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- PDB-8fxs: Crystal structure of human pro-TGF-beta2 in complex with Nb9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fxs
タイトルCrystal structure of human pro-TGF-beta2 in complex with Nb9
要素
  • Nanobody clone 9
  • Transforming growth factor beta-2 proprotein
キーワードCYTOKINE / TGF-b TGF-beta nanobody latent procomplex prodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of timing of catagen / regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / substantia propria of cornea development / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / ascending aorta morphogenesis / uterine wall breakdown / cardioblast differentiation / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cardioblast differentiation / positive regulation of heart contraction ...regulation of timing of catagen / regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / substantia propria of cornea development / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / ascending aorta morphogenesis / uterine wall breakdown / cardioblast differentiation / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cardioblast differentiation / positive regulation of heart contraction / cardiac right ventricle morphogenesis / pharyngeal arch artery morphogenesis / type III transforming growth factor beta receptor binding / regulation of transforming growth factor beta2 production / atrial septum morphogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / negative regulation of macrophage cytokine production / signaling / secondary palate development / glial cell migration / somatic stem cell division / heart valve morphogenesis / endocardial cushion fusion / atrial septum primum morphogenesis / membranous septum morphogenesis / positive regulation of integrin biosynthetic process / cardiac epithelial to mesenchymal transition / eye development / cranial skeletal system development / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / embryonic digestive tract development / neural retina development / transforming growth factor beta receptor binding / type II transforming growth factor beta receptor binding / pulmonary valve morphogenesis / outflow tract septum morphogenesis / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / cell-cell junction organization / negative regulation of Ras protein signal transduction / collagen fibril organization / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / embryonic limb morphogenesis / embryo development ending in birth or egg hatching / odontogenesis / dopamine biosynthetic process / Molecules associated with elastic fibres / atrioventricular valve morphogenesis / cardiac muscle cell proliferation / endocardial cushion morphogenesis / hair follicle morphogenesis / generation of neurons / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / activation of protein kinase activity / positive regulation of epithelial cell migration / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / uterus development / positive regulation of SMAD protein signal transduction / inner ear development / hemopoiesis / positive regulation of cell division / hair follicle development / ECM proteoglycans / neuron development / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of cell cycle / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / salivary gland morphogenesis / heart morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway / epithelial cell differentiation / negative regulation of angiogenesis / neutrophil chemotaxis / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / platelet alpha granule lumen / kidney development / skeletal system development / neural tube closure / cytokine activity / response to progesterone / positive regulation of protein secretion / growth factor activity / wound healing / cell morphogenesis / negative regulation of cell growth / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / negative regulation of epithelial cell proliferation / male gonad development / positive regulation of immune response / positive regulation of neuron apoptotic process / cell migration / Platelet degranulation / heart development / amyloid-beta binding / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell growth / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to hypoxia
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-2 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Transforming growth factor beta-2 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-2 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Le, V.Q. / Springer, T.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)2R01HL159714 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)1K01DK124443 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)5T32DK007527 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: A specialized integrin-binding motif enables proTGF-beta 2 activation by integrin alpha V beta 6 but not alpha V beta 8.
著者: Le, V.Q. / Zhao, B. / Ramesh, S. / Toohey, C. / DeCosta, A. / Mintseris, J. / Liu, X. / Gygi, S. / Springer, T.A.
履歴
登録2023年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor beta-2 proprotein
B: Transforming growth factor beta-2 proprotein
D: Nanobody clone 9
E: Nanobody clone 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,4386
ポリマ－117,9954
非ポリマー4422
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12150 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area42740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.683, 89.554, 89.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Transforming growth factor beta-2 proprotein / Cetermin / Glioblastoma-derived T-cell suppressor factor / G-TSF


分子量: 45195.441 Da / 分子数: 2 / 変異: C24S, N140R, R298_R303delinsG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB2 / Variant: Isoform 1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 GnTI-/- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61812
#2: 抗体 Nanobody clone 9


分子量: 13802.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.17 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals of the Nb9/proTGF-beta2 complex (1 microliter) were formed in hanging drops with 1 microliter of 100 mM HEPES pH 7.6, 10% PEG 4000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92009 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→48.27 Å / Num. obs: 18849 / % possible obs: 98.27 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.967 / Net I/σ(I): 8.48
反射 シェル解像度: 3.15→3.263 Å / 冗長度: 3.6 % / Num. unique obs: 1881 / CC1/2: 0.423 / % possible all: 99.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS20190417データ削減
XDS20190417データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.15→48.27 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 31.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3009 1908 10.12 %
Rwork0.2493 --
obs0.2546 18849 98.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→48.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6706 0 0 4 6710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.543
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.935916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043990
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.230.4031340.3611210X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.320.36851430.32291218X-RAY DIFFRACTION99
3.32-3.410.34481370.29721181X-RAY DIFFRACTION99
3.41-3.520.35081190.28241259X-RAY DIFFRACTION99
3.52-3.650.31411310.27431189X-RAY DIFFRACTION99
3.65-3.80.33271390.28341212X-RAY DIFFRACTION99
3.8-3.970.35531460.3121186X-RAY DIFFRACTION98
3.97-4.180.30821330.23511215X-RAY DIFFRACTION99
4.18-4.440.3021370.20521206X-RAY DIFFRACTION98
4.44-4.780.24511360.20621206X-RAY DIFFRACTION98
4.78-5.260.24321310.21191214X-RAY DIFFRACTION98
5.26-6.020.29591500.25191210X-RAY DIFFRACTION98
6.02-7.580.35651330.27121208X-RAY DIFFRACTION97
7.59-48.270.24911390.22421227X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.4657 Å / Origin y: -3.4026 Å / Origin z: 6.9835 Å
111213212223313233
T0.5429 Å2-0.0004 Å20.0129 Å2-0.5895 Å2-0.0083 Å2--0.6622 Å2
L0.5156 °2-0.2331 °20.1056 °2-0.469 °2-0.0942 °2--0.6775 °2
S0.0058 Å °-0.0107 Å °-0.0228 Å °0.0318 Å °-0.0409 Å °-0.0016 Å °0.0188 Å °-0.0132 Å °0.0313 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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