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- PDB-8fnz: Acetylated tau repeat 1 and 2 fragment (AcR1R2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fnz
タイトルAcetylated tau repeat 1 and 2 fragment (AcR1R2)
要素Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid motif acetylation tau repeat domain post-translational modification
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / axonal transport / histone-dependent DNA binding / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of diacylglycerol kinase activity / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / positive regulation of protein localization to synapse / microtubule lateral binding / tubulin complex ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / axonal transport / histone-dependent DNA binding / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of diacylglycerol kinase activity / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / positive regulation of protein localization to synapse / microtubule lateral binding / tubulin complex / phosphatidylinositol bisphosphate binding / main axon / regulation of long-term synaptic depression / negative regulation of kinase activity / negative regulation of tubulin deacetylation / generation of neurons / regulation of chromosome organization / positive regulation of protein localization / rRNA metabolic process / internal protein amino acid acetylation / regulation of mitochondrial fission / intracellular distribution of mitochondria / axonal transport of mitochondrion / axon development / central nervous system neuron development / regulation of microtubule polymerization / microtubule polymerization / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / dynactin binding / apolipoprotein binding / glial cell projection / negative regulation of mitochondrial membrane potential / protein polymerization / negative regulation of mitochondrial fission / axolemma / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / positive regulation of axon extension / regulation of microtubule cytoskeleton organization / Activation of AMPK downstream of NMDARs / supramolecular fiber organization / regulation of cellular response to heat / stress granule assembly / cytoplasmic microtubule organization / regulation of calcium-mediated signaling / axon cytoplasm / positive regulation of microtubule polymerization / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / synapse assembly / phosphatidylinositol binding / nuclear periphery / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of superoxide anion generation / protein phosphatase 2A binding / regulation of autophagy / astrocyte activation / response to lead ion / synapse organization / microglial cell activation / Hsp90 protein binding / regulation of synaptic plasticity / PKR-mediated signaling / protein homooligomerization / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / microtubule cytoskeleton organization / cellular response to reactive oxygen species / SH3 domain binding / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / cell-cell signaling / protein-macromolecule adaptor activity / actin binding / single-stranded DNA binding / cellular response to heat / protein-folding chaperone binding / cell body / growth cone / microtubule binding / double-stranded DNA binding / microtubule / amyloid fibril formation / sequence-specific DNA binding / dendritic spine / learning or memory / nuclear speck / neuron projection / membrane raft / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / DNA damage response / dendrite / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Microtubule-associated protein Tau / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.88 Å
データ登録者Li, L. / Nguyen, A.B. / Mullapudi, V. / Joachimiak, L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1U01CA242115 米国
Welch FoundationI-1928-20200401 米国
Chan Zuckerberg Initiative2018-191983 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Disease-associated patterns of acetylation stabilize tau fibril formation.
著者: Li Li / Binh A Nguyen / Vishruth Mullapudi / Yang Li / Lorena Saelices / Lukasz A Joachimiak /
要旨: Assembly of tau into beta-sheet-rich amyloids dictates the pathology of a diversity of diseases. Lysine acetylation has been proposed to drive tau amyloid assembly, but no direct mechanism has ...Assembly of tau into beta-sheet-rich amyloids dictates the pathology of a diversity of diseases. Lysine acetylation has been proposed to drive tau amyloid assembly, but no direct mechanism has emerged. Using tau fragments, we identify patterns of acetylation that flank amyloidogenic motifs on the tau fragments that promote rapid fibril assembly. We determined a 3.9 Å cryo-EM amyloid fibril structure assembled from an acetylated tau fragment uncovering how lysine acetylation can mediate gain-of-function interactions. Comparison of the structure to an ex vivo tauopathy fibril reveals regions of structural similarity. Finally, we show that fibrils encoding disease-associated patterns of acetylation are active in cell-based tau aggregation assays. Our data uncover the dual role of lysine residues in limiting tau aggregation while their acetylation leads to stabilizing pro-aggregation interactions. Design of tau sequence with specific acetylation patterns may lead to controllable tau aggregation to direct folding of tau into distinct amyloid folds.
履歴
登録2022年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
F: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
H: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
E: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
A: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
I: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
J: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
K: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
L: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
C: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
B: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
D: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
R: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
S: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
Q: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
T: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
X: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
P: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
O: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
N: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
M: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
V: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
W: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
U: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
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w: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
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i: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
j: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
k: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
l: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
c: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
b: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment
d: Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,52148
ポリマ－99,52148
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ...
Microtubule-associated protein tau, acetylated repeat 1 and 2 fragment


分子量: 2073.352 Da / 分子数: 48 / 断片: acetylated repeat 1 and 2 fragment (AcR1R2) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Acetylated tau repeat 1 and 2 fragment (AcR1R2) / タイプ: COMPLEX / 詳細: Chemically synthesized / Entity ID: all / 由来: SYNTHETIC
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: This is PBS (1x)
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1137 mMSodium ChlorideNaCl1
22.7 mMPotassium ChlorideKCl1
38 mMDisodium hydrogen phosphateNa2HPO41
42 mMPotassium dihydrogen phosphateKH2PO41
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: we used 0.5 mM of the peptide to make the fibril
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K
詳細: We used blot-force of -5, and blot-time of 4 seconds.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4.5 sec. / 電子線照射量: 52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5901

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.8粒子像選択
2SerialEM3.8画像取得
4RELION3.1CTF補正
7Coot0.9.8.1モデルフィッティング
9PHENIX1.20.1モデル精密化
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: -1 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.75 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45674 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER / Target criteria: Cross-correlation coefficient
精密化最高解像度: 3.88 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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