PDB-8fvb: E coli. CTP synthase in complex with CTP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fvb

タイトル

E coli. CTP synthase in complex with CTP

要素

CTP synthase

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / LIGASE / Inhibitor complex / Metabolic enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Holyoak, T. / McLeod, M.J. / Tran, N.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: A metal-dependent conformational change provides a structural basis for the inhibition of CTP synthase by gemcitabine-5'-triphosphate.
著者: McLeod, M.J. / Tran, N. / McCluskey, G.D. / Gillis, T.D. / Bearne, S.L. / Holyoak, T.

履歴

登録	2023年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fvb.cif.gz	252.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fvb.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fvb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fvb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/8fvb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fv6C 8fv7C 8fv8C 8fv9C 8fvaC 8fvcC 8fvdC 8fveC 8sbrC 5tkvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (5) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

AAA: CTP synthase

BBB: CTP synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
245 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.707, 103.907, 131.835
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1088- HOH

#1: タンパク質	CTP synthase / Cytidine 5'-triphosphate synthase / Cytidine triphosphate synthetase / CTPS / UTP--ammonia ligase 分子量: 60446.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pyrG, ECS88_3048 / プラスミド: pET-15B / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B7MLA1, CTP synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP 分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 847 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M TRIS-Cl pH 8.0 (room temperature), 5 mM magnesium chloride, 1.15 - 1.4 M ammonium sulfate, 15 mg/mL CTPS.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→44 Å / Num. obs: 142127 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 14 % / B_iso Wilson estimate: 33.4 Å² / CC_1/2: 0.97 / CC star: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.166 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 4.83
反射シェル	解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 12.1 % / R_merge(I) obs: 0.851 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 10569 / CC_1/2: 0.892 / CC star: 0.971 / R_pim(I) all: 0.248 / R_rim(I) all: 0.887 / % possible all: 73.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TKV

5tkv

解像度: 2.03→44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.164 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2144	7162	5.039 %
R_work	0.1923	134965	-
all	0.193	-	-
obs	-	142127	97.354 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.822 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.003 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.003 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8326	0	86	847	9259

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	8773
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.158	1.645	11944
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.092	1.573	19096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.578	5	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.327	22.215	474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.859	15	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.36	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	9900
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.165	0.2	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.16	0.2	8077
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.141	0.2	4145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	3600
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	841
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.098	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.037	3.767	4345
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.037	3.766	4344
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.857	5.639	5446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.856	5.64	5447
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.916	3.897	4426
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.916	3.901	4415
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.615	5.785	6472
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.614	5.785	6473
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.383	45.013	9892
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.092	44.469	9627

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.031-2.084	0.31	340	0.287	6494	X-RAY DIFFRACTION	64.0728
2.084-2.141	0.274	535	0.246	9891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.141-2.203	0.289	464	0.233	9675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.203-2.271	0.253	476	0.231	9396	X-RAY DIFFRACTION	99.9899
2.271-2.345	0.237	509	0.228	9018	X-RAY DIFFRACTION	99.9895
2.345-2.427	0.239	484	0.218	8804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.427-2.519	0.24	446	0.215	8444	X-RAY DIFFRACTION	99.9888
2.519-2.622	0.254	435	0.222	8203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.622-2.738	0.242	405	0.22	7873	X-RAY DIFFRACTION	99.9879
2.738-2.872	0.234	387	0.211	7501	X-RAY DIFFRACTION	99.9873
2.872-3.027	0.245	404	0.219	7121	X-RAY DIFFRACTION	100
3.027-3.211	0.218	352	0.202	6800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.211-3.432	0.197	366	0.187	6364	X-RAY DIFFRACTION	100
3.432-3.707	0.18	306	0.176	5973	X-RAY DIFFRACTION	100
3.707-4.06	0.183	274	0.158	5525	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-4.539	0.18	244	0.148	5019	X-RAY DIFFRACTION	99.981
4.539-5.24	0.166	259	0.152	4421	X-RAY DIFFRACTION	99.9786
5.24-6.416	0.18	221	0.175	3747	X-RAY DIFFRACTION	100
6.416-9.062	0.205	153	0.159	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
9.062-44	0.239	102	0.204	1714	X-RAY DIFFRACTION	98.6957

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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