PDB-8frr: Wild-type myocilin olfactomedin domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8frr

タイトル

Wild-type myocilin olfactomedin domain

要素

Myocilin, C-terminal fragment

キーワード

PROTEIN BINDING / Myocilin / olfactomedin / glaucoma / beta-propeller

機能・相同性

機能・相同性情報

skeletal muscle hypertrophy / clustering of voltage-gated sodium channels / myosin light chain binding / non-canonical Wnt signaling pathway / myelination in peripheral nervous system / node of Ranvier / frizzled binding / negative regulation of stress fiber assembly / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of cell-matrix adhesion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.27 Å

データ登録者

Ma, M.T. / Lieberman, R.L. / Huard, D.J.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Competition between inside-out unfolding and pathogenic aggregation in an amyloid-forming beta-propeller.
著者: Saccuzzo, E.G. / Mebrat, M.D. / Scelsi, H.F. / Kim, M. / Ma, M.T. / Su, X. / Hill, S.E. / Rheaume, E. / Li, R. / Torres, M.P. / Gumbart, J.C. / Van Horn, W.D. / Lieberman, R.L.

履歴

登録	2023年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8frr.cif.gz	179.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8frr.ent.gz	143 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8frr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8frr_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8frr_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8frr_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	8frr_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/8frr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/8frr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Myocilin, C-terminal fragment

ヘテロ分子

29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.468, 50.527, 50.873
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.25, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Myocilin, C-terminal fragment / Myocilin 35 kDa N-terminal fragment 分子量: 29256.824 Da / 分子数: 1 / 断片: olfactomedin domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYOC, GLC1A, TIGR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99972
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.06 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 5% PEG 8000, 0.05 M magnesium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.27→27.91 Å / Num. obs: 62921 / % possible obs: 95.26 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08769 / Net I/σ(I): 16.41
反射シェル	解像度: 1.27→1.315 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.5015 / Num. unique obs: 5951 / % possible all: 91.44

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.27→27.91 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 15.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1553	2001	3.19 %
R_work	0.1395	-	-
obs	0.14	62786	95.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.27→27.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2065	0	8	282	2355

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.582
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.616	335
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.118	350
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	418

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.27-1.3	0.202	128	0.1877	3987	X-RAY DIFFRACTION	88
1.3-1.34	0.2049	149	0.1731	4244	X-RAY DIFFRACTION	93
1.34-1.37	0.1773	129	0.1671	4256	X-RAY DIFFRACTION	94
1.37-1.42	0.1997	143	0.1603	4266	X-RAY DIFFRACTION	94
1.42-1.47	0.1908	142	0.1468	4329	X-RAY DIFFRACTION	95
1.47-1.53	0.1582	145	0.1374	4211	X-RAY DIFFRACTION	92
1.53-1.6	0.1583	143	0.1306	4324	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6-1.68	0.1576	145	0.1285	4417	X-RAY DIFFRACTION	96
1.68-1.79	0.1361	146	0.1261	4377	X-RAY DIFFRACTION	97
1.79-1.93	0.1396	146	0.1246	4454	X-RAY DIFFRACTION	97
1.93-2.12	0.1362	140	0.1249	4327	X-RAY DIFFRACTION	95
2.12-2.43	0.1405	143	0.1306	4515	X-RAY DIFFRACTION	98
2.43-3.06	0.1498	151	0.1492	4551	X-RAY DIFFRACTION	99
3.06-3.06	0.1617	151	0.1426	4527	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9485	0.4653	0.3964	0.9866	0.043	0.9127	-0.0673	-0.0382	-0.292	-0.0186	0.0466	0.0128	0.0818	-0.0647	-0.0057	0.1098	-0.0198	0.0003	0.0826	-0.0038	0.1338	-13.2344	-12.6017	-1.2836
2	0.9223	-0.1291	-0.1465	1.3587	0.8771	2.2977	0.0342	0.051	-0.0146	0.0094	-0.0488	-0.0019	0.1278	0.0056	0.0077	0.0813	0.0038	-0.0022	0.0827	-0.0029	0.0936	-0.9559	-6.5764	-10.9878
3	1.0366	-0.4767	-0.1293	1.2171	0.1922	1.1926	0.034	-0.0397	0.0293	0.001	-0.0433	-0.1095	0.0079	0.1276	0.0136	0.0879	-0.004	0.0042	0.1001	-0.0007	0.1033	3.8281	-3.2599	-9.5393
4	1.1217	-0.0011	-0.6852	0.7531	0.1273	0.6699	0.2043	0.0883	0.2646	-0.1193	-0.0893	-0.1749	-0.1527	0.0331	-0.0554	0.128	0.0054	0.0374	0.1327	0.0306	0.1479	2.7857	2.952	-14.6558
5	1.3825	-0.6699	-0.4736	1.2003	0.2303	0.9502	0.1482	0.2591	0.1645	-0.2481	-0.1336	-0.0887	-0.1437	-0.0552	-0.0123	0.1325	0.023	0.0103	0.1269	0.0288	0.1013	-6.92	4.6431	-20.3253
6	0.7727	-0.207	-0.4219	0.7382	-0.1931	0.9726	0.0393	0.0784	0.0832	-0.04	-0.0503	0.0155	-0.0269	-0.0739	0.006	0.0821	0.0091	-0.0106	0.0969	0.0034	0.0943	-14.6732	2.001	-12.0374
7	1.5127	0.2495	-0.6668	1.5245	0.3671	1.851	0.0971	0.4364	0.1073	-0.2333	-0.1884	0.1648	-0.152	-0.241	0.0161	0.1271	0.0604	-0.0333	0.1993	0.0347	0.1137	-19.5182	5.1011	-19.8221
8	1.3004	-0.1054	-0.2785	0.9548	-0.0613	0.9278	0.0488	0.0858	-0.0004	-0.0158	-0.0317	0.0904	-0.0109	-0.1605	-0.0038	0.0655	0.0053	-0.0044	0.1017	-0.0064	0.0949	-22.1156	0.2475	-6.907
9	0.554	-0.2432	0.4091	0.2252	-0.5258	1.3351	0.0103	0.1174	-0.1028	-0.0308	0.0386	0.1231	0.0696	-0.2742	-0.0832	0.1265	-0.0126	-0.005	0.196	-0.0049	0.1674	-27.988	-5.8212	-4.7366
10	1.0226	0.281	0.1942	1.4984	0.4922	2.1884	0.0062	-0.0317	-0.0885	0.0775	-0.0404	0.003	0.0674	-0.0631	0.0011	0.0906	-0.0001	0.0022	0.0867	0.0018	0.1071	-10.5025	-6.1086	-1.5835
11	2.7248	0.9355	0.5937	1.3079	0.1894	1.3669	0.0587	-0.0719	-0.2351	0.0554	-0.0585	0.0328	0.1022	-0.0949	0.0033	0.0812	-0.0059	-0.0042	0.0627	-0.0037	0.102	-9.8675	-9.1215	-2.0369

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 244 through 259 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 260 through 284 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 285 through 309 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 310 through 327 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 328 through 369 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 370 through 392 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 393 through 412 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 413 through 454 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 455 through 467 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 468 through 484 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 485 through 502 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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