PDB-8fyv: Salmonella enterica serovar Typhimurium chemoreceptor Tsr (taxis ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fyv

タイトル

Salmonella enterica serovar Typhimurium chemoreceptor Tsr (taxis to serine and repellents) ligand-binding domain in complex with l-serine

要素

Methyl-accepting chemotaxis protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Chemotaxis / chemoreceptor / chemosensory / Tsr

機能・相同性

機能・相同性情報

chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Baylink, A. / Gentry-Lear, Z. / Glenn, S.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	1K99AI148587	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	4R00AI148587-03	米国

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Bacterial vampirism mediated through taxis to serum.
著者: Glenn, S.J. / Gentry-Lear, Z. / Shavlik, M. / Harms, M.J. / Asaki, T.J. / Baylink, A.

履歴

登録	2023年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	8fyv_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
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CIF形式データ	8fyv_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/8fyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fy/8fyv	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

B: Methyl-accepting chemotaxis protein

C: Methyl-accepting chemotaxis protein

D: Methyl-accepting chemotaxis protein

E: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

91 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

B: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Methyl-accepting chemotaxis protein

D: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.4 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

E: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	125.807, 75.231, 129.588
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.470, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Methyl-accepting chemotaxis protein 分子量: 18005.994 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: DPS76_02420 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5W2VA06
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SER / SERINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₇NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.69 M potassium phosphate pH 9.7 / PH範囲: 8-9.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→58 Å / Num. obs: 55162 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.8 % / B_iso Wilson estimate: 26.26 Å² / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / Num. unique obs: 4503 / CC_1/2: 0.838

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DIALS		データスケーリング
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
BOS		データ収集
DIALS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→58 Å / SU ML: 0.3822 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 32.1883
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2577	3908	3.63 %
R_work	0.2413	103897	-
obs	0.2419	55162	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5529	0	50	275	5854

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	5705
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4198	7734
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0271	844
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0022	1022
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.7395	770

