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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g1l | |||||||||
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タイトル | Lectin domain of Aap (Staphylococcus epidermidis Accumulation Associated Protein) | |||||||||
![]() | Accumulation associated protein | |||||||||
![]() | CELL ADHESION / bacterial lectin / cell wall-attached protein / glycan binding | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Maciag, J.J. / Herr, A.B. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanistic basis of staphylococcal interspecies competition for skin colonization 著者: Maciag, J.J. / Herr, A.B. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 169 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 133.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8g1mC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 27437.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: aap, SERP2398 / プラスミド: pDest-HisMBP / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 352分子 








#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PG0 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.72 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM Na Acetate (pH 4.5), 22.5% BCS PEG SMEAR High (Molecular Dimensions, CalibreScientific), pentanediol and 100 mM BisTris (pH 6.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 183 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9778 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.06→42.7658 Å / Num. obs: 121879 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 8.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.09085 / Rpim(I) all: 0.03388 / Rrim(I) all: 0.09719 / Net I/σ(I): 14.88 |
反射 シェル | 解像度: 1.06→1.098 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5542 / Mean I/σ(I) obs: 4.39 / Num. unique obs: 11899 / CC1/2: 0.911 / Rpim(I) all: 0.2158 / Rrim(I) all: 0.596 / % possible all: 98.48 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.06→42.7658 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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