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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fov | ||||||
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タイトル | AbeH (Tryptophan-5-halogenase) bound to FAD and Cl | ||||||
![]() | Tryptophan 5-halogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / halogenase / flavin | ||||||
機能・相同性 | Flavin-dependent tryptophan halogenase / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / monooxygenase activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Tryptophan 5-halogenase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ashaduzzaman, M. / Bellizzi, J.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystallographic and thermodynamic evidence of negative cooperativity of flavin and tryptophan binding in the flavin-dependent halogenases AbeH and BorH. 著者: Ashaduzzaman, M. / Lingkon, K. / De Silva, A.J. / Bellizzi, J.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 448 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 349 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 939.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 945.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 65.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 58350.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Contains extra Proline at N-terminus (residue 0) remaining from cleavage of linker with N-terminal His-tag. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 825分子 ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-ACT / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: Drop:1:1 ratio of reservoir solution and (50uM AbeH/25 mM FAD in 20 mM HEPES pH 7.2 and 35 mM sodium citrate); Reservoir (500 uL): 0.1 M Bis-Tris pH 6.2, 0.2 M magnesium acetate, 11% (v/v) PEG 10,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→56.14 Å / Num. obs: 93637 / % possible obs: 99.63 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 23.36 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06443 / Rpim(I) all: 0.06443 / Rrim(I) all: 0.09112 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.926 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.3797 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 9276 / CC1/2: 0.708 / CC star: 0.911 / Rpim(I) all: 0.3797 / Rrim(I) all: 0.537 / % possible all: 99.96 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→56.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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