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- PDB-8frf: Homodimeric designed loop protein RBL7_C2_3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8frf
タイトルHomodimeric designed loop protein RBL7_C2_3
要素RBL7_C2_3
キーワードDE NOVO PROTEIN / designed protein / helical repeat / homodimer
機能・相同性MALONATE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Jude, K.M. / Jiang, H. / Baker, D. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: De novo design of buttressed loops for sculpting protein functions.
著者: Jiang, H. / Jude, K.M. / Wu, K. / Fallas, J. / Ueda, G. / Brunette, T.J. / Hicks, D.R. / Pyles, H. / Yang, A. / Carter, L. / Lamb, M. / Li, X. / Levine, P.M. / Stewart, L. / Garcia, K.C. / Baker, D.
履歴
登録2023年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年8月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RBL7_C2_3
B: RBL7_C2_3
C: RBL7_C2_3
D: RBL7_C2_3
E: RBL7_C2_3
F: RBL7_C2_3
G: RBL7_C2_3
H: RBL7_C2_3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,1939
ポリマ－187,0918
非ポリマー1021
水68538
1
A: RBL7_C2_3
H: RBL7_C2_3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7732
ポリマ－46,7732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RBL7_C2_3
D: RBL7_C2_3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8753
ポリマ－46,7732
非ポリマー1021
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: RBL7_C2_3

C: RBL7_C2_3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7732
ポリマ－46,7732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x+1/2,-y,z+1/21
4
E: RBL7_C2_3
F: RBL7_C2_3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7732
ポリマ－46,7732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.961, 117.644, 142.056
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 3 through 205)
d_2ens_1(chain "B" and resid 3 through 205)
d_3ens_1(chain "C" and resid 3 through 205)
d_4ens_1(chain "D" and resid 3 through 205)
d_5ens_1(chain "E" and resid 3 through 205)
d_6ens_1(chain "F" and resid 3 through 205)
d_7ens_1(chain "G" and resid 3 through 205)
d_8ens_1(chain "H" and resid 3 through 205)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRALAA2 - 204
d_21ens_1THRALAB2 - 204
d_31ens_1THRALAD2 - 204
d_41ens_1THRALAE1 - 203
d_51ens_1THRALAF2 - 204
d_61ens_1THRALAG2 - 204
d_71ens_1THRALAH1 - 203
d_81ens_1THRALAI1 - 203

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.651030175121, -0.744696842609, -0.146922849447), (-0.737745835479, -0.666328254134, 0.108340850914), (-0.178579935366, 0.0378585571728, -0.983196794306)2.84804005843, 26.1943026, -91.9317777671
2given(0.665974168716, 0.741762567972, -0.0791624870683), (0.734853400463, -0.670596920668, -0.101440868577), (-0.128331159233, 0.00938417531311, -0.991686972196)4.89161931119, -24.6140776298, -130.066319087
3given(-0.657651541411, 0.736991507706, 0.156006306441), (-0.744590052244, -0.667377031078, 0.0139123142811), (0.1143682831, -0.107011288932, 0.987658078417)53.7979298421, 22.3333348612, -20.8343016479
4given(-0.0933475208366, -0.995631812207, 0.00188012621092), (0.98722082804, -0.0928035657247, -0.129547423261), (0.129156018205, -0.0102368310375, 0.991571444855)30.5660158622, -33.3001732956, -39.3779979881
5given(-0.996415423492, 0.00314503856399, 0.0845364569852), (0.00955142113176, 0.99710116661, 0.0754853224081), (-0.084053995631, 0.0760221827963, -0.99355702078)59.8895337604, 3.91202381996, -113.190097421
6given(-0.762247827944, -0.647126807867, -0.0143228256402), (0.64313068229, -0.754666859687, -0.129849360366), (0.0732200402296, -0.108188841525, 0.991430280089)49.7889230388, -25.0465793359, 14.9469570428
7given(-0.0161400974716, 0.999100859957, 0.0392041947625), (0.997404785174, 0.0188394239839, -0.0694893561403), (-0.0701654599247, 0.0379808864737, -0.996812048731)31.1550764348, -32.0561702457, -77.8765074306

-
要素

#1: タンパク質
RBL7_C2_3


分子量: 23386.354 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M sodium malonate, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→43.97 Å / Num. obs: 38604 / % possible obs: 99.43 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 67.39 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rpim(I) all: 0.1384 / Rrim(I) all: 0.3596 / Rsym value: 0.3313 / Net I/σ(I): 5.35
反射 シェル解像度: 2.99→3.097 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.66 / Num. unique obs: 3796 / CC1/2: 0.407 / CC star: 0.761 / Rpim(I) all: 1.25 / Rrim(I) all: 3.294 / Rsym value: 3.043 / % possible all: 96.63

