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Yorodumi- PDB-8g0q: Crystal structure of the yeast Ndc80:Nuf2 head region with a boun... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8g0q | |||||||||
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Title | Crystal structure of the yeast Ndc80:Nuf2 head region with a bound Dam1 segment | |||||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / Cell division / chromosome segregation / kinetochore / Ndc80 complex / Ndc80 / Nuf2 / Dam1 / DASH-Dam1 complex / phospho-regulation | |||||||||
Function / homology | Function and homology information mitotic spindle polar microtubule / Ndc80 complex / DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle pole body / meiotic chromosome segregation / attachment of spindle microtubules to kinetochore ...mitotic spindle polar microtubule / Ndc80 complex / DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle pole body / meiotic chromosome segregation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / spindle pole body / protein localization to kinetochore / positive regulation of microtubule polymerization / mitotic spindle organization / chromosome segregation / spindle microtubule / kinetochore / mitotic spindle / cell division / protein-containing complex binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.22 Å | |||||||||
Authors | Zahm, J.A. / Jenni, S. / Harrison, S.C. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Open Biology / Year: 2023 Title: Structure of the Ndc80 complex and its interactions at the yeast kinetochore-microtubule interface. Authors: Zahm, J.A. / Jenni, S. / Harrison, S.C. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8g0q.cif.gz | 701.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8g0q.ent.gz | 493.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8g0q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/8g0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/8g0q | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8g0pC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.461041106313, 0.0351179656091, -0.886683611432), (-0.0168689639251, -0.999382890624, -0.0308103226908), (-0.887218426514, 0.000752608594985, 0.461348997218)Vector: ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.461041106313, 0.0351179656091, -0.886683611432), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 34124.867 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 106-318,residues 621-691 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Gene: NDC80, HEC1, TID3, YIL144W / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P40460 #2: Protein | Mass: 26892.664 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Gene: DAM1, YGR113W, G6153, NUF2, YOL069W / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P53267, UniProt: P33895 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.32 Å3/Da / Density % sol: 71.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 12% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M ADA buffer pH 6.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 26, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.22→99.9 Å / Num. obs: 24938 / % possible obs: 93.6 % / Redundancy: 70.6 % / Biso Wilson estimate: 80.04 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 16.2 |
Reflection shell | Resolution: 3.22→3.54 Å / Rmerge(I) obs: 3.44 / Num. unique obs: 1549 / CC1/2: 0.51 / Rpim(I) all: 0.418 / Rrim(I) all: 3.55 / % possible all: 75.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.22→99.86 Å / SU ML: 0.4157 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 33.6146 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 92.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.22→99.86 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 1.65797192021 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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