PDB-8fsd: P130R mutant of soybean SHMT8 in complex with PLP-glycine and for...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fsd

タイトル

P130R mutant of soybean SHMT8 in complex with PLP-glycine and formylTHF

要素

Serine hydroxymethyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Enzyme / complex / mutant / substrate analog

機能・相同性

機能・相同性情報

glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Beamer, L.J. / Korasick, D.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Structural and functional analysis of two SHMT8 variants associated with soybean cyst nematode resistance.
著者: Korasick, D.A. / Owuocha, L.F. / Kandoth, P.K. / Tanner, J.J. / Mitchum, M.G. / Beamer, L.J.

#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.

#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...

履歴

登録	2023年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8fsd.ent.gz	655.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8fsd_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fsd_full_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示
XML形式データ	8fsd_validation.xml.gz	92.5 KB	表示
CIF形式データ	8fsd_validation.cif.gz	137.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/8fsd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/8fsd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7ujhC 7ujiC 8domC 8dskC 6uxj C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Serine hydroxymethyltransferase

B: Serine hydroxymethyltransferase

C: Serine hydroxymethyltransferase

D: Serine hydroxymethyltransferase

ヘテロ分子

221 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.565, 90.480, 146.183
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.395, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Serine hydroxymethyltransferase 分子量: 54063.289 Da / 分子数: 4 / 変異: P130R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: 100305380 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0R0IK90
#2: 化合物	ChemComp-PLG / N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE] / N-PYRIDOXYL-GLYCINE-5-MONOPHOSPHATE 分子量: 306.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₂O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-FFO / N-[4-({[(6S)-2-amino-5-formyl-4-oxo-3,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)benzoyl]-L-glutamic acid / [6S]-5-FORMYL-TETRAHYDROFOLATE / 6S-FOLINIC ACID / l-ロイコボリン分子量: 473.439 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₇O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2017 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.18-0.25 TMAO 0.1 M TRIS HCL 21-23% W/V PEG MME 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2019年8月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→47.64 Å / Num. obs: 361249 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 19.86 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 0.8 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 1.464 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 16711 / CC_1/2: 0.336 / R_pim(I) all: 0.968 / R_rim(I) all: 1.764 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.49→47.41 Å / SU ML: 0.2052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.7691
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2134	17758	4.97 %
R_work	0.1842	339672	-
obs	0.1857	357430	97.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→47.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14422	0	320	2017	16759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	15656
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0178	21272
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0809	2276
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	2778
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.4181	2272

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.49-1.51	0.3839	445	0.355	8149	X-RAY DIFFRACTION	70.38
1.51-1.52	0.3587	520	0.3412	10378	X-RAY DIFFRACTION	89.82
1.52-1.54	0.3293	626	0.3137	11364	X-RAY DIFFRACTION	98.38
1.54-1.56	0.3316	628	0.3022	11534	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.56-1.58	0.3073	593	0.2854	11597	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.58-1.61	0.3136	591	0.2754	11563	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.61-1.63	0.2869	504	0.2611	11699	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.63-1.65	0.2757	519	0.2492	11631	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.65-1.68	0.2763	573	0.2476	11654	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.68-1.71	0.2646	564	0.2347	11617	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.71-1.74	0.2574	656	0.2321	11539	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.74-1.77	0.2684	609	0.2302	11569	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.77-1.8	0.2749	577	0.241	11628	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.8-1.84	0.2706	647	0.2321	11548	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.84-1.88	0.2627	605	0.2214	11577	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.88-1.92	0.2298	615	0.2024	11588	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.92-1.97	0.2315	601	0.1929	11596	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.97-2.02	0.2221	581	0.1918	11606	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.02-2.08	0.2209	571	0.1904	11535	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.08-2.15	0.2233	671	0.1904	11460	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.15-2.23	0.2159	653	0.1808	11425	X-RAY DIFFRACTION	98.84
2.23-2.31	0.2035	601	0.1792	11446	X-RAY DIFFRACTION	98.5
2.31-2.42	0.2095	625	0.1759	11405	X-RAY DIFFRACTION	98.38
2.42-2.55	0.2075	626	0.1738	11344	X-RAY DIFFRACTION	97.63
2.55-2.71	0.2053	570	0.1718	11312	X-RAY DIFFRACTION	96.81
2.71-2.92	0.2048	583	0.1658	11276	X-RAY DIFFRACTION	96.57
2.92-3.21	0.1851	588	0.1601	11086	X-RAY DIFFRACTION	95.19
3.21-3.67	0.1848	589	0.1574	11054	X-RAY DIFFRACTION	94.66
3.67-4.63	0.1681	651	0.14	11013	X-RAY DIFFRACTION	94.5
4.63-47.41	0.1855	576	0.162	11479	X-RAY DIFFRACTION	96.03

