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- PDB-8fsl: Human Mesothelin bound to a neutralizing VH domain antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fsl
タイトルHuman Mesothelin bound to a neutralizing VH domain antibody
要素
  • Mesothelin
  • VH domain
キーワードANTITUMOR PROTEIN / Mesothelin VH
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / Golgi apparatus / extracellular region ...Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / Golgi apparatus / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mesothelin / Stereocilin-related / Mesothelin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Insect expression vector pBlueBacmsGCA1His (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Calero, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Other privateNA
引用ジャーナル: Mol Ther Oncolytics / 年: 2023
タイトル: Preclinical assessment of a novel human antibody VH domain targeting mesothelin as an antibody-drug conjugate.
著者: Sun, Z. / Chu, X. / Adams, C. / Ilina, T.V. / Guerrero, M. / Lin, G. / Chen, C. / Jelev, D. / Ishima, R. / Li, W. / Mellors, J.W. / Calero, G. / Dimitrov, D.S.
履歴
登録2023年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VH domain
C: VH domain
D: VH domain
E: Mesothelin
F: Mesothelin
B: VH domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,5636
ポリマ－115,5636
非ポリマー00
水00
1
A: VH domain
C: VH domain
E: Mesothelin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7823
ポリマ－57,7823
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: VH domain
F: Mesothelin
B: VH domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7823
ポリマ－57,7823
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.116, 114.116, 340.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+1/4
#8: -y,-x,-z+3/4

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要素

#1: 抗体
VH domain


分子量: 12806.857 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Mesothelin / CAK1 antigen / Pre-pro-megakaryocyte-potentiating factor


分子量: 32167.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Insect expression vector pBlueBacmsGCA1His (その他)
遺伝子: MSLN, MPF
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q13421
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 75 % / 解説: 40%
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350 20% 0.15 M ammonium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.98008 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→114 Å / Num. obs: 51008 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 109 % / Biso Wilson estimate: 101.44 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.384 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.9→2.99 Å / 冗長度: 110 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Mean I/σ(I) obs: 111 / Num. unique obs: 4354 / CC1/2: 0.21 / Rpim(I) all: 0.47 / Rrim(I) all: 0.36 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2-4158_4158精密化
PHENIX1.19.2-4158_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→39.9 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.65 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2539 1999 3.93 %
Rwork0.2385 --
obs0.2391 50922 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7817 0 0 0 7817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118021
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33910891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.322897
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011395
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.970.41971390.40443414X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.050.4271410.41243425X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.140.39581390.40943432X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.240.39291420.36663459X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.360.34951410.32323456X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.490.35281400.3133418X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.650.28371410.29183453X-RAY DIFFRACTION100
3.65-3.850.30011410.27323481X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.090.29471430.22353467X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.40.2091420.21233499X-RAY DIFFRACTION100
4.4-4.840.221430.19683490X-RAY DIFFRACTION100
4.84-5.540.21751450.20643560X-RAY DIFFRACTION100
5.54-6.980.25751470.23753578X-RAY DIFFRACTION100
6.98-39.90.19741550.19393791X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -51.4914 Å / Origin y: -26.0968 Å / Origin z: 26.3841 Å
111213212223313233
T0.9353 Å20.0706 Å2-0.0823 Å2-0.4784 Å2-0.0947 Å2--0.5395 Å2
L0.1668 °2-0.0049 °2-0.0421 °2-1.2633 °2-0.8161 °2--0.0921 °2
S0.0109 Å °-0.0491 Å °-0.0136 Å °0.0809 Å °-0.0102 Å °0.0993 Å °-0.0907 Å °0.1167 Å °0.009 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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