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- PDB-8fs8: Structure of S. cerevisiae Rad24-RFC loading the 9-1-1 clamp onto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fs8
タイトルStructure of S. cerevisiae Rad24-RFC loading the 9-1-1 clamp onto a 5-nt gapped DNA (9-1-1 encircling fully bound DNA)
要素
  • (DNA damage checkpoint control protein ...) x 2
  • (Primer strand ...) x 2
  • (Replication factor C subunit ...) x 4
  • Checkpoint protein RAD24
  • DDC1 isoform 1
  • Template strand
キーワードCELL CYCLE/DNA / DNA damage repair / Rad24-RFC / 9-1-1 clamp / DNA clamp / alternative clamp loader / DNA damage signaling / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex / CELL CYCLE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic DNA integrity checkpoint signaling / checkpoint clamp complex / : / Rad17 RFC-like complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Elg1 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Ctf18 RFC-like complex / Polymerase switching / Translesion synthesis by REV1 ...meiotic DNA integrity checkpoint signaling / checkpoint clamp complex / : / Rad17 RFC-like complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Elg1 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Ctf18 RFC-like complex / Polymerase switching / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Translesion Synthesis by POLH / DNA replication checkpoint signaling / DNA clamp loader activity / telomere maintenance via recombination / Termination of translesion DNA synthesis / Activation of ATR in response to replication stress / mitotic DNA replication checkpoint signaling / reciprocal meiotic recombination / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / recombinational repair / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / mismatch repair / 3'-5' exonuclease activity / telomere maintenance / DNA damage checkpoint signaling / meiotic cell cycle / cellular response to ionizing radiation / nucleotide-excision repair / double-strand break repair via homologous recombination / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA repair / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ddc1 / DNA damage checkpoint control protein Rad17 / Rad17 P-loop domain / Checkpoint protein Hus1/Mec3 / Hus1-like protein / Checkpoint protein Rad17/Rad24 / Checkpoint protein Rad17/Rad24, fungi/metazoa / Rad1/Rec1/Rad17 / Rad9/Ddc1 / Repair protein Rad1/Rec1/Rad17 ...Ddc1 / DNA damage checkpoint control protein Rad17 / Rad17 P-loop domain / Checkpoint protein Hus1/Mec3 / Hus1-like protein / Checkpoint protein Rad17/Rad24 / Checkpoint protein Rad17/Rad24, fungi/metazoa / Rad1/Rec1/Rad17 / Rad9/Ddc1 / Repair protein Rad1/Rec1/Rad17 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 - #10 / Zinc Finger, Delta Prime; domain 3 / Replication factor C subunit 3, C-terminal domain / RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / : / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / DDC1 isoform 1 / DNA damage checkpoint control protein RAD17 / Checkpoint protein RAD24 / Replication factor C subunit 5 / Replication factor C subunit 3 / Replication factor C subunit 4 ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / DDC1 isoform 1 / DNA damage checkpoint control protein RAD17 / Checkpoint protein RAD24 / Replication factor C subunit 5 / Replication factor C subunit 3 / Replication factor C subunit 4 / Replication factor C subunit 2 / DNA damage checkpoint control protein MEC3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Zheng, F. / Georgescu, R. / Yao, Y.N. / O'Donnell, M.E. / Li, H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115809 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Structures of 9-1-1 DNA checkpoint clamp loading at gaps from start to finish and ramification to biology.
著者: Fengwei Zheng / Roxana E Georgescu / Nina Y Yao / Michael E O'Donnell / Huilin Li /
要旨: Recent structural studies show the Rad24-RFC loads the 9-1-1 checkpoint clamp onto a recessed 5' end by binding the 5' DNA on Rad24 at an external surface site and threading the 3' ssDNA into the ...Recent structural studies show the Rad24-RFC loads the 9-1-1 checkpoint clamp onto a recessed 5' end by binding the 5' DNA on Rad24 at an external surface site and threading the 3' ssDNA into the well-established internal chamber and into 9-1-1. We find here that Rad24-RFC loads 9-1-1 onto DNA gaps in preference to a recessed 5' DNA end, thus presumably leaving 9-1-1 on a 3' ss/ds DNA after Rad24-RFC ejects from the 5' gap end and may explain reports of 9-1-1 directly functioning in DNA repair with various TLS polymerases, in addition to signaling the ATR kinase. To gain a deeper understanding of 9-1-1 loading at gaps we report high-resolution structures of Rad24-RFC during loading of 9-1-1 onto 10-nt and 5-nt gapped DNAs. At a 10-nt gap we captured five Rad24-RFC-9-1-1 loading intermediates in which the 9-1-1 DNA entry gate varies from fully open to fully closed around DNA using ATPγS, supporting the emerging view that ATP hydrolysis is not needed for clamp opening/closing, but instead for dissociation of the loader from the clamp encircling DNA. The structure of Rad24-RFC-9-1-1 at a 5-nt gap shows a 180° axially rotated 3'-dsDNA which orients the template strand to bridge the 3'- and 5'- junctions with a minimum 5-nt ssDNA. The structures reveal a unique loop on Rad24 that limits the length of dsDNA in the inner chamber, and inability to melt DNA ends unlike RFC, thereby explaining Rad24-RFC's preference for a preexisting ssDNA gap and suggesting a direct role in gap repair in addition to its checkpoint role.
履歴
登録2023年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年6月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22025年5月28日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Checkpoint protein RAD24
B: Replication factor C subunit 4
C: Replication factor C subunit 3
D: Replication factor C subunit 2
E: Replication factor C subunit 5
F: DNA damage checkpoint control protein MEC3
G: DNA damage checkpoint control protein RAD17
H: DDC1 isoform 1
I: Template strand
J: Primer strand 1
K: Primer strand 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)410,42220
ポリマ－407,80411
非ポリマー2,6179
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, 2D averages showed the protein-DNA complex formed successfully
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AH

