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- PDB-8fz4: The von Willebrand factor A domain of Anthrax toxin receptor 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fz4
タイトルThe von Willebrand factor A domain of Anthrax toxin receptor 2
要素Anthrax toxin receptor 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CMG2 / anthrax toxin receptor / MIDAS domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Uptake and function of anthrax toxins / transmembrane signaling receptor activity / endosome membrane / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Anthrax toxin receptor / Anthrax toxin receptor, C-terminal / Anthrax toxin receptor, extracellular domain / Anthrax receptor C-terminus region / Anthrax receptor extracellular domain / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Anthrax toxin receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Pedroza-Romo, M.J. / Soleimani, S. / Lewis, A. / Smith, T. / Brown, S. / Doukov, T. / Moody, J.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM146209-01 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Increasing the bulk of the 1TEL-target linker and retaining the 10×His tag in a 1TEL-CMG2-vWa construct improves crystal order and diffraction limits.
著者: Gajjar, P.L. / Pedroza Romo, M.J. / Litchfield, C.M. / Callahan, M. / Redd, N. / Nawarathnage, S. / Soleimani, S. / Averett, J. / Wilson, E. / Lewis, A. / Stewart, C. / Tseng, Y.J. / Doukov, ...著者: Gajjar, P.L. / Pedroza Romo, M.J. / Litchfield, C.M. / Callahan, M. / Redd, N. / Nawarathnage, S. / Soleimani, S. / Averett, J. / Wilson, E. / Lewis, A. / Stewart, C. / Tseng, Y.J. / Doukov, T. / Lebedev, A. / Moody, J.D.
履歴
登録2023年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anthrax toxin receptor 2
B: Anthrax toxin receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5816
ポリマ－39,4612
非ポリマー1204
水1,74797
1
A: Anthrax toxin receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7903
ポリマ－19,7311
非ポリマー602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Anthrax toxin receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7903
ポリマ－19,7311
非ポリマー602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.244, 88.969, 59.779
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.130, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Anthrax toxin receptor 2 / Capillary morphogenesis gene 2 protein / CMG-2


分子量: 19730.570 Da / 分子数: 2 / 変異: P37G, C39A, C175A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANTXR2, CMG2 / プラスミド: pET42_SUMO / 詳細 (発現宿主): Kanamycin resistant / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / 参照: UniProt: P58335
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.76 % / 解説: Rhomboid plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 1.2 uL of 20 mg/mL protein in 12.5 mM Tris pH 8.8, 200mM KCl, 10mM MgCl2 combined with 1.2 uL of 0.1 M Glycine pH 9.5, 24% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月25日
放射モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→39.08 Å / Num. obs: 16416 / % possible obs: 98.56 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 35.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08972 / Rpim(I) all: 0.0365 / Rrim(I) all: 0.09702 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.19→2.268 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.8622 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique obs: 1620 / CC1/2: 0.849 / CC star: 0.958 / Rpim(I) all: 0.3496 / Rrim(I) all: 0.9318 / % possible all: 98.96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER1.20.1_4487位相決定
autoPROCデータスケーリング
Coot0.9.6 ELモデル構築
autoPROCデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→39.08 Å / SU ML: 0.2169 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.7878
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 784 4.78 %
Rwork0.2175 15632 -
obs0.2193 16416 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→39.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2492 0 4 97 2593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00232547
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47123465
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0405411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6178863
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.330.34291470.31132572X-RAY DIFFRACTION98.69
2.33-2.510.33041440.27212545X-RAY DIFFRACTION96.94
2.51-2.760.29631290.24312602X-RAY DIFFRACTION99.56
2.76-3.160.26231230.22912635X-RAY DIFFRACTION99.28
3.16-3.980.23761090.20732624X-RAY DIFFRACTION98.17
