PDB-8fxj: Crystal structure of Fab460

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fxj

タイトル

Crystal structure of Fab460

要素

Fab460, heavy chain
Fab460, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab460 / MPER / Membrane-Proximal External Region / HIV / vaccine

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Tan, K. / Kim, M. / Reinherz, E.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Inadequate structural constraint on Fab approach rather than paratope elicitation limits HIV-1 MPER vaccine utility.
著者: Tan, K. / Chen, J. / Kaku, Y. / Wang, Y. / Donius, L. / Khan, R.A. / Li, X. / Richter, H. / Seaman, M.S. / Walz, T. / Hwang, W. / Reinherz, E.L. / Kim, M.

履歴

登録	2023年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fxj.cif.gz	229.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fxj.ent.gz	153 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fxj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/8fxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/8fxj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8fwfC 8fymC 8fz2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Fab460, light chain

H: Fab460, heavy chain

ヘテロ分子

49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.546, 129.546, 96.808
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体	Fab460, light chain 分子量: 23333.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): 293 F cells
#2: 抗体	Fab460, heavy chain 分子量: 24165.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): 293 F cells

-
非ポリマー , 5種, 270分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.09 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.5M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Sodium actate,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月7日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→45 Å / Num. obs: 63553 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 37.05 Å² / CC_1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.11 / Χ²: 1.165 / Net I/σ(I): 23.23
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 1.193 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 3133 / CC_1/2: 0.571 / CC star: 0.853 / R_pim(I) all: 0.489 / R_rim(I) all: 1.294 / Χ²: 0.613 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect	1.20.1_4487	データ収集
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→44.44 Å / SU ML: 0.2129 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.1962
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1939	3096	4.89 %
R_work	0.1665	60261	-
obs	0.1678	63357	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→44.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3313	0	90	248	3651

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0136	3487
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2859	4751
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0811	523
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0093	596
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.8971	479

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.03	0.277	144	0.2535	2656	X-RAY DIFFRACTION	97.83
2.03-2.06	0.2886	130	0.24	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.06-2.1	0.2547	141	0.2168	2717	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.1-2.14	0.2557	156	0.1999	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.14-2.18	0.2294	121	0.2092	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.18-2.22	0.2033	142	0.2031	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.22-2.27	0.2454	144	0.1978	2702	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.27-2.32	0.2215	140	0.1962	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.32-2.38	0.2066	108	0.1924	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.38-2.45	0.1946	143	0.182	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.45-2.52	0.2271	147	0.1869	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.52-2.6	0.2186	126	0.1867	2761	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.6-2.69	0.2302	141	0.1843	2740	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.69-2.8	0.2057	181	0.1802	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.8-2.93	0.2405	145	0.1998	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.93-3.08	0.217	138	0.1772	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.08-3.28	0.197	151	0.1786	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.28-3.53	0.2301	122	0.1608	2788	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.53-3.88	0.185	141	0.1478	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.88-4.44	0.1568	146	0.1279	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.44-5.6	0.1395	142	0.1253	2816	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.6-44.44	0.1654	147	0.1672	2892	X-RAY DIFFRACTION	99.25

