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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8g0i | ||||||
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タイトル | High Affinity nanobodies against GFP | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Nanobody / nanobodies / GFP / green fluorescent protein / high-affinity antibody variant / antibody variant / single-domain antibody | ||||||
機能・相同性 | Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) Lama glama (ラマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Ketaren, N.E. / Rout, M.P. / Almo, S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023 タイトル: Unique Binding and Stabilization Mechanisms Employed By and Engineered Into Nanobodies 著者: Ketaren, N.E. / Fridy, P.C. / Malashkevich, V. / Sanyal, T. / Brillantes, M. / Thompson, M.K. / Oren, D.A. / Bonanno, J.B. / Sali, A. / Almo, S.C. / Chait, B.T. / Rout, M.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8g0i.cif.gz | 205.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8g0i.ent.gz | 165.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8g0i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8g0i_validation.pdf.gz | 445.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8g0i_full_validation.pdf.gz | 449.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8g0i_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8g0i_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/8g0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/8g0i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28794.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212 | ||||||
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#2: 抗体 | 分子量: 14780.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.16 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium chloride, 20% (w/v) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0705 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0705 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 19251 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Χ2: 1.529 / Net I/av σ(I): 33.886 / Net I/σ(I): 23.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique obs: 864 / Rsym value: 0.726 / Χ2: 0.835 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→44.65 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 22.98 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 18.0606 Å / Origin y: 93.5342 Å / Origin z: 62.2825 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |