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- PDB-8fsi: The structure of a crystallizable variant of E. coli pyruvate for... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fsi
タイトルThe structure of a crystallizable variant of E. coli pyruvate formate-lyase activating enzyme bound to SAM
要素Pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE / Radical SAM / Activase / PFL
機能・相同性
機能・相同性情報


[formate-C-acetyltransferase]-activating enzyme / [formate-C-acetyltransferase]-activating enzyme activity / potassium ion binding / protein maturation / glucose metabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / DNA damage response / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyruvate formate-lyase 1 activating enzyme / Radical-activating enzyme, conserved site / Organic radical enzyme activase / Organic radical-activating enzymes / Pyruvate formate-lyase activase / Radical activating enzymes signature. / 4Fe-4S single cluster domain / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
: / S-ADENOSYLMETHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Moody, J.D. / Galambas, A. / Lawrence, C.M. / Broderick, J.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH GM 131889, NIH GM 054608 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Computational engineering of previously crystallized pyruvate formate-lyase activating enzyme reveals insights into SAM binding and reductive cleavage.
著者: Moody, J.D. / Hill, S. / Lundahl, M.N. / Saxton, A.J. / Galambas, A. / Broderick, W.E. / Lawrence, C.M. / Broderick, J.B.
履歴
登録2023年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1016
ポリマ－28,2371
非ポリマー8645
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, This protein can pass a radical to pyruvate-formate-lyase
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.405, 59.094, 83.545
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Pyruvate formate-lyase 1-activating enzyme / Formate-C-acetyltransferase-activating enzyme 1 / PFL-activating enzyme 1


分子量: 28237.273 Da / 分子数: 1
変異: S1E, E53K, A93E, R111H, Q139K, E151R, K154Q, N158E, K222E, K225R, K226A, E230R
由来タイプ: 組換発現
詳細: Computationally redesigned for reproducible crystallization
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: pflA, act, b0902, JW0885 / プラスミド: pET42_SUMO
詳細 (発現宿主): Kanamycin-resistant, cleavable N-terminal 10xHis-SUMO tag
発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3)RIL
参照: UniProt: P0A9N4, [formate-C-acetyltransferase]-activating enzyme

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非ポリマー , 5種, 258分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.44 % / 解説: rod-like
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 4 uL of protein (10 mg/mL PFL-AE-CCR8 in 12.5 mM HEPES, 200 mM KCl, 3.5 mM SAM, 5.0 mM WT 7-mer PFL peptide, and 2.5 mM DTT) with 1 uL of crystallization reservoir solution (28% PEG 3350, 100 ...詳細: 4 uL of protein (10 mg/mL PFL-AE-CCR8 in 12.5 mM HEPES, 200 mM KCl, 3.5 mM SAM, 5.0 mM WT 7-mer PFL peptide, and 2.5 mM DTT) with 1 uL of crystallization reservoir solution (28% PEG 3350, 100 mM glycine, pH 9.0) in hanging drop format over 50 uL of crystallization reservoir solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→41.77 Å / Num. obs: 39365 / % possible obs: 96.88 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 16.31 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05246 / Rpim(I) all: 0.01912 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 19.76
反射 シェル解像度: 1.46→1.512 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.2999 / Mean I/σ(I) obs: 3.66 / Num. unique obs: 3661 / CC1/2: 0.959 / CC star: 0.989 / Rpim(I) all: 0.1104 / Rrim(I) all: 0.3205 / % possible all: 91.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.46→41.77 Å / SU ML: 0.1297 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.752
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.173 1890 4.8 %
Rwork0.1511 37523 -
obs0.1522 39365 96.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→41.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1975 0 38 253 2266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01172109
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19762865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0834301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0125366
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9913801
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.46-1.490.22381270.2032341X-RAY DIFFRACTION85.69
1.49-1.530.19331380.16922603X-RAY DIFFRACTION95.27
1.53-1.580.15381430.14872624X-RAY DIFFRACTION96.44
1.58-1.630.16771370.14722662X-RAY DIFFRACTION97.36
1.63-1.690.18711150.15392654X-RAY DIFFRACTION96.11
1.69-1.760.18551250.15472702X-RAY DIFFRACTION98.06
1.76-1.840.17091420.14262711X-RAY DIFFRACTION98.01
1.84-1.930.1761440.14692673X-RAY DIFFRACTION97.47
1.93-2.050.17451440.15092649X-RAY DIFFRACTION96.58
2.05-2.210.20271360.14912751X-RAY DIFFRACTION98.67
2.21-2.440.15681260.14322744X-RAY DIFFRACTION98.19
2.44-2.790.19531210.15092712X-RAY DIFFRACTION96.3
2.79-3.510.18241460.15582820X-RAY DIFFRACTION99.33
3.51-41.770.14881480.14962877X-RAY DIFFRACTION97.11
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.319904165670.5821613752420.7447716989911.493783313670.8823412369763.612641764120.01054252275990.0765317460388-0.0147555618036-0.06148077237260.0324888018236-0.104979632495-0.07625531307140.338446178045-0.05807758610520.09237516338640.001533469784430.02057583417270.1296194753290.01873157854280.110190616934.39227759005-6.9818625008922.7235927181
22.237395035580.3469593226840.712405948362.96094994397-0.4483922794393.20516125101-0.0394694178441-0.072685404432-0.04160358835020.2823432571820.070651225846-0.0295186982118-0.04594143474050.10086533059-0.01705184143270.1036898197850.02814602873780.01600195511510.09196826154110.02057076201790.09571658901510.749299928493-7.4647294641833.506671099
31.15650652554-0.2648001549590.9312421595180.94321639945-0.3710900046662.684737900910.0636865105543-0.123570851376-0.168445621353-0.0688979516790.1313073728080.2637841363620.25896222108-0.390344071357-0.1696316408190.134932381694-0.0250178905342-0.01463666362840.1413437774490.05944858123250.188034355806-13.9173848053-12.204637954620.4953450955
44.19453034224-0.3987036889870.2223986748271.65997036611-0.871704726652.95214866592-0.01389167829920.1431141667160.047104398595-0.2432016515720.02182838127890.0556552811898-0.123081466119-0.0718612083001-0.002034758384080.186598069824-0.00551490183228-0.02665077918250.1378291703630.03951039870780.170995491241-12.0174426727-2.2265408021312.5979926221
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 51 )1 - 511 - 51
22chain 'A' and (resid 52 through 114 )52 - 11452 - 114
33chain 'A' and (resid 115 through 187 )115 - 187115 - 187
44chain 'A' and (resid 188 through 245 )188 - 245188 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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