PDB-8fm6: Dri1 hemoprotein variant H21A with a zinc-mirror heme site

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fm6

タイトル

Dri1 hemoprotein variant H21A with a zinc-mirror heme site

要素

Ssr1698 protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / heme / DRI domain

機能・相同性

Domain of unknown function DUF2470 / Domain of unknown function (DUF2470) / Haem oxygenase HugZ-like superfamily / metal ion binding / HEME B/C / Ssr1698 protein

機能・相同性情報

生物種

Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Yee, E.F. / Blaby-Haas, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A hemoprotein with a zinc-mirror heme site ties heme availability to carbon metabolism in cyanobacteria.
著者: Grosjean, N. / Yee, E.F. / Kumaran, D. / Chopra, K. / Abernathy, M. / Biswas, S. / Byrnes, J. / Kreitler, D.F. / Cheng, J.F. / Ghosh, A. / Almo, S.C. / Iwai, M. / Niyogi, K.K. / Pakrasi, H.B. ...

履歴

登録	2022年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fm6.cif.gz	102.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fm6.ent.gz	69.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fm6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fm6_validation.pdf.gz	904.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fm6_full_validation.pdf.gz	907.1 KB	表示
XML形式データ	8fm6_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	8fm6_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/8fm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/8fm6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8gbkC 8gdwC 8gf4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDQS9associated SAS data, www.sasbdb.org/data/SASDQS9/4puu5iv8cs/

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ssr1698 protein

B: Ssr1698 protein

ヘテロ分子

23.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, The Rg value and calculated P(r) distribution curve support a dimeric species formed in the presence of bound heme.

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.659, 74.659, 211.188
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and resid 2 through 95)
d_2	ens_1	(chain "B" and resid 2 through 95)

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ALA	ASN	A	1 - 94
d_2	1	ens_1	ALA	ASN	B	1 - 94

#1: タンパク質	Ssr1698 protein 分子量: 11239.646 Da / 分子数: 2 / 変異: H21A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 株: PCC 6803 / 遺伝子: ssr1698 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P73129
#2: 化合物	ChemComp-HEB / HEME B/C / HYBRID BETWEEN B AND C TYPE HEMES (PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE) 分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium citrate, 0.1 M potassium phosphate, 34% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月16日 / 詳細: KB bimorph mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→36.76 Å / Num. obs: 8771 / % possible obs: 81.64 % / 冗長度: 10 % / B_iso Wilson estimate: 81.6 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.148 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.851→3.05 Å / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 2.395 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 106 / CC_1/2: 0.436 / R_pim(I) all: 0.691 / R_rim(I) all: 2.495 / % possible all: 63.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
autoPROC	1.0.5	data processing
Aimless	0.7.7	データスケーリング
XDS	Jan 10, 2022	データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定
Coot	0.9.5	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.85→36.76 Å / SU ML: 0.3329 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.9282
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	353	4.92 %
R_work	0.2193	6816	-
obs	0.2216	7169	81.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→36.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1480	0	43	0	1523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0072	1548
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9477	2105
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0551	233
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	275
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.1106	575

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.921678426611 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.85-3.05	0.3673	68	0.3025	1156	X-RAY DIFFRACTION	43.37
3.26-4.11	0.2865	145	0.2439	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.11-36.76	0.2484	140	0.1995	2938	X-RAY DIFFRACTION	99.81

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -26.9976013583 Å / Origin y: 19.4440202137 Å / Origin z: -1.77762991529 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.489453433326 Å²	-0.000561693296934 Å²	-0.100022798936 Å²	-	0.301019570875 Å²	-0.0460128096031 Å²	-	-	0.49356933024 Å²
L	2.62001280465 °²	1.23926636007 °²	2.23804984715 °²	-	0.694272354492 °²	0.625109540459 °²	-	-	3.23057436902 °²
S	0.307976843423 Å °	-0.0916863761381 Å °	-0.0696665904682 Å °	0.538951047203 Å °	-0.133350014788 Å °	-0.320456762704 Å °	0.395650697533 Å °	-0.0673027943853 Å °	-0.128145732652 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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