PDB-8fnr: X-ray crystal structure of Hansschlegelia quercus lanmodulin (Lan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fnr

タイトル

X-ray crystal structure of Hansschlegelia quercus lanmodulin (LanM) with dysprosium (III) bound at pH 7

要素

EF-hand domain-containing protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / methanol dehydrogenase

機能・相同性

EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / calcium ion binding / : / EF-hand domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Hansschlegelia quercus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Jung, J.J. / Lin, C.-Y. / Boal, A.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Enhanced rare-earth separation with a metal-sensitive lanmodulin dimer.
著者: Mattocks, J.A. / Jung, J.J. / Lin, C.Y. / Dong, Z. / Yennawar, N.H. / Featherston, E.R. / Kang-Yun, C.S. / Hamilton, T.A. / Park, D.M. / Boal, A.K. / Cotruvo Jr., J.A.

履歴

登録	2022年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fnr.cif.gz	200.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fnr.ent.gz	158.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fnr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fnr_validation.pdf.gz	10 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fnr_full_validation.pdf.gz	10.1 MB	表示
XML形式データ	8fnr_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	8fnr_validation.cif.gz	37 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/8fnr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/8fnr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8dq2C 8fnsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: EF-hand domain-containing protein

B: EF-hand domain-containing protein

C: EF-hand domain-containing protein

D: EF-hand domain-containing protein

ヘテロ分子

50 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: EF-hand domain-containing protein

B: EF-hand domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: EF-hand domain-containing protein

D: EF-hand domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.000, 54.234, 65.275
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.570, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	EF-hand domain-containing protein 分子量: 11923.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hansschlegelia quercus (バクテリア) 遺伝子: EYR15_14300 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A4V2JDD3
#2: 化合物	ChemComp-DY / DYSPROSIUM ION 分子量: 162.500 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Dy / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 250 uM tri-sodium citrate, pH 7, and 27 % (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年7月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 138347 / % possible obs: 91.61 % / 冗長度: 7.5 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 27.972
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / Num. unique obs: 8026 / CC_1/2: 0.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.4→27.41 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1808	3636	2.63 %
R_work	0.1613	134760	-
obs	0.1619	138326	91.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.62 Å² / B_iso mean: 25.9592 Å² / B_iso min: 8.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→27.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3295	0	14	623	3932
B_iso mean	-	-	20.03	35.47	-
残基数	-	-	-	-	435

