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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fmi | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human KRAS at 1.12 A | |||||||||
![]() | Isoform 2B of GTPase KRas | |||||||||
![]() | HYDROLASE / cancer | |||||||||
機能・相同性 | small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Isoform 2B of GTPase KRas![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Brenner, R. / Landgraf, A. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Bum-Erdene, K. / Meroueh, S.O. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Packing Reveals a Potential Autoinhibited KRAS Dimer Interface and a Strategy for Small-Molecule Inhibition of RAS Signaling. 著者: Brenner, R.J. / Landgraf, A.D. / Bum-Erdene, K. / Gonzalez-Gutierrez, G. / Meroueh, S.O. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 152.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 753.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 753.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8fmjC ![]() 8fmkC ![]() 5us4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19312.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium Formate 0.2 M and PEG 3350 20% |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年5月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07216 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.12→36.52 Å / Num. obs: 55227 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 7.84 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.092 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 24.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.12→1.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 2494 / CC1/2: 0.735 / Rpim(I) all: 0.318 / Rrim(I) all: 0.662 / Rsym value: 0.574 / % possible all: 90.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5us4 解像度: 1.12→36.52 Å / SU ML: 0.089 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.5185 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.12→36.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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