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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g1m | |||||||||
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タイトル | Lectin domain of SasG (Staphylococcus aureus Surface protein G) | |||||||||
要素 | E domain-containing protein | |||||||||
キーワード | CELL ADHESION / bacterial lectin / cell wall-attached protein / glycan binding | |||||||||
機能・相同性 | : 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å | |||||||||
データ登録者 | Maciag, J.J. / Herr, A.B. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Mechanistic basis of staphylococcal interspecies competition for skin colonization 著者: Maciag, J.J. / Herr, A.B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8g1m.cif.gz | 67.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8g1m.ent.gz | 46.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8g1m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8g1m_validation.pdf.gz | 400 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8g1m_full_validation.pdf.gz | 400.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8g1m_validation.xml.gz | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8g1m_validation.cif.gz | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/8g1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/8g1m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8g1lC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27953.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: 502a / 遺伝子: KX797_01590 / プラスミド: pDest-HisMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: A0A8F7RQ58 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.5 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 100 mM Tris (pH 7.9), 40 mM Na Formate, 40 mM CaCl2, and 14-20% BCS PEG SMEAR Low (Molecular Dimensions, CalibreScientific) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→39.41 Å / Num. obs: 16284 / % possible obs: 99.03 % / 冗長度: 11.5 % / CC1/2: 0.801 / CC star: 0.943 / Net I/σ(I): 141.31 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→1.999 Å / Mean I/σ(I) obs: 25 / Num. unique obs: 1613 / CC1/2: 0.756 / CC star: 0.928 / % possible all: 98.59 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.93→39.4065 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.6 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.93→39.4065 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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