PDB-8fwh: Crystal structure of bivalent antibody Fab fragment of Anti-human...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fwh

タイトル

Crystal structure of bivalent antibody Fab fragment of Anti-human LAG3 (22D2)

要素

Anti-human LAG3 (22D2) heavy chain
Anti-human LAG3 (22D2) light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / inhibitory receptors

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.833 Å

データ登録者

Mishra, A.K. / Agnihotri, P. / Mariuzza, R.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: CryoEM structure of a therapeutic antibody (favezelimab) bound to human LAG3 determined using a bivalent Fab as fiducial marker.
著者: Arjun K Mishra / Salman Shahid / Sharanbasappa S Karade / Pragati Agnihotri / Alexander Kolesnikov / S Saif Hasan / Roy A Mariuzza /

要旨: Lymphocyte activation gene 3 protein (LAG3) is an inhibitory receptor that is upregulated on exhausted T cells in tumors. LAG3 is a major target for cancer immunotherapy with many anti-LAG3 ...

履歴

登録	2023年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fwh.cif.gz	100.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fwh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fwh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fwh_validation.pdf.gz	678.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fwh_full_validation.pdf.gz	685 KB	表示
XML形式データ	8fwh_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	8fwh_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/8fwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/8fwh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	40646C 40716C 6wkmSC 8so3C 8sr0C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

HHH: Anti-human LAG3 (22D2) heavy chain

LLL: Anti-human LAG3 (22D2) light chain

ヘテロ分子

47.7 kDa, 2 ポリマー
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1

HHH: Anti-human LAG3 (22D2) heavy chain

LLL: Anti-human LAG3 (22D2) light chain

ヘテロ分子

HHH: Anti-human LAG3 (22D2) heavy chain

LLL: Anti-human LAG3 (22D2) light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
95.4 kDa, 4 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	159.287, 44.390, 89.084
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.136, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	Anti-human LAG3 (22D2) heavy chain 分子量: 23959.947 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Anti-human LAG3 (22D2) light chain 分子量: 23688.984 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 expi / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.26 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 0.2 M sodium chloride, 10% w/v PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.83→85.57 Å / Num. obs: 13587 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 2.83→2.9 Å / Num. unique obs: 13515 / CC_1/2: 0.68 / CC star: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6WKM

6wkm

解像度: 2.833→42.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 20.341 / SU ML: 0.365 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 2.956 / ESU R Free: 0.407 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2767	706	5.196 %
R_work	0.2164	12881	-
all	0.219	-	-
obs	-	13587	92.903 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.808 Å²	-0 Å²	-1.694 Å²
2-	-	10.894 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.833→42.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3145	0	4	27	3176

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	3237
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.397	1.643	4434
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.279	1.569	6561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.019	5	428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.039	23.459	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.024	15	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.474	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3754
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	722
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	503
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	2698
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.152	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.275	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.27	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.035	8.417	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.034	8.413	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.182	12.619	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.18	12.619	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.332	8.706	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.33	8.705	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.767	12.911	2296
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.765	12.91	2297
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.314	160.144	12936
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.303	160.147	12934

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.833-2.907	0.467	47	0.341	754	X-RAY DIFFRACTION	73.2176
2.907-2.986	0.342	41	0.316	841	X-RAY DIFFRACTION	86.3859
2.986-3.073	0.363	60	0.302	875	X-RAY DIFFRACTION	91.4873
3.073-3.167	0.37	56	0.303	871	X-RAY DIFFRACTION	93.8259
3.167-3.271	0.376	54	0.281	853	X-RAY DIFFRACTION	96.0805
3.271-3.385	0.276	43	0.25	840	X-RAY DIFFRACTION	96.1874
3.385-3.513	0.311	39	0.24	805	X-RAY DIFFRACTION	95.2596
3.513-3.656	0.284	32	0.236	785	X-RAY DIFFRACTION	95.1106
3.656-3.818	0.291	44	0.219	749	X-RAY DIFFRACTION	96.0048
3.818-4.004	0.241	44	0.202	726	X-RAY DIFFRACTION	96.01
4.004-4.22	0.196	33	0.159	677	X-RAY DIFFRACTION	96.206
4.22-4.476	0.212	39	0.162	667	X-RAY DIFFRACTION	96.4481
4.476-4.784	0.237	40	0.169	582	X-RAY DIFFRACTION	96.136
4.784-5.166	0.262	29	0.172	591	X-RAY DIFFRACTION	95.679
5.166-5.657	0.249	28	0.171	528	X-RAY DIFFRACTION	96.5278
5.657-6.321	0.233	21	0.208	490	X-RAY DIFFRACTION	94.6296
6.321-7.292	0.387	24	0.234	423	X-RAY DIFFRACTION	94.5032
7.292-8.915	0.178	12	0.185	368	X-RAY DIFFRACTION	94.7631
8.915-12.54	0.222	13	0.201	282	X-RAY DIFFRACTION	94.2492
12.54-42.75	0.329	7	0.319	174	X-RAY DIFFRACTION	91.8782

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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