3.98-39.080.22021320.18562654X-RAY DIFFRACTION98.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.187435433430.4971154855471.128931919883.954705219652.154940597593.21422901009-0.02508977941410.114822067307-0.4983921666510.1773040120630.142206861104-0.3396307188540.5387777717260.319087157754-0.16339689780.7489233115990.05670230667920.3973496316610.317011584205-0.007378500019360.6952193302611.58239214047-12.319312521521.2888352924
22.072461131611.557138780091.035381991642.25733865961-0.3495022098544.57801648976-0.1309682790340.2447574287720.0291560857646-0.311583077750.333688479707-0.2119614296330.2946493580070.0323097988029-0.1863703496860.580204848089-0.04053705875950.3578660347750.289597891265-0.04808263859940.695427837809-1.20075275084-3.7325154745116.8605242081
31.25810363117-0.105937672659-0.8180552328362.05193761958-0.8651028862213.19497978803-0.173579798083-0.278706512934-0.2390091027150.1386455443720.0393603253758-0.0008615218126580.1474230766390.3516264389880.1230279464310.573277223101-0.02126175057760.4045434197910.329769029361-0.007871151082290.691377460531.26435651412-6.4970706166631.6058923159
42.35242762688-0.8553056836741.166065432093.710379600660.05223372667490.649097636226-0.276105995281.46333362438-0.876905455911-0.8736932248480.0118519133129-0.8455587204040.713896097820.7227725768650.5030655662930.858937757355-0.08742296531440.5697490707040.961316398897-0.1071239898621.2585070969814.4857396973-8.2435325160522.9724283843
53.719757182261.436308867320.7411941246724.553032490040.9978832929712.70827117868-0.07218115569770.5583794287130.521691847274-0.363724892184-0.356849070325-0.225424318128-0.3901304993550.2394630547370.1275941272370.5330920516850.01182934441920.4569479878970.311927013049-0.06635251335460.7944530876822.448637384321.19059024291.05062852982
64.479633625660.531490205943-1.077329627765.76771937943-1.61239525225.8801151682-0.09680047217570.706010649518-0.160780618419-0.1497051733390.0226472741116-0.6644215407150.1423758967690.3826957479690.07628535904610.476238149568-7.54434385926E-50.3254005192520.387533337412-0.05626476079060.70121759742925.25718073029.58359822952-6.26038643406
72.20636789608-0.7421111735960.8391299747222.879364391572.616383407443.452677641850.1439738860310.1423661738080.0208347581871-0.1856441101040.226424955992-0.701483884724-0.3501299447510.590851985709-0.3489481240370.5521435481480.005851083296080.3222643824710.351805479551-0.1144137283240.78393931669428.907139250315.76973924844.05877872528
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91.12523575122.43793301422-0.4881076318436.26756788792-0.5132277630641.09308404314-0.01562143003840.1366358342550.4305647490490.0121497114377-0.03577122675630.6640132464960.0782148454109-0.6493403298040.07242065460380.4203596119960.04323034305220.4531403910510.286892259238-0.05420448609310.6994844566336.9596806243115.75967677237.09963564437
101.25052757336-0.83967090248-1.141402773510.5539848264470.8352829638113.917358699080.04849732542670.489303887118-0.0726402852131-0.3404450288290.0802475136850.508791912795-0.339140442009-0.9359626789470.003193695073150.521975516862-0.01639136242270.4331395645510.5423220938060.04696452706350.66092894201810.027969527815.0548913855-3.78889211195
112.20092728027-0.5454241253171.55297552675.244333579890.8334727038864.14124379934-0.06587566326070.8200662198970.213495511818-0.2743348796120.113455032886-0.373371493752-0.5945277474820.128811326316-0.1423453267350.6817495363620.001292219432830.7821236822040.4443982227380.1428329378240.5882712834414.540035905616.8243526056-10.6927364326
122.8421312113-0.453434642389-1.894723897890.368618720683-0.5122770857733.534164510790.7003672106380.1855103985151.23815074951-0.7967919026030.334294947457-0.361390372547-1.094418976170.101497748634-0.938520687250.681476798494-0.2443945215170.2052797314770.792877480360.1853261138881.1078609856620.265080249523.4580189378-10.8756026803
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 38 through 52 )AA38 - 521 - 15
22chain 'A' and (resid 53 through 119 )AA53 - 11916 - 82
33chain 'A' and (resid 120 through 192 )AA120 - 19283 - 155
44chain 'A' and (resid 193 through 214 )AA193 - 214156 - 177
55chain 'B' and (resid 38 through 52 )BB38 - 521 - 15
66chain 'B' and (resid 53 through 72 )BB53 - 7216 - 35
77chain 'B' and (resid 73 through 110 )BB73 - 11036 - 73
88chain 'B' and (resid 111 through 154 )BB111 - 15474 - 117
99chain 'B' and (resid 155 through 168 )BB155 - 168118 - 131
1010chain 'B' and (resid 169 through 192 )BB169 - 192132 - 155
1111chain 'B' and (resid 193 through 202 )BB193 - 202156 - 165
1212chain 'B' and (resid 203 through 214 )BB203 - 214166 - 177

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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