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万見
- PDB-8fpt: STRUCTURE OF ALPHA-SYNUCLEIN FIBRILS DERIVED FROM HUMAN LEWY BODY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fpt
タイトルSTRUCTURE OF ALPHA-SYNUCLEIN FIBRILS DERIVED FROM HUMAN LEWY BODY DEMENTIA TISSUE
要素Alpha-synuclein
キーワードPROTEIN FIBRIL / AMYLOID / LEWY BODY DEMENTIA / POLYMORPHISM / PARKINSON / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / mitochondrial membrane organization ...negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / mitochondrial membrane organization / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / regulation of synaptic vesicle recycling / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization to cell periphery / negative regulation of exocytosis / regulation of glutamate secretion / response to iron(II) ion / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / dopamine biosynthetic process / regulation of norepinephrine uptake / transporter regulator activity / regulation of locomotion / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / regulation of macrophage activation / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / synaptic vesicle priming / negative regulation of microtubule polymerization / synaptic vesicle transport / positive regulation of receptor recycling / dopamine uptake involved in synaptic transmission / protein kinase inhibitor activity / dynein complex binding / regulation of dopamine secretion / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / cuprous ion binding / positive regulation of endocytosis / positive regulation of exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / response to magnesium ion / enzyme inhibitor activity / kinesin binding / synaptic vesicle endocytosis / response to type II interferon / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of serotonin uptake / regulation of presynapse assembly / alpha-tubulin binding / supramolecular fiber organization / inclusion body / phospholipid metabolic process / cellular response to copper ion / axon terminus / cellular response to epinephrine stimulus / Hsp70 protein binding / response to interleukin-1 / regulation of microtubule cytoskeleton organization / SNARE binding / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / adult locomotory behavior / negative regulation of protein kinase activity / excitatory postsynaptic potential / fatty acid metabolic process / phosphoprotein binding / protein tetramerization / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / synapse organization / ferrous iron binding / protein destabilization / PKR-mediated signaling / phospholipid binding / receptor internalization / tau protein binding / long-term synaptic potentiation / synaptic vesicle membrane / positive regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton / actin binding / growth cone / cell cortex / cellular response to oxidative stress / neuron apoptotic process / molecular adaptor activity / chemical synaptic transmission / negative regulation of neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / histone binding / amyloid fibril formation / lysosome / oxidoreductase activity / transcription cis-regulatory region binding / postsynapse / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / copper ion binding / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body
類似検索 - 分子機能
Synuclein / Alpha-synuclein / Synuclein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Barclay, A.M. / Dhavale, D.D. / Borcik, C.G. / Rau, M.J. / Basore, K. / Milchberg, M.H. / Warmuth, O.A. / Kotzbauer, P.T. / Rienstra, C.M. / Schwieters, C.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of alpha-synuclein fibrils derived from human Lewy body dementia tissue.
著者: Dhavale, D.D. / Barclay, A.M. / Borcik, C.G. / Basore, K. / Berthold, D.A. / Gordon, I.R. / Liu, J. / Milchberg, M.H. / O'Shea, J.Y. / Rau, M.J. / Smith, Z. / Sen, S. / Summers, B. / Smith, J. ...著者: Dhavale, D.D. / Barclay, A.M. / Borcik, C.G. / Basore, K. / Berthold, D.A. / Gordon, I.R. / Liu, J. / Milchberg, M.H. / O'Shea, J.Y. / Rau, M.J. / Smith, Z. / Sen, S. / Summers, B. / Smith, J. / Warmuth, O.A. / Perrin, R.J. / Perlmutter, J.S. / Chen, Q. / Fitzpatrick, J.A.J. / Schwieters, C.D. / Tajkhorshid, E. / Rienstra, C.M. / Kotzbauer, P.T.
履歴
登録2023年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
改定 1.22024年12月11日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-synuclein
B: Alpha-synuclein
C: Alpha-synuclein
D: Alpha-synuclein
E: Alpha-synuclein
F: Alpha-synuclein
G: Alpha-synuclein
H: Alpha-synuclein
I: Alpha-synuclein
J: Alpha-synuclein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,76110
ポリマ－144,76110
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 256structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質
Alpha-synuclein / Non-A beta component of AD amyloid / Non-A4 component of amyloid precursor / NACP


分子量: 14476.108 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNCA, NACP, PARK1 / プラスミド: PET28A-AS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組織 (発現宿主): HUMAN BRAIN TISSUE / 参照: UniProt: P37840
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D CC DARR
1301isotropic12D CC SPC7
1291isotropic13D NCACX DARR
1281isotropic13D NCOCX DARR
1271isotropic13D CANCO
1261isotropic22D CC DARR
1251isotropic22D NCA
1241isotropic22D NCO
1231isotropic23D NCACX DARR
1221isotropic23D NCOCX DARR
1211isotropic23D NCOCA SPC5
1201isotropic23D CANCO
1191isotropic12D CC PAR
1181isotropic13D CCC RFDR THEN PAR
1171isotropic23D NCACX PAR
1161isotropic21D C FSREDOR
1152isotropic13D CANH
1142isotropic13D CONH
1132isotropic13D CA[CO]NH RFDR
1122isotropic13D CO[CA]NH RFDR
1112isotropic13D CAN[H]H RFDR
1102isotropic13D CA[HH]NH RFDR
192isotropic13D N[HH]NH RFDR
182isotropic14D HN[HH]NH RFDR
172isotropic12D CACO CTUC-COSY
162isotropic22D CC FPRFDR
153isotropic22D CC DARR
143isotropic22D NCA
133isotropic22D NCO

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solid166 % [U-100% 13C; U-100% 15N] ALPHA-SYNUCLEIN, 34% H2OREHYDRATED FIBRILuCN34% H2O
solid266 % [U-100% 2H; U-100% 13C; U-100% 15N] ALPHA-SYNUCLEIN, 34% H2O, BACK-EXCHANGED IN 99.8% D2OuDCN34% H2O, BACK-EXCHANGED IN 99.8% D2O
solid320 % [U-25% 2-13C GLYCEROL; U-100% 15N] labelled ALPHA-SYNUCLEIN, 80 % ALPHA-SYNUCLEIN, H2ODilutedH2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
66 %ALPHA-SYNUCLEIN[U-100% 13C; U-100% 15N]1
66 %ALPHA-SYNUCLEIN[U-100% 2H; U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 %labelled ALPHA-SYNUCLEIN[U-25% 2-13C GLYCEROL; U-100% 15N]3
80 %ALPHA-SYNUCLEINnatural abundance3
試料状態イオン強度: 100 mM NACL mM / Label: SAMPLE_COND / pH: 7.6 / 圧: AMBIENT / 温度: 273 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian VNMRSVarianVNMRS7501
Varian VNMRSVarianVNMRS5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRFAM-SPARKYLEE, TONELLI and MARKLEYchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRFAM-SPARKYLEE, TONELLI, and MARKLEYpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 256 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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