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.4183	130	0.3913	3730	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.23-2.26	0.6219	136	0.6097	3622	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.26-2.28	0.3948	156	0.4417	3741	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.28-2.32	0.326	135	0.3463	3689	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.32-2.35	0.3006	147	0.3141	3766	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.35-2.38	0.4284	117	0.3087	3676	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.38-2.42	0.3874	160	0.2986	3685	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.42-2.46	0.2719	135	0.2728	3697	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.46-2.5	0.3091	127	0.2876	3730	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.5-2.55	0.3081	148	0.2698	3704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.6	0.2886	141	0.2623	3746	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.6-2.65	0.3391	129	0.2794	3703	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.65-2.71	0.251	166	0.275	3732	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.71-2.77	0.2457	109	0.2575	3666	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.77-2.84	0.3272	160	0.2604	3720	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.84-2.92	0.271	125	0.2344	3761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3	0.2193	157	0.2472	3681	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3-3.1	0.252	123	0.2426	3718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.21	0.3317	150	0.2429	3735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.34	0.2852	130	0.2427	3700	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.34-3.49	0.2577	146	0.2145	3751	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.49-3.68	0.2365	136	0.1945	3691	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.68-3.91	0.1792	140	0.2018	3682	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.91-4.21	0.1963	150	0.1739	3705	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.21-4.63	0.1859	145	0.1616	3726	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.63-5.3	0.1773	132	0.1691	3735	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3-6.67	0.222	139	0.2107	3708	X-RAY DIFFRACTION	100
6.68-58	0.1903	139	0.1892	3697	X-RAY DIFFRACTION	99.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.65937696617	0.204809655162	0.241892766986	3.05711278724	-1.04547894419	3.19963540783	-0.159161023921	0.612519635697	0.392188637299	-0.190878112046	0.0751695707702	-0.0597566978511	0.011896840315	0.222728820946	0.0303513080161	0.183983965498	-0.00766542935116	-0.0211187649259	0.395377195711	0.0809920623355	0.286513020959	22.2641653688	13.3368449108	45.8013471271
2	3.66584276566	4.09011625342	0.259421949436	5.98076741506	-2.10363004784	3.7153423798	-0.107898716075	1.03694049294	0.0718037749453	-0.352130581022	0.0393077727212	-0.0250276099252	0.0168107782451	0.374234878715	0.0102033407876	0.334524407975	0.077045117941	-0.0203053021027	0.441588407619	-0.0228642664906	0.242427562327	20.8283446186	9.23229806436	39.7742896906
3	2.9568892483	-0.34347785487	3.6666674757	0.0591083725878	-0.368018890902	4.67976717264	-0.304545332561	1.2184880602	0.83504445429	-0.43158769923	0.0965588862581	0.042452788781	-0.327521357093	0.472667218688	0.179169523865	0.737113637153	-0.282338548517	-0.00100205349931	1.20523353918	0.321920388933	0.609231480015	43.810860345	25.2672068522	38.6802378301
4	3.97603498977	2.21850364511	1.01868137309	2.31120185913	-0.141153772273	1.5845269742	-0.242503129524	0.442902062449	-0.335944432178	-0.337523939201	0.142533588314	-0.27877694851	0.13023940269	0.435550870197	0.111495333531	0.236655636958	0.0292314198151	0.0528634027204	0.363154572154	-0.00725933347939	0.247240754035	30.691107373	5.49946372645	47.4251422637
5	7.27650178742	5.08391565458	-1.3893571981	4.21399542499	-3.36364894964	5.03376180391	-0.0227558302178	0.359222871602	0.922127154192	0.602725368298	0.122024287365	0.578208044398	-1.18192208468	0.128767387206	-0.0797917302918	0.461955554626	-0.0619188665052	-0.0154440474764	0.370597260813	0.0556309783672	0.358661402947	36.3344768342	23.2726686934	50.6396527839
6	2.33939714414	-0.210884285044	0.155413874312	0.726002215632	-1.21154663172	3.12596998152	0.0119664173747	-0.0853634570618	0.189097501791	0.280233055934	-0.220189864147	-0.248250291104	-0.120234719733	-0.0672767532877	0.177901630443	0.183306692416	-0.0570124617417	-0.0462675552064	0.271851922629	0.00479292217659	0.269086447619	19.4963749166	15.3633113379	55.1386286511
7	1.71768276309	-0.582688817714	0.882586764976	8.74270604933	-6.04230826992	6.59735882593	-0.573377183076	-0.494827820192	0.456638233366	0.528216863603	0.0394365509097	-0.611305201851	-0.747913504335	-0.246061841164	0.576498509769	0.36270795694	0.00632709075134	-0.137072386811	0.419429602501	-0.0979417477415	0.409700295609	19.384928001	23.0587766097	60.7466407433
8	2.80188822154	-0.189468573803	2.95835942559	0.0601172368991	0.0665635698744	4.45173113468	0.481626460768	-0.310527272676	-0.422915197974	0.83956777774	-0.595809346397	-1.25438577189	-0.911862386669	0.285472463964	0.109079292188	1.10191676679	-0.150598005113	-0.238753310118	0.455054328952	0.0655591480258	0.872838610165	21.0141675377	43.428728026	46.8049131083
9	2.64119320692	-1.5161489097	0.856837410176	4.436078314	-2.72390006314	4.31835290096	-0.346153702194	-0.301806741473	-0.111589902339	0.917834023093	0.65133105277	0.227071391603	-0.736858777288	-1.15910621432	-0.0887626936403	0.161746909686	0.0110097525324	0.00648889747847	0.323124188457	-0.0439310010769	0.222491471977	8.69818894246	21.5012219633	54.0488327223
10	3.84140700206	0.727052051239	-0.4817815015	6.57054090999	-1.6989702301	4.3055217914	-0.0956858238088	-0.00047219540793	0.188775613763	0.0854940617815	-0.503920570896	-1.15001598865	-0.859206869036	0.707612499267	0.507248987182	0.378563331462	-0.0841989240796	-0.0743426272094	0.405928650333	0.0450183044781	0.395652755148	19.0694442681	29.7779528094	41.6557528414
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17	7.61005749713	1.12020518176	-5.07617369152	3.23059452992	-0.931010896404	4.20588294838	0.275513631565	0.234408908481	0.504150519863	0.267624811185	-0.106299787225	-0.322918222176	-0.890304382369	0.596428711623	-0.06259439619	0.260397115083	-0.0363940767869	-0.0871487296724	0.536857245582	-0.0157778103107	0.37792847335	11.4399867935	38.5257727851	34.4513095357
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19	3.47352530007	1.79554172415	-1.89352076602	2.72642873474	-1.52392250798	6.81557231676	-0.0258065909045	-0.0149010844921	0.36179877801	-0.0663664065675	-0.033342227022	0.163081098302	-0.763707236461	0.357645006362	0.0628255318762	0.310809506102	-0.01216205134	-0.056936904599	0.198398411346	-0.00333633929152	0.232406253424	2.50780730251	43.2213263587	26.6724401117
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24	2.56924407401	-0.726735496788	1.44599413539	2.16437407442	-0.657326366063	4.8166207696	0.194737663325	-0.149971421739	-0.360368390893	-0.404532201898	0.167059628459	-0.392764175919	0.547364076309	0.0957541960148	-0.258819860626	0.564786535429	-0.0254866917773	-0.102416713023	0.379559966168	-0.00582703599985	0.339346590828	-1.48200980802	25.5773645234	10.35818538

