PDB-8fr5: Crystal structure of the Human Smacovirus 1 Rep domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fr5

タイトル

Crystal structure of the Human Smacovirus 1 Rep domain

要素

Rep

キーワード

REPLICATION / DNA binding protein / endonuclease / viral protein

機能・相同性

: / Rep

機能・相同性情報

生物種

Human smacovirus 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.33 Å

データ登録者

Limon, L.K. / Shi, K. / Dao, A. / Rugloski, J. / Tompkins, K.J. / Aihara, H. / Gordon, W.R. / Evans IIII, R.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2023
タイトル: The crystal structure of the human smacovirus 1 Rep domain.
著者: Limon, L.K. / Shi, K. / Dao, A. / Rugloski, J. / Tompkins, K.J. / Aihara, H. / Gordon, W.R. / Evans 3rd, R.L.

履歴

登録	2023年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fr5.cif.gz	60.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fr5.ent.gz	35.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fr5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fr5_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fr5_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8fr5_validation.xml.gz	6.1 KB	表示
CIF形式データ	8fr5_validation.cif.gz	7.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/8fr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/8fr5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Rep

ヘテロ分子

11.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.160, 49.370, 31.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.301, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	Rep 分子量: 11533.931 Da / 分子数: 1 / 変異: Y81F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human smacovirus 1 (ウイルス) / 株: France/2/2008/2548 / 遺伝子: Rep / プラスミド: pTD68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B5CMT4
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M Sodium Acetate pH 5.0, 20% PEG 4000, 1 M Guanidine HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.33→29.43 Å / Num. obs: 19703 / % possible obs: 95.46 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 20.79 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.04161 / R_pim(I) all: 0.02461 / R_rim(I) all: 0.04858 / Net I/σ(I): 14.08
反射シェル	解像度: 1.33→1.378 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.8219 / Mean I/σ(I) obs: 2.51 / Num. unique obs: 5923 / CC_1/2: 0.757 / CC star: 0.928 / R_pim(I) all: 0.5037 / R_rim(I) all: 0.9694 / % possible all: 82.91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.33→29.43 Å / SU ML: 0.1788 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.8462
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2241	3643	9.91 %
R_work	0.1871	33122	-
obs	0.1909	19613	91.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.33→29.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	736	0	3	45	784

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0045	757
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7676	1030
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0794	108
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	131
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.9506	100

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.33-1.35	0.4743	89	0.4485	858	X-RAY DIFFRACTION	62.14
1.35-1.37	0.427	144	0.3585	1213	X-RAY DIFFRACTION	87.49
1.37-1.39	0.3606	130	0.3165	1202	X-RAY DIFFRACTION	86.89
1.39-1.41	0.3154	129	0.2994	1245	X-RAY DIFFRACTION	88.42
1.41-1.43	0.275	147	0.2695	1274	X-RAY DIFFRACTION	88.98
1.43-1.45	0.2969	129	0.2597	1196	X-RAY DIFFRACTION	88.93
1.45-1.48	0.284	139	0.2325	1273	X-RAY DIFFRACTION	90.69
1.48-1.5	0.3241	138	0.2386	1287	X-RAY DIFFRACTION	90.36
1.5-1.53	0.3096	132	0.2395	1224	X-RAY DIFFRACTION	90.22
1.53-1.56	0.27	139	0.2266	1264	X-RAY DIFFRACTION	88.69
1.56-1.6	0.279	141	0.197	1261	X-RAY DIFFRACTION	91.1
1.6-1.63	0.2349	152	0.183	1329	X-RAY DIFFRACTION	94.88
1.63-1.68	0.243	144	0.1779	1303	X-RAY DIFFRACTION	95.07
1.68-1.72	0.2244	149	0.18	1350	X-RAY DIFFRACTION	94.81
1.72-1.77	0.2134	151	0.179	1318	X-RAY DIFFRACTION	94.71
1.77-1.83	0.2575	147	0.1694	1352	X-RAY DIFFRACTION	95.24
1.83-1.89	0.1845	143	0.1774	1313	X-RAY DIFFRACTION	95.85
1.89-1.97	0.2741	149	0.1759	1334	X-RAY DIFFRACTION	95
1.97-2.06	0.2323	131	0.1676	1318	X-RAY DIFFRACTION	93.97
2.06-2.17	0.1612	139	0.1758	1285	X-RAY DIFFRACTION	92.95
2.17-2.3	0.2216	150	0.1753	1290	X-RAY DIFFRACTION	93.32
2.3-2.48	0.2317	150	0.1998	1327	X-RAY DIFFRACTION	94.98
2.48-2.73	0.1952	150	0.1931	1338	X-RAY DIFFRACTION	95.32
2.73-3.13	0.2355	144	0.1962	1338	X-RAY DIFFRACTION	94.82
3.13-3.94	0.2109	142	0.1781	1329	X-RAY DIFFRACTION	94.54
3.94-29.43	0.2087	145	0.1692	1301	X-RAY DIFFRACTION	93.9

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関連情報:EMDBヘッダ

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