PDB-8fvv: Rubrerythrin from B. pseudomallei: iron-bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fvv

タイトル

Rubrerythrin from B. pseudomallei: iron-bound

要素

Rubrerythrin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / metalloprotein / oxidative stress / non-heme

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Monteiro, D.C.F. / Snell, M.E. / Budziszewski, G.R. / Bowman, S.E.J.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Rubrerythrin from B. pseudomallei: iron-bound
著者: Monteiro, D.C.F. / Snell, M.E. / Budziszewski, G.R. / Bowman, S.E.J.

履歴

登録	2023年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fvv.cif.gz	333.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fvv.ent.gz	265.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fvv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fvv_validation.pdf.gz	480.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fvv_full_validation.pdf.gz	484.3 KB	表示
XML形式データ	8fvv_validation.xml.gz	38.6 KB	表示
CIF形式データ	8fvv_validation.cif.gz	57.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fvv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fvv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fuh
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Rubrerythrin

B: Rubrerythrin

C: Rubrerythrin

D: Rubrerythrin

E: Rubrerythrin

F: Rubrerythrin

ヘテロ分子

113 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Rubrerythrin

B: Rubrerythrin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Rubrerythrin

D: Rubrerythrin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Rubrerythrin

F: Rubrerythrin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	202.170, 202.170, 69.825
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Rubrerythrin 分子量: 18655.389 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 遺伝子: BURPS1710b_A0924 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JK21
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 800 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.87 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.75 詳細: 0.15 M lithium sulfate 30% PEG 3350 0.1 M BTP pH 6.75 1 mM iron chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.93→29.9 Å / Num. obs: 61079 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 13.99 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.23 / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.241 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all	R_rim(I) all
1.93-2.07	10.7	1.898	1.5	3595	0.597	0.607	61.4
5.42-29.9	11	0.062	26.2	3594	0.999	0.019	100	0.065

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP	8FUH	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.93→29.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 4.281 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.159 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.209	2998	4.908 %	RANDOM
R_work	0.161	58081	-	-
all	0.163	-	-	-
obs	-	61079	92.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.663 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.013 Å²	-0.006 Å²	0 Å²
2-	-	-0.013 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.042 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→29.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6464	0	12	800	7276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	6596
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5875
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.38	1.66	8905
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.479	1.579	13524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.002	5	828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.339	5	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.019	10	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.485	10	353
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	918
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8046
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	5459
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	3362
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	3530
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	660
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.1	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.208	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.066	2.496	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.066	2.496	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.146	4.468	4152
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.147	4.468	4153
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.08	2.842	3266
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.08	2.841	3265
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.912	5.038	4753
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.912	5.038	4754
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.688	25.731	8340
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.441	24.193	8081

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.931-1.981	0.416	20	0.306	416	X-RAY DIFFRACTION	7.3524
1.981-2.035	0.285	71	0.264	1564	X-RAY DIFFRACTION	28.639
2.035-2.094	0.255	111	0.234	2386	X-RAY DIFFRACTION	44.5973
2.094-2.158	0.253	188	0.231	2820	X-RAY DIFFRACTION	55.7037
2.158-2.229	0.257	188	0.214	3302	X-RAY DIFFRACTION	66.2868
2.229-2.306	0.274	221	0.22	3673	X-RAY DIFFRACTION	77.4617
2.306-2.393	0.241	216	0.198	4153	X-RAY DIFFRACTION	88.6926
2.393-2.49	0.25	205	0.199	4307	X-RAY DIFFRACTION	95.4517
2.49-2.6	0.23	179	0.177	4332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.726	0.213	185	0.161	4152	X-RAY DIFFRACTION	100
2.726-2.872	0.206	205	0.145	3894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.872-3.044	0.191	229	0.154	3706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.044-3.252	0.217	155	0.159	3488	X-RAY DIFFRACTION	100
3.252-3.509	0.217	176	0.154	3278	X-RAY DIFFRACTION	100
3.509-3.839	0.194	139	0.146	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
3.839-4.283	0.183	142	0.122	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
4.283-4.929	0.165	121	0.117	2395	X-RAY DIFFRACTION	100
4.929-5.996	0.195	99	0.146	2042	X-RAY DIFFRACTION	100
5.996-8.315	0.165	95	0.128	1578	X-RAY DIFFRACTION	100
8.315-29.9	0.151	53	0.149	924	X-RAY DIFFRACTION	99.8978

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関連情報:EMDBヘッダ

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