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- PDB-8fud: Crystal structure of Vps29 in complex with Chaetomium thermophilu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fud
タイトルCrystal structure of Vps29 in complex with Chaetomium thermophilum Vps5 (71 to 80)
要素
  • Putative vacuolar protein sorting-associated protein
  • Vacuolar protein sorting-associated protein 29
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Retromer / endosome / sorting nexin / membrane trafficking
機能・相同性
機能・相同性情報


WNT ligand biogenesis and trafficking / retromer, cargo-selective complex / Golgi to vacuole transport / protein retention in Golgi apparatus / retromer complex / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol binding / protein transport / endosome ...WNT ligand biogenesis and trafficking / retromer, cargo-selective complex / Golgi to vacuole transport / protein retention in Golgi apparatus / retromer complex / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol binding / protein transport / endosome / endosome membrane / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sorting nexin Vps5, BAR domain / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / Phosphodiesterase MJ0936/Vps29 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, lpxH-type / Calcineurin-like phosphoesterase superfamily domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain ...Sorting nexin Vps5, BAR domain / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / Phosphodiesterase MJ0936/Vps29 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, lpxH-type / Calcineurin-like phosphoesterase superfamily domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / AH/BAR domain superfamily / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Putative vacuolar protein sorting-associated protein / Vacuolar protein sorting-associated protein 29
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Chen, K.-E. / Collins, B.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Molecular basis for the assembly of the Vps5-Vps17 SNX-BAR proteins with Retromer
著者: Chen, K.E. / Tillu, V.A. / Gopaldass, N. / Chowdhury, S.R. / Leneva, N. / Kovtun, O. / Ruan, J. / Guo, Q. / Ariotti, N. / Mayer, A. / Collins, B.M.
履歴
登録2023年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
C: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
D: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5028
ポリマ－44,1454
非ポリマー3574
水4,576254
1
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
C: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2594
ポリマ－22,0722
非ポリマー1872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area8860 Å2
手法PISA
2
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
D: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2434
ポリマ－22,0722
非ポリマー1702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area9010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.051, 68.597, 211.139
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-330-

HOH

21A-370-

HOH

31A-407-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / Vesicle protein sorting 29


分子量: 21089.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Vps29 / プラスミド: pGEX4T2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QZ88
#2: タンパク質・ペプチド Putative vacuolar protein sorting-associated protein


分子量: 983.031 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 71-80 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
参照: UniProt: G0SH11

-
非ポリマー , 4種, 258分子

#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 40 mM KH2PO4, 16% PEG8000 and 5% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953644 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953644 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→42.46 Å / Num. obs: 44804 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 0.51 / Net I/σ(I): 18.6 / Num. measured all: 332485
反射 シェル解像度: 1.68→1.71 Å / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Num. measured all: 15268 / Num. unique obs: 2057 / CC1/2: 0.972 / Rpim(I) all: 0.116 / Rrim(I) all: 0.323 / Χ2: 0.26 / Net I/σ(I) obs: 4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.68→41.62 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 20.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2025 2248 5.02 %
Rwork0.1769 --
obs0.1782 44766 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→41.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3050 0 21 254 3325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093274
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1344463
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.57454
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.68-1.710.29261300.23392427X-RAY DIFFRACTION92
1.71-1.750.22021370.20272644X-RAY DIFFRACTION98
1.75-1.80.24011390.18532616X-RAY DIFFRACTION98
1.8-1.850.21061390.17222590X-RAY DIFFRACTION99
1.85-1.90.22691260.17282684X-RAY DIFFRACTION99
1.9-1.960.18651320.17412624X-RAY DIFFRACTION99
1.96-2.030.20431380.18342614X-RAY DIFFRACTION99
2.03-2.110.23641480.18132659X-RAY DIFFRACTION99
2.11-2.210.21121460.17282659X-RAY DIFFRACTION99
2.21-2.330.19731330.17962672X-RAY DIFFRACTION99
2.33-2.470.22081350.18242685X-RAY DIFFRACTION99
2.47-2.660.23841380.18992684X-RAY DIFFRACTION99
2.66-2.930.21551450.19952699X-RAY DIFFRACTION99
2.93-3.360.1831460.17772715X-RAY DIFFRACTION99
3.36-4.230.18141460.15832726X-RAY DIFFRACTION100
4.23-41.620.18961700.16862820X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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