534
112.0796-1.6484-0.14596.13412.84825.55410.03680.137-0.1133-0.0469-0.19120.1433-0.1128-0.28470.15440.01610.006-0.01160.077-0.01330.0134-34.3868.7879.35
122.1441-1.88370.169210.6739-0.66291.5064-0.04240.0099-0.10230.6165-0.00810.1047-0.0536-0.1210.05050.0477-0.0174-0.0060.09780.00610.015-26.35310.64415.148
135.79861.8823.13232.44281.2462.1910.00450.11360.0845-0.0491-0.0539-0.0533-0.0620.08570.04940.05270.0163-0.03150.0560.00640.0328-0.928-3.47429.757
142.69270.94710.29390.41910.94688.40480.08520.0054-0.18390.0467-0.0269-0.06630.2753-0.5325-0.05840.17350.007-0.05360.1204-0.01520.0893-2.7591.31938.061
155.78781.06244.0822.19750.97364.51770.01590.15030.08170.075-0.0737-0.06520.00180.25150.05790.02070.0178-0.00070.0569-0.00050.03290.219-1.59931.779
1617.49372.64636.51283.16080.63993.80610.55870.0011-0.82070.1283-0.1442-0.19210.42190.1129-0.41440.14360.0116-0.010.0721-0.01510.1044-0.968-10.80534.699
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN F AND RESID 1:9 )F1 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 1:17 )H1 - 17
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 18:32 )H18 - 32
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 33:76 )H33 - 76
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN H AND RESID 77:91 )H77 - 91
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN H AND RESID 92:130 )H92 - 130
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN H AND RESID 131:151 )H131 - 151
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 152:221 )H152 - 221
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN L AND RESID 9:25 )L9 - 25
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN L AND RESID 26:48 )L26 - 48
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN L AND RESID 49:75 )L49 - 75
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN L AND RESID 76:107 )L76 - 107
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN L AND RESID 108:150 )L108 - 150
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN L AND RESID 151:163 )L151 - 163
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN L AND RESID 164:197 )L164 - 197
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN L AND RESID 198:213 )L198 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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