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 42 through 79 )	A	A	42 - 79	1 - 38
2	2	chain 'A' and (resid 80 through 109 )	A	A	80 - 109	39 - 68
3	3	chain 'A' and (resid 110 through 118 )	A	A	110 - 118	69 - 77
4	4	chain 'A' and (resid 119 through 155 )	A	A	119 - 155	78 - 114
5	5	chain 'A' and (resid 156 through 201 )	A	A	156 - 182	115 - 141
6	6	chain 'B' and (resid 42 through 86 )	B	B	42 - 86	1 - 45
7	7	chain 'B' and (resid 87 through 110 )	B	B	87 - 110	46 - 69
8	8	chain 'B' and (resid 111 through 118 )	B	B	111 - 118	70 - 77
9	9	chain 'B' and (resid 119 through 155 )	B	B	119 - 155	78 - 114
10	10	chain 'B' and (resid 156 through 201 )	B	B	156 - 181	115 - 140
11	11	chain 'C' and (resid 43 through 78 )	C	C	43 - 78	1 - 36
12	12	chain 'C' and (resid 79 through 110 )	C	C	79 - 110	37 - 68
13	13	chain 'C' and (resid 111 through 118 )	C	C	111 - 118	69 - 76
14	14	chain 'C' and (resid 119 through 155 )	C	C	119 - 155	77 - 113
15	15	chain 'C' and (resid 156 through 201 )	C	C	156 - 182	114 - 140
16	16	chain 'D' and (resid 42 through 86 )	D	D	42 - 86	1 - 45
17	17	chain 'D' and (resid 87 through 109 )	D	D	87 - 109	46 - 68
18	18	chain 'D' and (resid 110 through 118 )	D	D	110 - 118	69 - 77
19	19	chain 'D' and (resid 119 through 155 )	D	D	119 - 155	78 - 114
20	20	chain 'D' and (resid 156 through 201 )	D	D	156 - 181	115 - 140
21	21	chain 'E' and (resid 42 through 78 )	E	E	42 - 78	1 - 37
22	22	chain 'E' and (resid 79 through 118 )	E	E	79 - 118	38 - 77
23	23	chain 'E' and (resid 119 through 155 )	E	E	119 - 155	78 - 114
24	24	chain 'E' and (resid 156 through 201 )	E	E	156 - 180	115 - 139

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)