PDB-8fza: Class I type III preQ1 riboswitch from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fza

タイトル

Class I type III preQ1 riboswitch from E. coli

要素

PreQ1 Riboswitch (30-MER)

キーワード

RNA / riboswitch / prequeuosine1 / preQ1 / pseudoknot / A-amino kissing / bound state

機能・相同性

: / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / : / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Wedekind, J.E. / Schroeder, G.M. / Jenkins, J.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure and function analysis of a type III preQ 1 -I riboswitch from Escherichia coli reveals direct metabolite sensing by the Shine-Dalgarno sequence.
著者: Schroeder, G.M. / Kiliushik, D. / Jenkins, J.L. / Wedekind, J.E.

履歴

登録	2023年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8fza.ent.gz	56.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8fza_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fza_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	8fza_validation.xml.gz	4.3 KB	表示
CIF形式データ	8fza_validation.cif.gz	5.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/8fza ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/8fza	HTTPS FTP

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関連構造データ

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登録構造単位

A: PreQ1 Riboswitch (30-MER)

B: PreQ1 Riboswitch (30-MER)

ヘテロ分子

19.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: PreQ1 Riboswitch (30-MER)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry, One equivalent of riboswitch 30-mer binds one equivalent of preQ1 ligand., homology, Other homologous preQ1 riboswitches of class 1 type I and type II form ...根拠: isothermal titration calorimetry, One equivalent of riboswitch 30-mer binds one equivalent of preQ1 ligand., homology, Other homologous preQ1 riboswitches of class 1 type I and type II form similar tertiary structures. They do not form higher order assemblies in gel filtration.
9.82 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PreQ1 Riboswitch (30-MER)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
9.82 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.739, 32.272, 51.206
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.930, 90.000
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121
Space group name Hall	P2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z

#1: RNA鎖	PreQ1 Riboswitch (30-MER) 分子量: 9533.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: DADKPC010000024.1
#2: 化合物	ChemComp-PRF / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / 2-アミノ-5-(アミノメチル)-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4(3H)-オン分子量: 179.179 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₉N₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.82 % / 解説: flat parallel piped
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 31% MPD, 0.05 M Na-cacodylate pH 6.0, 0.012 spermine-HCl, 0.1 M KCl and 0.002 M MgCl2, 0.005 M MnCl2-tetrahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.85 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月4日詳細: Flat Si Rh coated M0, Kirkpatrick-Baez flat bent Si M1 & M2
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.85 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→36.53 Å / Num. obs: 12805 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 22 % / B_iso Wilson estimate: 52.92 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.024 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 16.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1388 / CC_1/2: 0.917 / R_pim(I) all: 0.271 / Χ²: 0.74 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	2022	データ収集
XDS	version 10-Jan-2022	データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	位相決定
Coot	0.9.8.5	モデル構築
PHENIX	1.19.2_4158	モデル構築
PHENIX	1.20.1_4487	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→36.53 Å / SU ML: 0.3486 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.9496
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2522	1282	10.01 %
R_work	0.2053	11523	-
obs	0.2099	12805	97.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	1167	30	31	1228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0016	1329
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4647	2062
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0227	275
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0026	59
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.5876	676