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.01661230756	0.0525960509044	0.0628453814956	0.538375222488	-0.0865265882866	1.04005428177	-0.00944772346686	0.110162116582	0.0851030931953	-0.0972989704105	-0.0335743778404	-0.037346645753	-0.284322622854	0.106466334651	0.0418283826249	0.282819151632	0.00762529640885	0.0202657743707	0.15624990497	0.0526960251668	0.131223628087	34.8213713989	35.1354875183	3.88775937812
2	0.97586885553	0.226353988496	-0.0954224830719	0.730881879963	-0.00012948592742	1.26172474799	0.0231890128921	0.0878861708974	0.0393383316972	-0.077350567701	-0.0517157043743	0.122934928494	-0.176604562043	-0.323068669347	0.0170053156641	0.173443053842	0.0856279794973	-0.0124176467367	0.215088243862	-0.0133397970011	0.150662865136	7.76698385013	28.8367172125	15.4201046234
3	2.50206559929	0.0379142537149	0.34420123238	2.67490739235	0.2054348913	1.69957491135	-0.0308369397551	-0.28506289271	0.276820039618	0.203037602969	-0.0191285972532	0.312036022459	-0.283961173673	-0.30261574774	0.0255966300876	0.254673032243	0.089151855716	0.0025023031789	0.177866433683	0.00108628627012	0.18533146215	13.4791386055	40.2539378701	18.2122142418
4	1.29818367994	0.0628596232995	0.0593369113008	0.406224754166	0.172763854578	0.869614300834	0.00192614763157	0.280274414371	0.0233128112872	-0.206474123062	-0.0438539530124	0.101233540811	-0.325124185738	-0.0599007125843	0.0672070928628	0.305409230313	0.0872497681448	-0.0363917149483	0.164813159586	0.0156645949445	0.16735395591	17.9090744717	36.3090250803	0.756706202783
5	2.6668875187	0.0576979935607	-0.710933298319	3.81742261699	1.099038419	2.49211388908	-0.105616041815	0.164385338822	-0.269481896075	0.0859616893872	-0.185363922503	0.34124013852	0.166810449991	-0.452378455664	0.261969248791	0.246353961781	0.0327953229514	-0.0167209264107	0.309884251842	-0.0548022786859	0.175398122395	9.7554366245	18.0992733103	-8.59959592265
6	1.28217744652	0.632581835762	1.33632221576	4.16156460978	2.60330591217	2.43816048673	-0.0362804105547	0.195290036225	-0.040986773451	0.0650513276265	-0.0437817006956	0.26095005289	0.071448549628	0.159000065262	0.0881819127602	0.333517028018	0.100874985344	0.0622247049072	0.320454209342	-0.0136372622008	0.139409036345	22.9833448329	18.0905191427	-16.6399360204
7	1.76895159828	-0.603892346208	1.31737931914	1.30841170239	-1.06655144976	3.33737875178	-0.121361697025	0.249849722449	0.308018648498	-0.096760601164	-0.0214077133504	-0.0147793985108	-0.453028335829	0.152576561297	0.203761284433	0.4228385174	-0.0126029349626	0.0222740843229	0.175698040864	0.0841840303694	0.18547277434	33.2490624218	46.0134200097	-1.1101698927
8	1.5648017034	0.202129893527	0.885158348113	0.209811337085	-0.0317782766464	1.50156225189	-0.0152345843626	0.11106030802	-0.039979848289	-0.138430857224	-0.0361948321335	-0.000597390493252	-0.135071820413	0.0380800482892	0.0450618987424	0.206409870035	0.0388043601228	0.0398401045367	0.148226343758	0.0175408996266	0.11354574532	35.5710464185	23.4125221466	3.53814026569
9	1.0198625417	-0.0581625439893	0.29785100127	0.557665072206	-0.0656722725163	1.51683908004	-0.00649167818231	-0.110062867139	-0.0138921213027	0.0202739583053	-0.0354496918319	-0.0204361527802	-0.150638146889	-0.0303856610188	0.0439948453194	0.147379194014	0.00101549262734	0.00985026589405	0.13227059166	0.0328493659478	0.145702620101	34.3558987291	20.6858500183	27.768129405
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16	0.837967573234	-0.0172979649152	0.104556529952	0.384450815641	-0.0886545180655	0.527255127872	-0.0201121894683	-0.100190326522	-0.177242382696	0.0563668750535	-0.0107007659576	0.0441248758606	0.0384251088173	-0.0221297149366	0.0264936917544	0.173245004678	-0.023290730996	0.0426936551943	0.179670336544	0.0279981712294	0.238640969961	-1.64474968248	1.3216043641	63.5064005985
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19	1.6250920147	-0.425285480086	0.402896985789	0.485612859072	-0.296363837742	0.630323728913	-0.00589371530027	-0.0104733299407	-0.360823612033	-0.0238564786386	0.0167763560315	0.198704749	0.0831485910882	-0.137770152089	-0.0160994685046	0.128100627014	-0.023214836407	0.0166906773146	0.141603884801	-0.0435903348881	0.232724592223	-12.960812009	1.00431399563	49.3911751011
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21	2.28080803858	-1.49982861722	0.609015060091	2.31282821799	-0.091002924591	0.199247830415	-0.0638936447495	-0.290183331469	-0.0742560973824	-0.0140222407686	0.0597330421685	0.0370620075076	-0.0438295062958	-0.0721304037418	-0.00952643589543	0.186311652672	-0.0162231128684	0.0560193912148	0.289793554092	-0.044364666412	0.178837013228	-24.5058090685	18.2466093599	62.9108647909
22	0.659677363466	-0.0133883602592	0.0217880851955	0.392371283412	-0.136607521802	0.510844101562	-0.0216247571923	-0.0550766830564	-0.0823369871341	0.0199786083396	-0.0418021230691	-0.0223944933548	-0.00864724510695	0.0686122246149	0.0673620881971	0.108698291593	-0.0155711954123	0.0150819945629	0.120323603187	0.00750215102607	0.133938691774	12.9082000093	12.2158937194	58.1529736394
23	1.07505804036	-0.00707964585922	0.196956755254	1.34233188803	-0.981186042091	1.38380675864	-0.00117309570405	-0.0694920197003	-0.19045059313	-0.125715476024	-0.188435373572	-0.235561936896	0.228021082955	0.230901049936	0.123125289274	0.160468979418	0.0252044236588	0.0601178545829	0.161286456709	0.034857860863	0.181954669243	19.5034552952	3.2082654866	66.6260330288

