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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g2l | ||||||
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タイトル | Horse liver alcohol dehydrogense His-51 Gln form complexed with NAD+ and 2,2,2-trifluoroethanol | ||||||
![]() | Alcohol dehydrogenase E chain | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase horse liver His-48 Gln substitution complex with NAD+ and trifluoroethanol | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Plapp, B.V. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Histidine-51 facilitates deprotonation of the zinc-bound ligand during catalysis by horse liver alcohol dehydrogenase 著者: Plapp, B.V. / Kovaleva, E.G. #1: ![]() タイトル: Atomic-resolution structures of horse liver alcohol dehydrogenase with NAD(+) and fluoroalcohols define strained Michaelis complexes. 著者: Plapp, B.V. / Ramaswamy, S. #2: ![]() タイトル: Participation of histidine-51 in catalysis by horse liver alcohol dehydrogenase. 著者: LeBrun, L.A. / Park, D.H. / Ramaswamy, S. / Plapp, B.V. #3: ![]() タイトル: Proton Transfer In The Mechanism Of Horse Liver Alcohol Dehydrogenase 著者: Kovaleva, E.G. #4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Control of coenzyme binding to horse liver alcohol dehydrogenase. 著者: Plapp, B.V. / LeBrun, L.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 176.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 137.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 39843.258 Da / 分子数: 2 / 変異: H51Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 678分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NAJ.gif)
![](data/chem/img/ETF.gif)
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![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAJ.gif)
![](data/chem/img/ETF.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MRD / ( | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: block |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: batch mode / pH: 7 詳細: 10 mg/ml protein, 50 mM ammonium N-[tris(hydroxymethyl)methyl]-2-aminiomethanesulfonate and 0.25 mM EDTA, 2 mM NAD+, 0.1 mM 2,2,2-trifluoroetanol, 13% MPD, crystals soaked with 25% MPD, and ...詳細: 10 mg/ml protein, 50 mM ammonium N-[tris(hydroxymethyl)methyl]-2-aminiomethanesulfonate and 0.25 mM EDTA, 2 mM NAD+, 0.1 mM 2,2,2-trifluoroetanol, 13% MPD, crystals soaked with 25% MPD, and 100 mM trifluoroethanol Temp details: oH 6,7 at 298 K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月24日 / 詳細: confocal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: graphie / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.42→19.87 Å / Num. obs: 121088 / % possible obs: 87.2 % / 冗長度: 6.16 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.18 / Net I/σ(I): 17.2 / Num. measured all: 751297 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.355 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.42→19.88 Å
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拘束条件 |
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