PDB-8fns: X-ray crystal structure of Methylorubrum extorquens AM1 lanmoduli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fns

タイトル

X-ray crystal structure of Methylorubrum extorquens AM1 lanmodulin (LanM) with neodymium (III) bound at pH 7

要素

EF-hand domain-containing protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.01 Å

データ登録者

Jung, J.J. / Lin, C.-Y. / Boal, A.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Enhanced rare-earth separation with a metal-sensitive lanmodulin dimer.
著者: Mattocks, J.A. / Jung, J.J. / Lin, C.Y. / Dong, Z. / Yennawar, N.H. / Featherston, E.R. / Kang-Yun, C.S. / Hamilton, T.A. / Park, D.M. / Boal, A.K. / Cotruvo Jr., J.A.

履歴

登録	2022年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fns.cif.gz	57.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fns.ent.gz	41.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fns.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fns_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fns_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	8fns_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	8fns_validation.cif.gz	11.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/8fns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/8fns	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8dq2C 8fnrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EF-hand domain-containing protein

ヘテロ分子

11.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	24.099, 44.398, 82.316
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	EF-hand domain-containing protein 分子量: 11070.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア) 遺伝子: MexAM1_META1p1786 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: C5B164
#2: 化合物	ChemComp-ND / Neodymium Ion 分子量: 144.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Nd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.16 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 7.5, and 20 % (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.01→50 Å / Num. obs: 42844 / % possible obs: 90.67 % / 冗長度: 11.9 % / CC_1/2: 0.986 / Net I/σ(I): 26.7
反射シェル	解像度: 1.01→1.046 Å / Num. unique obs: 1876 / CC_1/2: 0.752

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.01→30.18 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 16.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1524	1939	4.52 %
R_work	0.1453	40914	-
obs	0.1456	42843	90.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.47 Å² / B_iso mean: 24.5977 Å² / B_iso min: 14.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.01→30.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	778	0	4	167	949
B_iso mean	-	-	19.3	33.49	-
残基数	-	-	-	-	105

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.01-1.03	0.2493	42	0.2243	1016	1058	32
1.03-1.06	0.1873	96	0.1966	2028	2124	64
1.06-1.09	0.1733	127	0.1995	2684	2811	84
1.09-1.13	0.1663	146	0.1911	3049	3195	96
1.13-1.17	0.2151	142	0.1738	3076	3218	96
1.17-1.22	0.183	150	0.1629	3121	3271	98
1.22-1.27	0.1506	152	0.1558	3179	3331	99
1.27-1.34	0.1526	150	0.1531	3191	3341	99
1.34-1.42	0.148	154	0.1478	3201	3355	100
1.42-1.53	0.154	153	0.1356	3218	3371	100
1.53-1.69	0.148	154	0.1384	3223	3377	100
1.69-1.93	0.1549	155	0.1404	3261	3416	100
1.93-2.43	0.1362	158	0.1361	3317	3475	100
2.43-30.18	0.1567	160	0.1477	3350	3510	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0503	0.8169	-2.9264	7.9113	-1.2548	5.8335	-0.284	0.2654	-0.1998	-0.4431	0.2378	0.7278	0.1077	-0.3974	-0.017	0.3383	-0.0227	-0.0305	0.2095	0.0218	0.2757	13.7924	8.4769	53.8717
2	1.8452	1.3831	-0.8295	3.0587	-1.4024	1.9573	-0.1257	0.0721	-0.241	-0.1939	0.041	-0.202	0.2357	0.1312	0.0771	0.166	-0.0042	0.0109	0.1622	-0.0115	0.2015	22.0458	11.7835	55.0453
3	1.7286	2.5415	0.9806	3.819	1.6171	3.1525	-0.1091	0.7122	-0.2034	-0.792	-0.0328	-0.5923	0.2973	0.2383	-0.012	0.5001	-0.091	0.0965	0.4339	-0.0517	0.2877	29.0901	21.22	38.0927
4	3.5954	0.7725	1.2306	1.6287	0.4252	3.3163	-0.0967	0.5976	0.2673	-0.6527	-0.0255	-0.1405	-0.5083	0.0827	0.073	0.3509	-0.0677	-0.014	0.3051	0.0376	0.2196	25.041	26.5373	42.0869
5	1.4811	0.1622	-0.6013	1.3339	0.0707	1.8626	-0.061	0.3769	-0.099	0.1222	-0.0883	0.3557	-0.0308	-0.6207	0.2372	0.4122	0.0328	0.0059	0.3658	-0.0059	0.2363	16.8744	25.0898	42.3379
6	1.0824	-0.9484	1.2396	0.8546	-1.087	1.4461	0.0083	0.3856	0.4819	-0.07	0.0024	0.5211	-0.4784	-0.8466	0.0105	0.4358	0.0724	0.0168	0.3777	0.0432	0.3461	17.6422	32.9997	49.0016
7	4.0037	1.9613	0.5467	1.016	0.6947	6.8345	-0.4403	0.1821	0.5344	-0.6318	0.2549	-0.1676	-0.8033	0.0443	0.0999	0.2873	-0.0666	-0.0336	0.2572	0.045	0.2054	27.1412	32.7288	47.9662
8	1.2847	0.5903	-0.4274	1.8363	-0.6247	2.1782	0.0274	-0.1331	0.0512	0.1572	-0.0335	-0.0145	-0.1496	0.0483	0.003	0.1634	0.0046	-0.0141	0.158	-0.0016	0.1775	19.3684	20.7124	60.4423
9	4.5858	0.5082	0.5263	2.4014	-0.1109	0.7939	-0.0122	0.1488	-0.0947	-0.0576	-0.0124	0.0733	0.0457	-0.1035	0.0028	0.1578	0.0009	-0.0092	0.1559	-0.0151	0.1981	11.3264	17.336	55.3384

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 29 through 34 )	A	29 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 58 )	A	35 - 58
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 59 through 63 )	A	59 - 63
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 64 through 68 )	A	64 - 68
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 69 through 76 )	A	69 - 76
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 77 through 83 )	A	77 - 83
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 84 through 92 )	A	84 - 92
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 93 through 116 )	A	93 - 116
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 117 through 133 )	A	117 - 133

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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