PDB-8fzp: Crystal structure of polyreactive 43G10 mouse Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fzp

タイトル

Crystal structure of polyreactive 43G10 mouse Fab

要素

43G10 Fab heavy chain
43G10 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Polyreactivity / Polyspecificity / Fab / Immunoglobulin A

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Borowska, M.T. / Adams, E.J.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI147954	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI115471	米国

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Biochemical and biophysical characterization of natural polyreactivity in antibodies.
著者: Borowska, M.T. / Boughter, C.T. / Bunker, J.J. / Guthmiller, J.J. / Wilson, P.C. / Roux, B. / Bendelac, A. / Adams, E.J.

履歴

登録	2023年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fzp.cif.gz	123.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fzp.ent.gz	80.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fzp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fzp_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fzp_full_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示
XML形式データ	8fzp_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	8fzp_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/8fzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/8fzp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fzoC 8g19C 8g1bC 8g1cC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 43G10 Fab heavy chain

B: 43G10 Fab light chain

49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.240, 108.470, 115.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: 抗体	43G10 Fab heavy chain 分子量: 24195.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: 抗体	43G10 Fab light chain 分子量: 25285.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.85 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 16% PEG 4000, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5, 10% Isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→79.15 Å / Num. obs: 97569 / % possible obs: 99.33 % / 冗長度: 23 % / B_iso Wilson estimate: 26.58 Å² / CC_1/2: 0.741 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 1.634→1.692 Å / Num. unique obs: 9583 / CC_1/2: 0.0942

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.63→79.15 Å / SU ML: 0.2706 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.8347
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2455	4874	5.03 %
R_work	0.2242	92104	-
obs	0.2253	96978	99.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→79.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3436	0	0	299	3735

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0065	3554
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.874	4838
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0561	545
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	616
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.4425	1282

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.65	0.5211	115	0.4412	2801	X-RAY DIFFRACTION	91.01
1.65-1.67	0.4338	157	0.4246	2927	X-RAY DIFFRACTION	96.07
1.67-1.69	0.39	173	0.4015	2989	X-RAY DIFFRACTION	98.26
1.69-1.71	0.4323	168	0.3894	3007	X-RAY DIFFRACTION	99.13
1.71-1.74	0.386	162	0.3714	3067	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.74-1.76	0.3445	155	0.3558	3034	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.76-1.79	0.3726	159	0.3389	3074	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.79-1.81	0.3511	151	0.324	3066	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.81-1.84	0.3098	158	0.3119	3053	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.84-1.87	0.3328	136	0.3137	3099	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.87-1.9	0.3116	158	0.2997	3032	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.9-1.94	0.3335	155	0.2821	3094	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.94-1.97	0.2943	153	0.2613	3037	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.97-2.01	0.2593	174	0.2422	3086	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.01-2.06	0.2811	175	0.2418	3046	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.06-2.11	0.2673	179	0.231	3019	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.11-2.16	0.2732	168	0.2307	3096	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.16-2.22	0.2856	161	0.2271	3074	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.22-2.28	0.2644	175	0.2308	3041	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.28-2.36	0.2331	165	0.2279	3087	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.36-2.44	0.2812	172	0.2331	3083	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.44-2.54	0.2687	156	0.223	3096	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.54-2.65	0.2327	164	0.2308	3102	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.65-2.79	0.2764	174	0.2233	3087	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.79-2.97	0.2357	134	0.2306	3142	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.97-3.2	0.2345	156	0.2259	3127	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.2-3.52	0.2473	186	0.2057	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-4.03	0.2178	184	0.1878	3136	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.03-5.08	0.1766	165	0.1578	3171	X-RAY DIFFRACTION	99.7
5.08-79.15	0.1871	186	0.2014	3326	X-RAY DIFFRACTION	99.52

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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