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.99→43.97 Å / SU ML: 0.4817 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.4431
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 1988 5.17 %
Rwork0.2096 36436 -
obs0.2122 38424 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→43.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12331 0 7 38 12376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003712406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.691916820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03982082
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00472262
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.26284811
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.946387931626
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.827148479423
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.977297908246
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.893693113606
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.8498286582
ens_1d_7AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.685090368938
ens_1d_8AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.902278231349
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.99-3.060.41481290.34612317X-RAY DIFFRACTION89.73
3.06-3.140.35591450.3252569X-RAY DIFFRACTION99.41
3.14-3.240.39451320.30622600X-RAY DIFFRACTION99.71
3.24-3.340.36831480.26692577X-RAY DIFFRACTION99.89
3.34-3.460.33381450.25032593X-RAY DIFFRACTION99.82
3.46-3.60.27981290.23072604X-RAY DIFFRACTION99.85
3.6-3.760.29731430.2232606X-RAY DIFFRACTION100
3.76-3.960.2571460.19132603X-RAY DIFFRACTION99.96
3.96-4.210.2341410.17342624X-RAY DIFFRACTION99.96
4.21-4.530.23381410.15312616X-RAY DIFFRACTION100
4.53-4.990.19991410.15882631X-RAY DIFFRACTION100
4.99-5.710.24811430.21062647X-RAY DIFFRACTION99.79
5.71-7.190.29541520.23672679X-RAY DIFFRACTION99.89
7.19-43.970.17961530.1812770X-RAY DIFFRACTION98.68
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.45460243105-0.2796682760380.9292676127251.64832511617-0.4162330913741.093983633490.07694584838080.166577725190.000276085444854-0.4294911845990.05013103203820.4256291792140.0385408372904-0.0749470452029-0.1115223344910.507567264183-0.0249158928195-0.06918732295480.354503131767-0.0091728662710.3848011971221.87138147139-3.67734367868-47.8678286682
23.88736163829-1.99243319252-0.5991532610792.162833663090.612910468871.44851116903-0.2511813628450.1752910474260.08151622862480.23895372060.09459386514510.144060212634-0.03748672322440.1711217286660.1765119776740.442019128889-0.075215083373-0.04074671195090.3508975468980.05243926421740.3751345308913.827907480122.0861461238-45.3328649818
34.013122617680.448381644937-0.04041928143385.03681208577-1.223788263071.95979872573-0.06671375345-0.344695491102-0.495839355790.4164694653370.1969752036180.660252859070.102776881519-0.316405697371-0.1079426007990.3957390593260.03892118244570.05954822772640.523700021510.06228901605470.4141064683267.11221369749-15.7776867205-82.8914510793
42.480896497780.716244174985-0.854140994042.96639064885-1.278630035291.94937441209-0.1831974641870.1003816940330.153467389297-0.2966224009910.252125666654-0.370725395922-0.5344147155040.0147516713456-0.03336102316840.858044762720.04625468526890.02959285881830.565166653666-0.1044706267440.44955790653942.220388733622.7057913371-67.4133845901
51.730263249480.381490951958-0.2174158216615.156661798870.9866523844171.45425640109-0.01706372442110.0154813173201-0.249965733826-0.0924921898293-0.1527419445040.1007653159550.04487136133220.02468853643640.190268836130.354990933324-0.0164003352666-0.001275391926910.4043340357260.02323450310410.34874895778334.1618249585-24.7499165317-86.5435893639
64.384844934320.826210152520.9707245915933.917022728980.2622770951042.635423241660.152930598616-0.265730393182-0.1918408378110.4945264956410.17101730001-0.8661103456570.06598627409210.304172113282-0.2568057123080.5140133019620.0341235809107-0.07249482150880.506967952018-0.08699448651360.46858113522153.967817007-3.40822834454-66.0828991435
73.43364929643-0.798799917493-1.2634014513.52273598721-0.04655996175681.83965455058-0.0733174831817-0.211483530778-0.414892172031-0.1895495967160.0210940663748-0.4024795116010.1210859922720.4381145911640.03753861720440.309602377965-0.0544786264708-0.07998227304520.651838541033-0.01082449616970.45861819765251.4231661952-14.5144489116-31.8637754268
82.9195995383-0.4296361742360.4548094614514.29834624507-0.393110385011.655755061160.0534264231199-0.211382598335-0.647150012640.03378012508860.1299004886-0.1548240898380.2781166564560.139024161113-0.1650440420370.3579808043040.00192806276336-0.0463744069690.3594996644350.006124247368950.34971193239424.5375199281-26.394300234-30.7104233142
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 2 through 205)AA2 - 2051 - 204
22(chain 'B' and resid 2 through 205)BB2 - 2051 - 204
33(chain 'C' and resid 2 through 207)CD2 - 2071 - 206
44(chain 'D' and resid 3 through 206)DE3 - 2061 - 204
55(chain 'E' and resid 2 through 208)EF2 - 2081 - 207
66(chain 'F' and resid 2 through 206)FG2 - 2061 - 205
77(chain 'G' and resid 3 through 208)GH3 - 2081 - 206
88(chain 'H' and resid 3 through 214)HI3 - 2141 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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