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- PDB-8fm6: Dri1 hemoprotein variant H21A with a zinc-mirror heme site -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fm6
タイトルDri1 hemoprotein variant H21A with a zinc-mirror heme site
要素Ssr1698 protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / heme / DRI domain
機能・相同性Domain of unknown function DUF2470 / Domain of unknown function (DUF2470) / Haem oxygenase HugZ-like superfamily / HEME B/C / Ssr1698 protein
機能・相同性情報
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Yee, E.F. / Blaby-Haas, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A hemoprotein with a zinc-mirror heme site ties heme availability to carbon metabolism in cyanobacteria.
著者: Grosjean, N. / Yee, E.F. / Kumaran, D. / Chopra, K. / Abernathy, M. / Biswas, S. / Byrnes, J. / Kreitler, D.F. / Cheng, J.F. / Ghosh, A. / Almo, S.C. / Iwai, M. / Niyogi, K.K. / Pakrasi, H.B. ...著者: Grosjean, N. / Yee, E.F. / Kumaran, D. / Chopra, K. / Abernathy, M. / Biswas, S. / Byrnes, J. / Kreitler, D.F. / Cheng, J.F. / Ghosh, A. / Almo, S.C. / Iwai, M. / Niyogi, K.K. / Pakrasi, H.B. / Sarangi, R. / van Dam, H. / Yang, L. / Blaby, I.K. / Blaby-Haas, C.E.
履歴
登録2022年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ssr1698 protein
B: Ssr1698 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0983
ポリマ－22,4792
非ポリマー6191
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, The Rg value and calculated P(r) distribution curve support a dimeric species formed in the presence of bound heme.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.659, 74.659, 211.188
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 2 through 95)
d_2ens_1(chain "B" and resid 2 through 95)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAASNA1 - 94
d_21ens_1ALAASNB1 - 94

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要素

#1: タンパク質 Ssr1698 protein


分子量: 11239.646 Da / 分子数: 2 / 変異: H21A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / 遺伝子: ssr1698 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P73129
#2: 化合物 ChemComp-HEB / HEME B/C / HYBRID BETWEEN B AND C TYPE HEMES (PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE)


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium citrate, 0.1 M potassium phosphate, 34% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月16日 / 詳細: KB bimorph mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→36.76 Å / Num. obs: 8771 / % possible obs: 81.64 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 81.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.851→3.05 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 2.395 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 106 / CC1/2: 0.436 / Rpim(I) all: 0.691 / Rrim(I) all: 2.495 / % possible all: 63.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROC1.0.5data processing
Aimless0.7.7データスケーリング
XDSJan 10, 2022データ削減
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.5モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→36.76 Å / SU ML: 0.3329 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.9282
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 353 4.92 %
Rwork0.2193 6816 -
obs0.2216 7169 81.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→36.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1480 0 43 0 1523
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00721548
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94772105
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551233
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063275
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1106575
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.921678426611 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-3.050.3673680.30251156X-RAY DIFFRACTION43.37
3.26-4.110.28651450.24392722X-RAY DIFFRACTION99.97
4.11-36.760.24841400.19952938X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -26.9976013583 Å / Origin y: 19.4440202137 Å / Origin z: -1.77762991529 Å
111213212223313233
T0.489453433326 Å2-0.000561693296934 Å2-0.100022798936 Å2-0.301019570875 Å2-0.0460128096031 Å2--0.49356933024 Å2
L2.62001280465 °21.23926636007 °22.23804984715 °2-0.694272354492 °20.625109540459 °2--3.23057436902 °2
S0.307976843423 Å °-0.0916863761381 Å °-0.0696665904682 Å °0.538951047203 Å °-0.133350014788 Å °-0.320456762704 Å °0.395650697533 Å °-0.0673027943853 Å °-0.128145732652 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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