PDB-8fo5: Structure of full-length amyloidogenic immunoglobulin light chain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fo5

タイトル

Structure of full-length amyloidogenic immunoglobulin light chain H9 in complex with 1-(1-(phenylsulfonyl)-1H-pyrrol-3-yl)ethan-1-one

要素

H9 immunoglobulin light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / light chain / amyloidosis / stabilizer

機能・相同性

PHOSPHATE ION / 1-[1-(benzenesulfonyl)-1H-pyrrol-3-yl]ethan-1-one

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Yan, N.L. / Wilson, I.A. / Kelly, J.W.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	HL157566	米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	HL154732	米国

引用

ジャーナル: Isr.J.Chem. / 年: 2023
タイトル: Crystal Structures of Diaryl Hydrazone and Sulfone Stabilizers in Complex with an Amyloidogenic Light Chain Reveal an Alternate Ligand-Binding Cavity
著者: Yan, N.L. / Wilson, I.A. / Kelly, J.W.

履歴

登録	2022年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_initial_refinement_model.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fo5.cif.gz	195 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fo5.ent.gz	153.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fo5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fo5_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fo5_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8fo5_validation.xml.gz	43.4 KB	表示
CIF形式データ	8fo5_validation.cif.gz	66.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/8fo5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fo/8fo5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8fo3C 8fo4C 5m6aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: H9 immunoglobulin light chain

B: H9 immunoglobulin light chain

C: H9 immunoglobulin light chain

D: H9 immunoglobulin light chain

ヘテロ分子

91.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: H9 immunoglobulin light chain

B: H9 immunoglobulin light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
45.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: H9 immunoglobulin light chain

D: H9 immunoglobulin light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.674, 63.568, 87.242
Angle α, β, γ (deg.)	84.39, 85.51, 80.09
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	H9 immunoglobulin light chain 分子量: 22549.658 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-Y4U / 1-[1-(benzenesulfonyl)-1H-pyrrol-3-yl]ethan-1-one / 1-(フェニルスルホニル)-3-アセチル-1H-ピロ-ル分子量: 249.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₁NO₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1067 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG3350, 0.2 M potassium phosphate monobasic, 4 degrees C

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→48.69 Å / Num. obs: 74530 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 23 Å² / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.047 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.89→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 9836 / CC_1/2: 0.85 / R_pim(I) all: 0.275 / R_sym value: 0.437

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5M6A

5m6a

解像度: 1.89→48.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25028	3736	5 %	RANDOM
R_work	0.20121	-	-	-
obs	0.20367	70774	95.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.964 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.56 Å²	0.16 Å²	1.64 Å²
2-	-	-0.93 Å²	0.3 Å²
3-	-	-	-0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.89→48.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6310	0	54	1067	7431

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	6578
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	5688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.582	1.644	9005
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.448	1.573	13397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.842	5	872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.408	24.839	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.027	15	977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.723	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	887
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7599
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.417	2.715	3467
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.414	2.713	3466
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.705	4.052	4343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.705	4.055	4344
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.863	2.961	3111
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.804	2.952	3095
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.338	4.303	4636
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.023	33.668	7445
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.74	32.746	7120
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.895→1.944 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	244	-
R_work	0.33	4504	-
obs	-	-	81.86 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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