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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fu2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of T151G CAO1 in complex with piceatannol | ||||||
要素 | Carotenoid oxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/SUBSTRATE / non-heme iron / beta propeller / stilbene / dioxygenase / oxidoreductase / OXIDOREDUCTASE-SUBSTRATE complex | ||||||
機能・相同性 | Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / metal ion binding / BENZOIC ACID / : / PICEATANNOL / Carotenoid oxygenase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Neurospora crassa (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kiser, P.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of T151G CAO1 in complex with piceatannol 著者: Kiser, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fu2.cif.gz | 453.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fu2.ent.gz | 366.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fu2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fu2_validation.pdf.gz | 4.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fu2_full_validation.pdf.gz | 4.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8fu2_validation.xml.gz | 89 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fu2_validation.cif.gz | 133.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/8fu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/8fu2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59453.887 Da / 分子数: 4 / 変異: T151G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: GE21DRAFT_6499 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B0DIC8 #2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-PIT / #4: 化合物 | ChemComp-BEZ / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7, 42% sodium polyacrylate 2100, 10 mM piceatannol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 210597 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 17.53 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 1.634 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 33485 / CC1/2: 0.444 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.9→49.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 3.589 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.799 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→49.99 Å
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拘束条件 |
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