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- PDB-8fse: Crystal structure of integrin beta-2 tail bound to the FERM-folde... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fse
タイトルCrystal structure of integrin beta-2 tail bound to the FERM-folded talin head domain
要素Integrin beta-2,Talin-1
キーワードCELL ADHESION / integrin / beta-2 / talin / FERM / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / integrin alphaX-beta2 complex / cellular extravasation / integrin alphaM-beta2 complex / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / Smooth Muscle Contraction / MAP2K and MAPK activation ...Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / integrin alphaX-beta2 complex / cellular extravasation / integrin alphaM-beta2 complex / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / Smooth Muscle Contraction / MAP2K and MAPK activation / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / complement component C3b binding / LIM domain binding / Platelet degranulation / cortical microtubule organization / leukocyte migration involved in inflammatory response / vinculin binding / integrin activation / activated T cell proliferation / cell-substrate junction assembly / integrin complex / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cortical actin cytoskeleton organization / leukocyte cell-cell adhesion / phagocytosis, engulfment / phosphatidylserine binding / amyloid-beta clearance / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / endothelial cell migration / ruffle / neutrophil chemotaxis / Neutrophil degranulation / cell-matrix adhesion / receptor-mediated endocytosis / phosphatidylinositol binding / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / receptor internalization / structural constituent of cytoskeleton / cell-cell adhesion / ruffle membrane / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / actin filament binding / integrin binding / amyloid-beta binding / cytoskeleton / receptor complex / cell adhesion / membrane raft / external side of plasma membrane / focal adhesion / protein-containing complex binding / protein kinase binding / cell surface / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Integrin beta-2 subunit / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain ...Integrin beta-2 subunit / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain / Talin IBS2B domain / Talin, N-terminal F0 domain / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / FERM domain signature 2. / Integrin domain superfamily / FERM central domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-2 / Talin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wu, J. / Gao, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Structure of Talin Bound to beta 2 Integrin Unveils the Molecular Mechanism of Species-Specific Integrin Activation
著者: Gao, T. / Kabir, S. / Wu, J.
履歴
登録2023年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin beta-2,Talin-1
B: Integrin beta-2,Talin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8132
ポリマ－94,8132
非ポリマー00
水17,727984
1
A: Integrin beta-2,Talin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4061
ポリマ－47,4061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Integrin beta-2,Talin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4061
ポリマ－47,4061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.862, 110.358, 68.368
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Integrin beta-2,Talin-1 / Cell surface adhesion glycoproteins LFA-1/CR3/p150 / 95 subunit beta / Complement receptor C3 subunit beta


分子量: 47406.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Itgb2, Tln1, Tln / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P11835, UniProt: P26039
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 984 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.77 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG4000 16%, NaCl 0.1M, DTT 2mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 77701 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.963 / CC star: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3617 / CC1/2: 0.666 / CC star: 0.894 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.20.1精密化
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→47.78 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 20.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2199 3753 4.83 %
Rwork0.1791 --
obs0.1811 77630 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6069 0 0 984 7053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7988335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.556824
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052910
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051070
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.920.32831200.27642213X-RAY DIFFRACTION80
1.92-1.940.3446990.26162696X-RAY DIFFRACTION96
1.94-1.970.30271210.24512722X-RAY DIFFRACTION97
1.97-20.29061270.22152709X-RAY DIFFRACTION98
2-2.030.26741130.19992780X-RAY DIFFRACTION99
2.03-2.060.21511650.19252669X-RAY DIFFRACTION99
2.06-2.090.20161500.19582744X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.130.24391480.18242750X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.170.2381880.18582716X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.210.22081110.17672805X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.260.20921490.17932718X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.310.2441700.18062765X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.360.22811410.18362775X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.420.22261420.18072714X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.480.2581280.18492812X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.560.27711310.18972778X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.640.221730.18492729X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.730.23681250.18062796X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.840.2061210.18492775X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.970.22451720.18772747X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.130.22441490.18042741X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.320.26141510.17522781X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.580.18331300.16692786X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.940.18391460.15742772X-RAY DIFFRACTION100
3.94-4.510.17061430.14522752X-RAY DIFFRACTION99
4.51-5.680.17571230.15972823X-RAY DIFFRACTION100
5.68-47.780.20371170.17222809X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.6952 Å / Origin y: -31.3495 Å / Origin z: -19.6929 Å
111213212223313233
T0.057 Å20.0125 Å2-0.0005 Å2-0.0683 Å20.0002 Å2--0.0569 Å2
L-0.0247 °20.0837 °2-0.0116 °2-0.2357 °2-0.0081 °2--0.0425 °2
S-0.0052 Å °-0.0265 Å °0.0006 Å °-0.0283 Å °-0.0122 Å °-0.0002 Å °-0.0011 Å °0.0006 Å °-0.0097 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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