+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fzr | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of yeast Arginyltransferase 1 (ATE1) | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | TRANSFERASE/RNA / Arginyltransferase / post-translational modification / enzyme / TRANSFERASE-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() protein arginylation / arginyltransferase / arginyl-tRNA--protein transferase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
![]() | Huang, W. / Zhang, Y. / Taylor, D.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The structural basis of tRNA recognition by arginyl-tRNA-protein transferase. 著者: Thilini Abeywansha / Wei Huang / Xuan Ye / Allison Nawrocki / Xin Lan / Eckhard Jankowsky / Derek J Taylor / Yi Zhang / ![]() 要旨: Arginyl-tRNA-protein transferase 1 (ATE1) is a master regulator of protein homeostasis, stress response, cytoskeleton maintenance, and cell migration. The diverse functions of ATE1 arise from its ...Arginyl-tRNA-protein transferase 1 (ATE1) is a master regulator of protein homeostasis, stress response, cytoskeleton maintenance, and cell migration. The diverse functions of ATE1 arise from its unique enzymatic activity to covalently attach an arginine onto its protein substrates in a tRNA-dependent manner. However, how ATE1 (and other aminoacyl-tRNA transferases) hijacks tRNA from the highly efficient ribosomal protein synthesis pathways and catalyzes the arginylation reaction remains a mystery. Here, we describe the three-dimensional structures of Saccharomyces cerevisiae ATE1 with and without its tRNA cofactor. Importantly, the putative substrate binding domain of ATE1 adopts a previously uncharacterized fold that contains an atypical zinc-binding site critical for ATE1 stability and function. The unique recognition of tRNA by ATE1 is coordinated through interactions with the major groove of the acceptor arm of tRNA. Binding of tRNA induces conformational changes in ATE1 that helps explain the mechanism of substrate arginylation. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 135.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 98.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 833.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 847.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 29638MC ![]() 8e3sC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58001.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ATE1, YGL017W 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P16639, arginyltransferase |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 24789.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: GenBank: 1845826323 |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: yeast Arginyltransferase 1 bound to Arg tRNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.1 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 25000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 5000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 208051 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 0 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|