PDB-8fx3: Crystal structure of the Trypanosoma cruzi hypoxanthine-guanine-x...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fx3

タイトル

Crystal structure of the Trypanosoma cruzi hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase (HGXPRT), isoform D, bound to Immucillin-GP, showing the structure of the complete active site in its open conformation

要素

Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / Hypoxanthine-guanine-xanthine phosphoribosyltransferase / inhibitor / HGXPRT / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / magnesium ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

Hughes, R. / Meneely, K.M. / Glockzin, K. / Suthagar, K. / Tyler, P.C. / Lamb, A.L. / Meek, T.D. / Katzfuss, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Kinetic and Structural Characterization of Trypanosoma cruzi Hypoxanthine-Guanine-Xanthine Phosphoribosyltransferases and Repurposing of Transition-State Analogue Inhibitors.
著者: Glockzin, K. / Meneely, K.M. / Hughes, R. / Maatouk, S.W. / Pina, G.E. / Suthagar, K. / Clinch, K. / Buckler, J.N. / Lamb, A.L. / Tyler, P.C. / Meek, T.D. / Katzfuss, A.

履歴

登録	2023年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_initial_refinement_model.details
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fx3.cif.gz	198.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fx3.ent.gz	145.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fx3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fx3_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fx3_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8fx3_validation.xml.gz	21.1 KB	表示
CIF形式データ	8fx3_validation.cif.gz	30.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/8fx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/8fx3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fwyC 8fwzC 8fx0C 8fx1C 8fx2C 1tc2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

52.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.913, 80.336, 90.016
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase 分子量: 25882.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ) 遺伝子: ECC02_007666 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A7J6XZA2, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-IMU / PHOSPHORIC ACID MONO-[5-(2-AMINO-4-OXO-4,5-DIHYDRO-3H-PYRROLO[3,2-D]PYRIMIDIN-7-YL)-3,4-DIHYDROXY-PYRROLIDIN-2-YLMETHYL] ESTER / MODIFIED QUANOSINE-5-PHOSPHATE 分子量: 361.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₆N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.22 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 24% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97937 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.31→49.88 Å / Num. obs: 97932 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 21.04 Å² / R_pim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 1.31→1.33 Å / Num. unique obs: 2209 / R_pim(I) all: 0.822

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1TC2

1tc2

解像度: 1.31→49.88 Å / SU ML: 0.165 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.7192
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2027	4948	5.07 %
R_work	0.1904	92720	-
obs	0.191	97668	92.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.31→49.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3477	0	48	308	3833

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0164	3602
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.7259	4884
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0946	551
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	620
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.0682	1330

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.31-1.32	0.3453	58	0.3758	1266	X-RAY DIFFRACTION	38.4
1.32-1.34	0.4263	80	0.3577	1688	X-RAY DIFFRACTION	50.62
1.34-1.36	0.3729	97	0.3568	1951	X-RAY DIFFRACTION	59.62
1.36-1.37	0.3974	109	0.3256	2413	X-RAY DIFFRACTION	72.31
1.37-1.39	0.3285	143	0.328	2733	X-RAY DIFFRACTION	83.22
1.39-1.41	0.3022	184	0.311	2956	X-RAY DIFFRACTION	91.49
1.41-1.43	0.3182	173	0.2792	3216	X-RAY DIFFRACTION	97.05
1.43-1.45	0.2714	178	0.2717	3271	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.45-1.47	0.2575	171	0.2549	3285	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.47-1.5	0.2773	171	0.2417	3316	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.52	0.2541	179	0.2373	3295	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.52-1.55	0.2614	183	0.2218	3271	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.58	0.2271	200	0.2253	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.61	0.227	202	0.2149	3284	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.61-1.65	0.2332	165	0.2112	3297	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.69	0.2143	177	0.2067	3307	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.69-1.73	0.2005	164	0.1959	3329	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.73-1.78	0.2134	172	0.1996	3317	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.78-1.83	0.2053	190	0.1966	3311	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.83-1.89	0.1919	189	0.1896	3270	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.89-1.96	0.1815	166	0.1898	3346	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.96-2.03	0.2183	152	0.1827	3327	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.03-2.13	0.196	186	0.1806	3317	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.13-2.24	0.1954	172	0.1745	3361	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.24-2.38	0.1848	186	0.175	3298	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.38-2.56	0.2213	198	0.1829	3330	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.56-2.82	0.2003	186	0.1875	3343	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.82-3.23	0.1914	169	0.1919	3375	X-RAY DIFFRACTION	98.88
3.23-4.07	0.1873	167	0.173	3380	X-RAY DIFFRACTION	98.61
4.07-49.88	0.1812	181	0.1777	3580	X-RAY DIFFRACTION	99.6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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