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- PDB-8fwa: Phycocyanin structure from a modular droplet injector for serial ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fwa
タイトルPhycocyanin structure from a modular droplet injector for serial femtosecond crystallography
要素
  • C-phycocyanin alpha chain
  • C-phycocyanin beta chain
キーワードPLANT PROTEIN / Pigment Protein / Serial femtosecond crystallography / segmented flow injector
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / C-phycocyanin alpha subunit / C-phycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Botha, S. / Doppler, D.L. / Sonker, M. / Egatz-Gomez, A. / Grieco, A. / Zaare, S. / Jernigan, R. / Meza-Aguilar, J.D. / Rabbani, M.T. / Manna, A. ...Botha, S. / Doppler, D.L. / Sonker, M. / Egatz-Gomez, A. / Grieco, A. / Zaare, S. / Jernigan, R. / Meza-Aguilar, J.D. / Rabbani, M.T. / Manna, A. / Alvarez, R. / Karpos, K. / Cruz Villarreal, J. / Nelson, G. / Ketawala, G.K. / Pey, A.L. / Ruiz-Fresneda, M.A. / Pacheco-Garcia, J.L. / Nazari, R. / Sierra, R. / Hunter, M.S. / Batyuk, A. / Kupitz, C.J. / Sublett, R.E. / Lisova, S. / Mariani, V. / Boutet, S. / Fromme, R. / Grant, T.D. / Fromme, P. / Kirian, R.A. / Martin-Garcia, J.M. / Ros, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306, 1565180 米国
引用ジャーナル: Lab Chip / 年: 2023
タイトル: Modular droplet injector for sample conservation providing new structural insight for the conformational heterogeneity in the disease-associated NQO1 enzyme.
著者: Doppler, D. / Sonker, M. / Egatz-Gomez, A. / Grieco, A. / Zaare, S. / Jernigan, R. / Meza-Aguilar, J.D. / Rabbani, M.T. / Manna, A. / Alvarez, R.C. / Karpos, K. / Cruz Villarreal, J. / ...著者: Doppler, D. / Sonker, M. / Egatz-Gomez, A. / Grieco, A. / Zaare, S. / Jernigan, R. / Meza-Aguilar, J.D. / Rabbani, M.T. / Manna, A. / Alvarez, R.C. / Karpos, K. / Cruz Villarreal, J. / Nelson, G. / Yang, J.H. / Carrion, J. / Morin, K. / Ketawala, G.K. / Pey, A.L. / Ruiz-Fresneda, M.A. / Pacheco-Garcia, J.L. / Hermoso, J.A. / Nazari, R. / Sierra, R. / Hunter, M.S. / Batyuk, A. / Kupitz, C.J. / Sublett, R.E. / Lisova, S. / Mariani, V. / Boutet, S. / Fromme, R. / Grant, T.D. / Botha, S. / Fromme, P. / Kirian, R.A. / Martin-Garcia, J.M. / Ros, A.
履歴
登録2023年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_validate_planes
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_validate_planes.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4626
ポリマ－35,6732
非ポリマー1,7894
水2,270126
1
A: C-phycocyanin alpha chain
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,77436
ポリマ－214,04012
非ポリマー10,73424
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area62000 Å2
ΔGint-576 kcal/mol
Surface area69320 Å2
手法PISA
2
B: C-phycocyanin beta chain
ヘテロ分子

A: C-phycocyanin alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4626
ポリマ－35,6732
非ポリマー1,7894
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area15190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.300, 188.300, 61.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 C-phycocyanin alpha chain


分子量: 17456.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-phycocyanin beta chain
由来: (組換発現) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
遺伝子: cpcA, tlr1958
発現宿主: Thermosynechococcus vestitus (バクテリア)
参照: UniProt: P50032
#2: タンパク質 C-phycocyanin beta chain


分子量: 18216.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
遺伝子: cpcB, tlr1957
発現宿主: Thermosynechococcus vestitus (バクテリア)
参照: UniProt: P50033
#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / 詳細: 75 mM HEPES pH 7.0, 20 mM MgCl2, 9% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.285 Å
検出器タイプ: SLAC ePix10k / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.285 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→24.6 Å / Num. obs: 54596 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28 % / CC1/2: 0.717 / CC star: 0.914 / Net I/σ(I): 1.8
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 5458 / CC1/2: 0.144 / CC star: 0.5013
Serial crystallography measurementPulse duration: 40 fsec. / XFEL pulse repetition rate: 120 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: Segmnteted Flow / 手法: injection
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 7465 / Frame hits: 8172 / Frames indexed: 5216 / Frames total: 625979 / Lattices indexed: 7465

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
CrystFEL0.10.1データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→22.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 13.839 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24512 1380 4.9 %RANDOM
Rwork0.2043 ---
obs0.20632 26538 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.553 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20.33 Å2-0 Å2
2--0.65 Å2-0 Å2
3----2.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→22.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2499 0 130 126 2755
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0162683
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1431.8113655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4531.5565658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7365.242351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3.413520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.11710409
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3091.3711339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3041.3711339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9342.0471672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9352.0491673
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4561.7761344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4551.7751343
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7692.5521984
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.44519.5453011
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.42518.942994
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 107 -
Rwork0.362 1914 -
obs--99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45630.5377-0.07630.9485-0.1680.55110.01950.01260.00930.0346-0.00280.01110.01670.0181-0.01660.01940.0028-0.00860.0020.01330.21751.99538.049-6.53
22.0560.23790.15070.28970.19350.14380.0569-0.3014-0.07050.0779-0.05150.06330.0354-0.0154-0.00530.0826-0.01720.02120.12450.00270.2711-3.83529.37918.159
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 162
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 172

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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