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- PDB-8g0m: Structure of complex between TV6.6 and CD98hc ECD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8g0m
タイトルStructure of complex between TV6.6 and CD98hc ECD
要素
  • 4F2 cell-surface antigen heavy chain
  • TV 6.6 Fc fragment
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transport vehicle
機能・相同性
機能・相同性情報


neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / methionine transport / tyrosine transport / L-histidine transport / apical pole of neuron / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / amino acid transport complex / : / L-leucine import across plasma membrane ...neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / methionine transport / tyrosine transport / L-histidine transport / apical pole of neuron / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / amino acid transport complex / : / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / isoleucine transport / L-alanine import across plasma membrane / phenylalanine transport / valine transport / L-leucine transmembrane transporter activity / calcium:sodium antiporter activity / L-leucine transport / thyroid hormone transport / proline transport / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Tryptophan catabolism / exogenous protein binding / anchoring junction / Basigin interactions / amino acid transport / response to exogenous dsRNA / tryptophan transport / basal plasma membrane / calcium ion transport / double-stranded RNA binding / melanosome / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / cadherin binding / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / synapse / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amino acid transporter heavy chain SLC3A2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Kariolis, M.S. / Lexa, K. / Liau, N.P.D. / Srivastava, D. / Tran, H. / Wells, R.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: CD98hc is a target for brain delivery of biotherapeutics.
著者: Chew, K.S. / Wells, R.C. / Moshkforoush, A. / Chan, D. / Lechtenberg, K.J. / Tran, H.L. / Chow, J. / Kim, D.J. / Robles-Colmenares, Y. / Srivastava, D.B. / Tong, R.K. / Tong, M. / Xa, K. / ...著者: Chew, K.S. / Wells, R.C. / Moshkforoush, A. / Chan, D. / Lechtenberg, K.J. / Tran, H.L. / Chow, J. / Kim, D.J. / Robles-Colmenares, Y. / Srivastava, D.B. / Tong, R.K. / Tong, M. / Xa, K. / Yang, A. / Zhou, Y. / Akkapeddi, P. / Annamalai, L. / Bajc, K. / Blanchette, M. / Cherf, G.M. / Earr, T.K. / Gill, A. / Huynh, D. / Joy, D. / Knight, K.N. / Lac, D. / Leung, A.W. / Lexa, K.W. / Liau, N.P.D. / Becerra, I. / Malfavon, M. / McInnes, J. / Nguyen, H.N. / Lozano, E.I. / Pizzo, M.E. / Roche, E. / Sacayon, P. / Calvert, M.E.K. / Daneman, R. / Dennis, M.S. / Duque, J. / Gadkar, K. / Lewcock, J.W. / Mahon, C.S. / Meisner, R. / Solanoy, H. / Thorne, R.G. / Watts, R.J. / Zuchero, Y.J.Y. / Kariolis, M.S.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: CD98hc is a target for brain delivery of biotherapeutics.
著者: Chew, K.S. / Wells, R.C. / Moshkforoush, A. / Chan, D. / Lechtenberg, K.J. / Tran, H.L. / Chow, J. / Kim, D.J. / Robles-Colmenares, Y. / Srivastava, D.B. / Tong, R.K. / Tong, M. / Xa, K. / ...著者: Chew, K.S. / Wells, R.C. / Moshkforoush, A. / Chan, D. / Lechtenberg, K.J. / Tran, H.L. / Chow, J. / Kim, D.J. / Robles-Colmenares, Y. / Srivastava, D.B. / Tong, R.K. / Tong, M. / Xa, K. / Yang, A. / Zhou, Y. / Akkapeddi, P. / Annamalai, L. / Bajc, K. / Blanchette, M. / Cherf, G.M. / Earr, T.K. / Gill, A. / Huynh, D. / Joy, D. / Knight, K.N. / Lac, D. / Leung, A.W. / Lexa, K.W. / Liau, N.P.D. / Becerra, I. / Malfavon, M. / McInnes, J. / Nguyen, H.N. / Lozano, E.I. / Pizzo, M.E. / Roche, E. / Sacayon, P. / Calvert, M.E.K. / Daneman, R. / Dennis, M.S. / Duque, J. / Gadkar, K. / Lewcock, J.W. / Mahon, C.S. / Meisner, R. / Solanoy, H. / Thorne, R.G. / Watts, R.J. / Zuchero, Y.J.Y. / Kariolis, M.S.
履歴
登録2023年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
B: TV 6.6 Fc fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6369
ポリマ－72,7092
非ポリマー1,9277
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5160 Å2
ΔGint34 kcal/mol
Surface area27710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.152, 167.126, 83.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-607-

HOH

21B-707-

HOH

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要素

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タンパク質 / 抗体 / 糖 , 3種, 3分子 AB

#1: タンパク質 4F2 cell-surface antigen heavy chain / CD98 heavy chain / CD98hc / 4F2hc / 4F2 heavy chain antigen / Lymphocyte activation antigen 4F2 ...CD98 heavy chain / CD98hc / 4F2hc / 4F2 heavy chain antigen / Lymphocyte activation antigen 4F2 large subunit / Solute carrier family 3 member 2


分子量: 46951.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC3A2, MDU1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08195
#2: 抗体 TV 6.6 Fc fragment


分子量: 25757.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1422.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4-5/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 163分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 10% Glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.5, 5% PEG 3000, 30% PEG 40

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.18071 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18071 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→44.681 Å / Num. obs: 45610 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4148 / Rrim(I) all: 1.07 / Rsym value: 0.994 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IRS

6irs


解像度: 2.25→44.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.95 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 2335 5.119 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs-45610 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 63.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.128 Å20 Å20 Å2
2--0.032 Å20 Å2
3----0.161 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→44.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4894 0 129 157 5180
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0125146
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164833
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2191.6536988
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.421.57111184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8515617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.418525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.79510844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021147
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2906
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1570.265
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.22455
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.6756.3492477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.6756.3492477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.18111.4093091
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.17911.4093092
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8016.7732669
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.8016.7732670
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.50812.1993897
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.50712.1993898
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 162 -
Rwork0.334 3164 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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