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.39	0.4027	140	0.3816	1248	X-RAY DIFFRACTION	96.66
2.39-2.5	0.4077	149	0.3236	1325	X-RAY DIFFRACTION	97.55
2.5-2.63	0.3669	139	0.3041	1244	X-RAY DIFFRACTION	95.71
2.63-2.8	0.3324	141	0.3039	1285	X-RAY DIFFRACTION	98.01
2.8-3.02	0.3525	144	0.2922	1290	X-RAY DIFFRACTION	96.7
3.02-3.32	0.2383	142	0.2026	1281	X-RAY DIFFRACTION	97.07
3.32-3.8	0.2632	141	0.174	1262	X-RAY DIFFRACTION	95.57
3.8-4.78	0.2119	140	0.1672	1295	X-RAY DIFFRACTION	98.76
4.79-36.53	0.1745	146	0.1619	1293	X-RAY DIFFRACTION	97.96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.80644135403	0.423706453008	0.257803961116	6.7042774107	1.38194642997	3.77646740755	0.221372901966	0.533662507406	0.487366090834	-0.574040179679	-0.436682074942	0.918014173773	0.0917714595129	-0.638308512949	0.03469249585	0.589882731621	0.0714768178866	-0.0837196175959	0.409682439937	-0.0102276966858	0.628265247549	-18.3188074062	-17.2637616495	9.77833349837
2	8.01494424502	-2.25721613153	1.0794954395	4.67433097641	-1.97459956609	2.38747414816	-0.917976307963	-1.59577536159	0.245461546154	1.33168955783	0.888047545468	0.0522617478839	-0.110542624387	-1.01576565007	-0.0889110917571	0.5978090122	0.195068337535	-0.0268438506829	0.55501421722	-0.0157096273668	0.384490800051	-26.6944717087	-5.59563583587	16.4164166227
3	2.90023295766	1.30326722087	2.44557012695	6.87676482952	-2.26953402341	6.32684342117	-0.763252969753	-1.22191235234	-1.14712980233	0.734677741176	0.490602251125	-0.264877792528	1.02411011911	0.476035689829	0.289437396114	0.412715842025	0.0905710152398	-0.0179356509507	0.479681407709	0.11251848539	0.453929699998	-27.9189667836	-8.04060955659	7.79171829419
4	1.8470266447	-0.610125810903	0.967281076754	2.51732725008	-2.6070596579	2.653673481	0.170367910833	-0.725902608231	-0.323533106141	-0.866267877924	1.47993676722	-0.0608091440878	0.244252910915	-0.324651452643	-1.67292187481	0.568799059771	0.027971305151	0.0566462728476	0.506115991142	0.0303416279157	0.691623639512	-17.7584451093	-4.90522042325	6.24107078163
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6	3.38406673738	-1.44199490295	-0.316727235836	3.28462279917	4.14992878407	6.11443938657	-1.37334964792	-1.07260852536	-0.103497952395	2.32464969806	0.83795121108	1.54864441475	1.3801182565	-0.233666183541	0.467622804833	1.04458114143	0.452683301741	0.171069771224	1.21090819586	0.172385895446	0.951857874948	-17.9838937028	-14.9477054027	22.7440900849
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12	5.18358739782	0.0685606207148	-0.287386490459	5.94878786133	-0.370853050577	3.73080631624	-0.876616952101	0.452250483508	-0.850942731298	0.769556778251	0.503929852331	-0.373116555046	-0.683303867629	0.689679247709	0.593252608472	0.728806197086	0.248843198651	0.0868238236669	0.66082690357	-0.00961296431587	1.03358628686	3.82966431984	16.6829651405	11.283741885
13	6.23364867487	0.665845584651	-0.324381221725	1.66146509197	-2.02197871863	5.84463696618	-0.330830971802	-1.34937030838	0.0375484161753	0.893265343214	-0.433132057818	0.371508552053	-0.155495427068	-0.543147517229	0.821537877294	0.632775361664	0.212195015208	0.0844575736773	0.67452646217	-0.019772965151	0.529954673838	7.12164346007	-0.252814790811	17.9161589942

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 4 )	A	A	1 - 4
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 5 through 8 )	A	A	5 - 8
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 9 through 12 )	A	A	9 - 12
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 13 through 16 )	A	A	13 - 16
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 17 through 20)	A	A	17 - 20
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 21 through 24 )	A	A	21 - 24
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 25 through 30 )	A	A	25 - 30
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 7)	B	G	2 - 7
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 8 through 11)	B	G	8 - 11
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 12 through 15)	B	G	12 - 15
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 16 through 19)	B	G	16 - 19
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 20 through 26)	B	G	20 - 26
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 27 through 30)	B	G	27 - 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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