[日本語] English
万見
- PDB-8ftg: Biophysical and Structural Characterization of an Anti-Caffeine V... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ftg
タイトルBiophysical and Structural Characterization of an Anti-Caffeine VHH Antibody
要素Anti-Caffeine VHH Antibody
キーワードIMMUNE SYSTEM / camelid antibody / nanobody / hapten recognition / VHH / dimerization / chemically-induced dimerization (CID) system
機能・相同性CAFFEINE
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Horn, J.R. / Smith, C.A. / Sonneson, G.J. / Walter, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM124607-01 米国
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2023
タイトル: Molecular recognition requires dimerization of a VHH antibody.
著者: Smith, C.A. / Sonneson, G.J. / Hoey, R.J. / Hinerman, J.M. / Sheehy, K. / Walter, R. / Herr, A.B. / Horn, J.R.
履歴
登録2023年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Anti-Caffeine VHH Antibody
B: Anti-Caffeine VHH Antibody
C: Anti-Caffeine VHH Antibody
D: Anti-Caffeine VHH Antibody
E: Anti-Caffeine VHH Antibody
F: Anti-Caffeine VHH Antibody
G: Anti-Caffeine VHH Antibody
H: Anti-Caffeine VHH Antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,33916
ポリマ－105,3338
非ポリマー1,0058
水17,114950
1
A: Anti-Caffeine VHH Antibody
B: Anti-Caffeine VHH Antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6504
ポリマ－26,3332
非ポリマー3162
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10630 Å2
手法PISA
2
C: Anti-Caffeine VHH Antibody
D: Anti-Caffeine VHH Antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5283
ポリマ－26,3332
非ポリマー1941
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10490 Å2
手法PISA
3
E: Anti-Caffeine VHH Antibody
F: Anti-Caffeine VHH Antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5985
ポリマ－26,3332
非ポリマー2653
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area10880 Å2
手法PISA
4
G: Anti-Caffeine VHH Antibody
H: Anti-Caffeine VHH Antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5634
ポリマ－26,3332
非ポリマー2302
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area10370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.136, 66.280, 68.999
Angle α, β, γ (deg.)111.620, 95.200, 90.250
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: 抗体
Anti-Caffeine VHH Antibody


分子量: 13166.660 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CDR graft into anti-RNaseA VHH Framework / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-CFF / CAFFEINE / 3,7-DIHYDRO-1,3,7-TRIMETHYL-1H-PURINE-2,6-DIONE / カフェイン


分子量: 194.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 950 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: The VHH/caffeine complex was crystallized using the hanging-drop vapor diffusion method. The drops contained 2 microliters of the 20 mg/ml complex and 2 microliters of the well mother liquor ...詳細: The VHH/caffeine complex was crystallized using the hanging-drop vapor diffusion method. The drops contained 2 microliters of the 20 mg/ml complex and 2 microliters of the well mother liquor which contained 0.1 M BIS-TRIS (pH 5.5) and 25% w/v polyethylene glycol 3,350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.13→50 Å / Num. obs: 287785 / % possible obs: 93.81 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 15.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 12.84
反射 シェル解像度: 1.131→1.171 Å / Num. unique obs: 27056 / Rpim(I) all: 0.23

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.13→27.03 Å / SU ML: 0.0911 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 17.5069
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1635 14573 5.06 %
Rwork0.1425 273186 -
obs0.1436 287759 93.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.13→27.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7278 0 67 950 8295
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00897616
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.033110338
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08821105
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00851300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.58952687
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.13-1.140.24674100.21118193X-RAY DIFFRACTION83.76
1.14-1.160.234210.19558762X-RAY DIFFRACTION90.04
1.16-1.170.21554570.18618806X-RAY DIFFRACTION90.39
1.17-1.190.21644560.19118844X-RAY DIFFRACTION90.77
1.19-1.20.24115030.18548827X-RAY DIFFRACTION91.05
1.2-1.220.22614800.1798824X-RAY DIFFRACTION90.97
1.22-1.240.19824870.17348851X-RAY DIFFRACTION91.7
1.24-1.250.19764820.16288953X-RAY DIFFRACTION91.24
1.25-1.270.17864880.16288910X-RAY DIFFRACTION92.45
1.27-1.290.19314460.15948982X-RAY DIFFRACTION92.1
1.29-1.320.19144490.15569001X-RAY DIFFRACTION92.14
1.32-1.340.18824700.14579020X-RAY DIFFRACTION93.29
1.34-1.370.17245030.14199008X-RAY DIFFRACTION92.84
1.37-1.390.17764930.14129046X-RAY DIFFRACTION93.12
1.39-1.420.17194950.14249084X-RAY DIFFRACTION93.88
1.42-1.460.18085570.1429118X-RAY DIFFRACTION94.11
1.46-1.490.1854960.1429096X-RAY DIFFRACTION94.14
1.49-1.530.16514920.13289238X-RAY DIFFRACTION94.47
1.53-1.580.16764980.12859206X-RAY DIFFRACTION94.79
1.58-1.630.15844790.13099234X-RAY DIFFRACTION95.11
1.63-1.690.16994690.13679317X-RAY DIFFRACTION95.44
1.69-1.760.17294500.13739309X-RAY DIFFRACTION95.71
1.76-1.840.16914980.13829295X-RAY DIFFRACTION95.78
1.84-1.930.15514900.13879386X-RAY DIFFRACTION96.01
1.93-2.050.14965170.13069327X-RAY DIFFRACTION96.73
2.05-2.210.14635220.12969416X-RAY DIFFRACTION97.04
2.21-2.440.16165070.13619495X-RAY DIFFRACTION97.4
2.44-2.790.15925250.14389517X-RAY DIFFRACTION97.82
2.79-3.510.15695290.14279535X-RAY DIFFRACTION98.69
3.51-27.030.15675040.14599586X-RAY DIFFRACTION98.54

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る