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 89 )	A	A	0 - 89	1 - 90
2	2	chain 'A' and (resid 90 through 230 )	A	A	90 - 230	91 - 231
3	3	chain 'A' and (resid 231 through 283 )	A	A	231 - 283	232 - 284
4	4	chain 'A' and (resid 284 through 331 )	A	A	284 - 331	285 - 332
5	5	chain 'A' and (resid 332 through 426 )	A	A	332 - 426	333 - 427
6	6	chain 'A' and (resid 427 through 471 )	A	A	427 - 471	428 - 472
7	7	chain 'B' and (resid 0 through 31 )	B	B	0 - 31	1 - 32
8	8	chain 'B' and (resid 32 through 89 )	B	B	32 - 89	33 - 90
9	9	chain 'B' and (resid 90 through 169 )	B	B	90 - 169	91 - 170
10	10	chain 'B' and (resid 170 through 197 )	B	B	170 - 197	171 - 198
11	11	chain 'B' and (resid 198 through 230 )	B	B	198 - 230	199 - 231
12	12	chain 'B' and (resid 231 through 283 )	B	B	231 - 283	232 - 284
13	13	chain 'B' and (resid 284 through 332 )	B	B	284 - 332	285 - 333
14	14	chain 'B' and (resid 333 through 426 )	B	B	333 - 426	334 - 423
15	15	chain 'B' and (resid 427 through 471 )	B	B	427 - 471	424 - 468
16	16	chain 'C' and (resid 0 through 89 )	C	C	0 - 89	1 - 90
17	17	chain 'C' and (resid 90 through 230 )	C	C	90 - 230	91 - 231
18	18	chain 'C' and (resid 231 through 283 )	C	C	231 - 283	232 - 284
19	19	chain 'C' and (resid 284 through 332 )	C	C	284 - 332	285 - 333
20	20	chain 'C' and (resid 333 through 426 )	C	C	333 - 426	334 - 427
21	21	chain 'C' and (resid 427 through 471 )	C	C	427 - 471	428 - 472
22	22	chain 'D' and (resid 0 through 230 )	D	D	0 - 230	1 - 231
23	23	chain 'D' and (resid 231 through 471 )	D	D	231 - 471	232 - 469

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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万見 (Yorodumi)