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.2554	57	0.2311	2117	2174	37
1.42-1.44	0.2161	91	0.2156	3172	3263	56
1.44-1.46	0.2285	104	0.2116	3557	3661	64
1.46-1.48	0.2092	94	0.2095	4127	4221	72
1.48-1.5	0.2303	125	0.205	4496	4621	78
1.5-1.52	0.2147	143	0.2004	4796	4939	84
1.52-1.55	0.2181	137	0.1936	5053	5190	89
1.55-1.58	0.2025	133	0.1802	5442	5575	96
1.58-1.61	0.1797	156	0.1814	5577	5733	99
1.61-1.64	0.1773	158	0.1798	5696	5854	100
1.64-1.68	0.1966	152	0.1751	5642	5794	100
1.68-1.72	0.1933	141	0.1689	5694	5835	100
1.72-1.76	0.2026	155	0.1659	5740	5895	100
1.76-1.81	0.1637	157	0.1668	5731	5888	100
1.81-1.86	0.2077	174	0.163	5613	5787	100
1.86-1.92	0.1532	124	0.1598	5717	5841	100
1.92-1.99	0.1628	183	0.1535	5657	5840	100
1.99-2.07	0.1806	144	0.1504	5720	5864	100
2.07-2.16	0.1471	168	0.1515	5658	5826	100
2.16-2.28	0.1946	149	0.1508	5654	5803	100
2.28-2.42	0.2184	139	0.1607	5726	5865	100
2.42-2.61	0.1672	151	0.1586	5717	5868	100
2.61-2.87	0.1868	156	0.169	5665	5821	100
2.87-3.28	0.1754	138	0.1675	5690	5828	100
3.28-4.13	0.1684	155	0.1414	5680	5835	100
4.14-27.41	0.169	152	0.1473	5423	5575	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5697	0.8862	0.8536	1.0868	0.0787	1.5939	0.0623	-0.2944	-0.3512	0.0464	-0.0293	-0.0935	0.2696	0.0834	-0.0038	0.2128	0.043	0.0043	0.1215	0.0231	0.1085	26.5982	-20.1095	30.7135
2	5.9502	1.6207	2.1858	1.6701	2.1467	2.7696	-0.1388	0.5928	-0.0808	-0.3485	0.073	-0.1135	-0.0044	0.3506	0.0816	0.2513	0.012	0.0438	0.206	0.0392	0.1287	32.9593	-17.2226	23.2918
3	4.0853	-1.4535	-4.523	9.0484	-1.7164	7.4819	-0.2386	0.7002	0.442	0.0007	0.0009	0.3044	-1.0138	0.2157	0.2154	0.299	-0.011	-0.115	0.6748	0.0621	0.3447	-7.4064	-12.3832	24.9163
4	7.5458	-3.1835	4.5953	2.7343	-2.3671	4.7049	0.0385	1.3907	-0.3964	-1.1223	-0.0605	0.9784	-0.0564	-0.424	0.1279	0.485	-0.2114	-0.1539	0.6967	0.0584	0.4157	-3.2912	-17.0258	19.416
5	4.7933	1.0927	0.2717	3.6386	0.9155	3.5529	-0.1048	-0.2645	0.171	0.2162	0.1455	0.1281	-0.0364	-0.0641	-0.0409	0.1426	0.0278	-0.0047	0.1254	0.0215	0.1603	9.1823	-11.8575	34.1853
6	3.8074	0.005	-0.5513	3.5111	0.6182	2.9625	-0.1211	-0.238	-0.5915	0.0815	0.0233	0.2248	0.4781	-0.3444	-0.0462	0.2297	-0.0274	0.0325	0.1463	0.0296	0.1988	5.5605	-21.0048	31.6396
7	4.3326	-2.1317	0.319	3.8759	4.0231	6.2102	-0.4757	-0.0215	0.3735	-0.2747	0.0296	0.6713	0.0867	-0.7989	0.0812	0.1623	-0.0249	-0.044	0.2517	0.0369	0.2526	-1.2288	-14.5598	31.8372
8	8.4233	3.4579	0.7929	5.4571	-0.0098	4.3873	0.0289	-0.9796	-0.2646	0.668	0.0132	0.5856	0.2709	-0.6163	0.0362	0.1944	0.0108	0.0657	0.2709	0.0882	0.3321	-3.6089	-0.8176	13.1151
9	3.1669	-0.0398	-0.196	2.1588	0.7221	2.1117	-0.0368	0.3621	-0.2257	-0.2616	0.1374	-0.1047	-0.0519	0.1284	-0.078	0.0912	-0.0283	-0.0085	0.0918	-0.016	0.1283	11.8296	-4.829	-2.6934
10	2.8167	-1.826	-0.2859	2.4977	0.8587	1.8336	0.015	0.1143	0.0398	-0.0959	-0.0143	0.1247	-0.1115	-0.0821	0	0.0881	-0.0054	-0.0205	0.0617	0.0311	0.1123	2.419	3.5504	2.6818
11	6.8989	1.0703	1.0478	5.1784	-4.3191	4.167	-0.4404	-0.962	-0.6277	1.6292	-0.256	0.0441	0.2409	0.362	0.4139	0.6569	0.1752	0.1228	0.3564	0.0955	0.3129	36.8816	-10.3061	10.0552
12	7.6122	-4.5007	-0.8623	6.4381	2.2822	4.1966	0.184	0.264	-1.3284	0.1257	-0.2519	0.3066	1.2779	0.622	0.0356	0.3288	0.0788	0.0226	0.3451	-0.0379	0.3769	35.054	-12.3059	2.0394
13	3.0723	-0.3051	-0.1061	1.0896	-0.0469	2.1919	0.08	-0.3065	0.1139	0.0921	-0.0561	-0.0964	-0.1934	0.1385	0.0071	0.1168	-0.0403	-0.0088	0.1243	-0.0014	0.1198	21.1833	2.0458	13.8865
14	4.6196	-1.0496	-0.8873	1.4095	0.4664	2.3324	0.0965	0.0518	0.2363	-0.1129	-0.0313	-0.1529	-0.1942	0.2848	-0.0552	0.117	-0.0471	0.0018	0.114	0.0179	0.1015	27.2331	2.5111	6.4977
15	4.1406	-0.7052	-1.3838	6.9034	-4.6096	3.9243	-0.0994	1.0064	0.4312	-1.8809	-0.345	-0.4526	-0.5293	0.1187	0.4321	0.5464	-0.045	-0.0014	0.3091	0.0679	0.2926	35.4605	-8.4455	22.0115
16	6.6082	1.9233	0.4519	7.1299	-0.7543	4.6485	-0.0358	-0.2585	1.0051	0.2588	-0.2584	0.1917	-1.5121	0.315	0.3133	0.4622	-0.0664	-0.091	0.2394	-0.0137	0.3174	33.7833	-5.5728	30.1051
17	4.4333	0.2778	1.6358	0.4973	-0.3476	3.3227	-0.0701	0.614	0.1343	-0.1984	-0.0072	0.0559	0.0521	0.2027	0.0789	0.2199	0.0198	0.004	0.1609	0.029	0.1384	19.7896	-17.7522	18.337
18	4.8635	-0.4504	-0.0236	2.9053	-0.0185	3.7283	0.1483	0.2416	-1.1889	-0.0053	0.0047	-0.243	0.9916	0.1923	-0.0461	0.445	-0.0105	-0.0383	0.1936	-0.052	0.356	16.241	-29.6582	21.1478

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 92 through 115 )	C	92 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 116 through 133 )	C	116 - 133
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 24 through 30 )	D	24 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 31 through 42 )	D	31 - 42
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 43 through 82 )	D	43 - 82
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 83 through 121 )	D	83 - 121
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 122 through 133 )	D	122 - 133
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 24 through 42 )	A	24 - 42
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 43 through 91 )	A	43 - 91
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 92 through 133 )	A	92 - 133
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 24 through 32 )	B	24 - 32
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 33 through 42 )	B	33 - 42
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 43 through 82 )	B	43 - 82
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 83 through 133 )	B	83 - 133
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 24 through 32 )	C	24 - 32
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 33 through 42 )	C	33 - 42
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 43 through 75 )	C	43 - 75
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 76 through 91 )	C	76 - 91

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)