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.64570479396	0.351577765193	-0.0421523516776	6.78330862922	-0.835683920017	1.41491349695	0.0978783025883	-0.139482544655	-0.190543914531	0.489359835395	-0.515634170456	-0.925783064013	-0.0686192935214	0.561164790898	0.26409880886	0.375580838783	-0.0409855563611	-0.111226922897	0.353084763387	0.0849078228527	0.40071478511	69.270978907	-28.3010200475	5.59047955774
2	1.17441942532	0.382375567292	0.113282492337	5.05508436276	-0.731853233591	1.00302118163	0.0536979035291	-0.153053380304	0.141021736449	0.762582466268	-0.286327855825	-0.843438920484	-0.45100655741	0.471431922726	0.229776172098	0.554538355581	-0.142384768046	-0.138917646136	0.360010023583	0.0832825609477	0.431242435765	69.3931860447	-18.5137093988	6.84466296953
3	1.59272862261	0.294111983253	-0.307294130499	6.16378301006	-1.3307515717	2.20392381168	0.0850267182599	-0.290506338364	0.14835976216	1.03160658122	-0.129938667531	-0.275988450155	-0.412763748124	0.123616125291	0.123721019061	0.57413082406	-0.0483183985707	-0.0651426200652	0.224956243993	0.00468202659554	0.268515659487	62.1218902357	-20.2776560159	10.1655049561
4	1.35028775482	0.32423873476	0.718032020603	6.94934645172	-1.40628490351	2.18366279751	-0.0079036804382	-0.330721780644	0.0422005334828	0.578564069766	-0.129609524131	0.161002467096	-0.220012103266	0.0645924320815	0.0531213968958	0.369593970482	-0.0609198464939	-0.0206906726232	0.307014892496	0.0179267684054	0.324208102077	60.5336929638	-27.2571552183	7.6973711159
5	1.7334521528	0.0906757760905	-0.133124555568	5.89829389385	-0.935909273144	2.39553033227	0.239658449513	-0.380876840003	0.28946090286	0.616360095392	-0.713483925046	-0.761425020114	-0.617365632953	0.516164524369	0.248011182258	0.485585185571	-0.11710066101	-0.11866670287	0.394281757897	0.0861470168735	0.494852501358	69.6747662884	-11.9812750096	-0.263433096677
6	0.510305647253	1.01999430071	0.00578441859953	6.91479823677	-0.450455944169	0.0703378753595	0.00996947016349	-0.0114405201556	-0.00545548568757	0.00585347117826	-0.0494599952939	-0.201355108926	-0.301711719397	0.0257897081778	0.101292027568	0.31375949655	-0.0411124953952	-0.00798293269539	0.301894004079	0.0185749187467	0.290423073049	60.8127570725	-41.3375291453	3.55523017089
7	4.80916405627	-1.0812354662	3.63095146452	5.15065154946	-1.99567768344	3.31807170806	0.184395225323	-0.12074405109	-0.204515088572	-0.70858434934	0.220971287871	0.663669515209	0.151734366539	-0.973551638832	-0.192389832544	0.495540689922	-0.0714653732525	-0.051637757452	0.386918001932	-0.0188952204992	0.352033075216	44.5838548497	-49.1766114201	-21.6533765599
8	3.1687576775	-0.17691838353	3.0409290128	2.331825123	0.0148642496582	2.94696367884	-0.0921614910133	0.298759611898	0.0188685094695	-0.483632628979	-0.0189145354473	-0.202081219232	0.0242425486441	0.446401617173	0.0440870726136	0.35584465213	-0.0402181587682	0.0533262757122	0.374216165101	0.0299110158485	0.329840539262	56.7531493665	-48.5137830829	-12.3627422156
9	2.46265470867	-0.458658760887	2.08213419278	3.32266026356	0.991358546808	7.09994507153	0.0615482475371	0.756798388846	-0.171177040482	-1.03715581381	0.11477780713	-0.637211992869	0.206242504993	1.26754955916	-0.0472926835569	0.528739513671	0.0217523755807	0.190027231574	0.699546416354	0.047551947465	0.426678337123	59.4716781137	-48.8999174821	-21.2502095463
10	5.12273084721	0.438416034404	3.20623665643	6.79822011772	-1.41864212118	2.46100453434	-0.0593422121939	-0.28299263684	0.312940290645	0.495424878513	0.416488596169	0.610992877901	-1.18184232002	-1.16787983505	0.341413692117	0.412023828335	0.0494204485134	0.0392726139588	0.402439619601	0.056438703577	0.366245821214	53.6670719893	-40.1404778637	0.209736500576
11	3.26665282332	-0.74614189967	2.53945849824	3.57278885231	-0.437835839206	6.5706764631	0.176973869162	0.737423303941	-0.283103452488	-1.10499864204	-0.15924728374	0.279403585911	0.887522141089	0.78925056583	-0.202051332085	0.616262370414	-0.0185869473084	0.0231141308771	0.445364050138	-0.0547487376833	0.285815329146	53.3193059362	-52.582261455	-23.8869001764
12	4.13237171948	-0.499660728382	3.4842061035	4.09459637587	-0.0732388857382	4.06551595823	0.348927675227	0.393565626752	-0.503858842641	-0.676128732284	0.0740956291314	0.140018005193	1.14721340008	0.55357922808	-0.44147187072	0.532400167042	-0.0319905244131	0.0414404018635	0.332716220316	-0.00835115546923	0.399818878477	54.8814885984	-57.9507142858	-13.0604322426
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17	4.11490326853	2.62553819249	-1.09196130718	2.77635786456	-2.77194423377	4.19248449102	0.308957478138	0.365252918227	-0.124152801532	-0.243881528569	0.167132768107	2.22685022491	0.491970178161	-0.516977289814	-0.366410615314	0.378339374098	-0.0898930995605	-0.144586130519	0.576036640756	0.0853752245612	0.537608065892	35.4554008552	-42.6371691214	-18.2107134971

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'L' and (resid 1 through 18 )	L	A	1 - 18	1 - 18
2	2	chain 'L' and (resid 19 through 37 )	L	A	19 - 37	19 - 37
3	3	chain 'L' and (resid 38 through 74 )	L	A	38 - 74	38 - 74
4	4	chain 'L' and (resid 75 through 88 )	L	A	75 - 88	75 - 88
5	5	chain 'L' and (resid 89 through 100 )	L	A	89 - 100	89 - 100
6	6	chain 'L' and (resid 101 through 112 )	L	A	101 - 112	101 - 112
7	7	chain 'L' and (resid 113 through 127 )	L	A	113 - 127	113 - 127
8	8	chain 'L' and (resid 128 through 149 )	L	A	128 - 149	128 - 149
9	9	chain 'L' and (resid 150 through 162 )	L	A	150 - 162	150 - 162
10	10	chain 'L' and (resid 163 through 173 )	L	A	163 - 173	163 - 173
11	11	chain 'L' and (resid 174 through 196 )	L	A	174 - 196	174 - 196
12	12	chain 'L' and (resid 197 through 212 )	L	A	197 - 212	197 - 212
13	13	chain 'H' and (resid 1 through 44 )	H	B	1 - 44	1 - 44
14	14	chain 'H' and (resid 45 through 91 )	H	B	45 - 91	45 - 91
15	15	chain 'H' and (resid 92 through 142 )	H	B	92 - 142	92 - 142
16	16	chain 'H' and (resid 143 through 211 )	H	B	143 - 211	143 - 211
17	17	chain 'H' and (resid 212 through 224 )	H	B	212 - 224	212 - 224

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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