#1: タンパク質 Checkpoint protein RAD24


分子量: 57715.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RAD24, YER173W, SYGP-ORF60 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32641
#8: タンパク質 DDC1 isoform 1


分子量: 69787.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DDC1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H4BUG7

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Replication factor C subunit ... , 4種, 4分子 BCDE

#2: タンパク質 Replication factor C subunit 4 / Replication factor C4 / Activator 1 37 kDa subunit


分子量: 36201.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC4, YOL094C, O0923 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40339
#3: タンパク質 Replication factor C subunit 3 / Replication factor C3 / Activator 1 40 kDa subunit


分子量: 37841.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC3, YNL290W, N0533 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38629
#4: タンパク質 Replication factor C subunit 2 / Replication factor C2 / Activator 1 41 kDa subunit


分子量: 39794.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC2, YJR068W, J1808 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40348
#5: タンパク質 Replication factor C subunit 5 / Replication factor C5 / Activator 1 40 kDa subunit


分子量: 39993.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC5, YBR087W, YBR0810 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38251

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DNA damage checkpoint control protein ... , 2種, 2分子 FG

#6: タンパク質 DNA damage checkpoint control protein MEC3


分子量: 53207.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MEC3, PIP3, PSO9, YLR288C, L8003.15 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02574
#7: タンパク質 DNA damage checkpoint control protein RAD17


分子量: 45637.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RAD17, GI527_G0005737 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H4BW58

-
DNA鎖 , 1種, 1分子 I

#9: DNA鎖 Template strand


分子量: 15389.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
Primer strand ... , 2種, 2分子 JK

#10: DNA鎖 Primer strand 1


分子量: 6150.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#11: DNA鎖 Primer strand 2


分子量: 6084.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 9分子

#12: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#14: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1Rad24-RFC-911 clamp-DNACOMPLEX#6-#110MULTIPLE SOURCES
2DNACOMPLEX#9-#111SYNTHETICsynthetic DNA
3Proteins complexCOMPLEX#6-#81RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12synthetic construct (人工物)32630
23Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影電子線照射量: 64 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 242906 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00222386
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4330482
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.948503
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0373525
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033639

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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