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- PDB-8g0p: Crystal structure of the human Ndc80:Nuf2 loop region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g0p
タイトルCrystal structure of the human Ndc80:Nuf2 loop region
要素
  • Kinetochore protein NDC80 homolog
  • Kinetochore protein Nuf2
キーワードCELL CYCLE / Cell division / chromosome segregation / kinetochore / Ndc80 complex / Ndc80 / Nuf2 / loop / hinge / human
機能・相同性
機能・相同性情報


G2/MI transition of meiotic cell cycle / kinetochore adaptor activity / skeletal muscle satellite cell proliferation / Ndc80 complex / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / meiotic chromosome segregation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / outer kinetochore ...G2/MI transition of meiotic cell cycle / kinetochore adaptor activity / skeletal muscle satellite cell proliferation / Ndc80 complex / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / meiotic chromosome segregation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / outer kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / spindle assembly involved in female meiosis I / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic sister chromatid segregation / centrosome duplication / chromosome, centromeric region / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / cyclin binding / mitotic spindle organization / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / regulation of protein stability / kinetochore / Separation of Sister Chromatids / mitotic cell cycle / microtubule binding / cell division / centrosome / protein-containing complex binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinetochore protein Nuf2, N-terminal / Nuf2, N-terminal domain superfamily / Nuf2 family / Kinetochore protein Ndc80 / Ndc80 domain superfamily / Domain of unknown function DUF5595 / HEC/Ndc80p family / Domain of unknown function (DUF5595)
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinetochore protein NDC80 homolog / Kinetochore protein Nuf2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zahm, J.A. / Jenni, S. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)GM124165 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2023
タイトル: Structure of the Ndc80 complex and its interactions at the yeast kinetochore-microtubule interface.
著者: Zahm, J.A. / Jenni, S. / Harrison, S.C.
履歴
登録2023年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinetochore protein NDC80 homolog
B: Kinetochore protein Nuf2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2192
ポリマ－28,2192
非ポリマー00
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.903, 72.259, 80.065
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.560, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Kinetochore protein NDC80 homolog / Highly expressed in cancer protein / Kinetochore protein Hec1 / HsHec1 / Kinetochore-associated ...Highly expressed in cancer protein / Kinetochore protein Hec1 / HsHec1 / Kinetochore-associated protein 2 / Retinoblastoma-associated protein HEC


分子量: 16652.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NDC80, HEC, HEC1, KNTC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14777
#2: タンパク質 Kinetochore protein Nuf2 / hNuf2 / hNuf2R / hsNuf2 / Cell division cycle-associated protein 1


分子量: 11567.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUF2, CDCA1, NUF2R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BZD4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.1 M TRIS pH 8.6, and 0.2 M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→40.75 Å / Num. obs: 36742 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 47.1 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 4.03 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1005 / CC1/2: 0.33 / Rpim(I) all: 1.82 / Rrim(I) all: 4.44 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→40.75 Å / SU ML: 0.3084 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 39.4717
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2968 1836 5 %
Rwork0.26 34906 -
obs0.262 36742 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1970 0 0 13 1983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00261995
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45622668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0277297
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033346
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.6001260
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.4991280.51492440X-RAY DIFFRACTION91.39
2.05-2.110.44241310.48232657X-RAY DIFFRACTION97.76
2.11-2.180.42891780.44762723X-RAY DIFFRACTION99.18
2.18-2.260.40391390.38192664X-RAY DIFFRACTION98.94
2.26-2.350.37011640.32972655X-RAY DIFFRACTION98.22
2.35-2.460.33091550.3012716X-RAY DIFFRACTION98.59
2.46-2.590.3311230.28362763X-RAY DIFFRACTION99.38
2.59-2.750.36231510.28882712X-RAY DIFFRACTION99.51
2.75-2.960.3521420.2562686X-RAY DIFFRACTION99.4
2.96-3.260.27781110.27092740X-RAY DIFFRACTION99.41
3.26-3.730.30121390.25152704X-RAY DIFFRACTION98.96
3.73-4.70.21091270.2012741X-RAY DIFFRACTION99.86
4.7-40.750.27571480.22662705X-RAY DIFFRACTION98.72
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.5160948454 Å / Origin y: 3.20932480929 Å / Origin z: 29.4258775818 Å
111213212223313233
T0.673901053404 Å20.0321103241127 Å20.0158146086533 Å2-0.687879151338 Å2-0.0450110512032 Å2--0.558401897984 Å2
L-0.0061328170901 °2-0.314891142814 °2-0.787308253579 °2-0.287526116768 °20.979972770059 °2--1.84164670038 °2
S0.166046357282 Å °-0.026156265894 Å °0.0729343219773 Å °-0.184470327445 Å °0.0145180593242 Å °-0.0810856715833 Å °-0.614391857945 Å °-0.0566112890914 Å °0.0153445629062 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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