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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fm6 | ||||||
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タイトル | Dri1 hemoprotein variant H21A with a zinc-mirror heme site | ||||||
![]() | Ssr1698 protein | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / heme / DRI domain | ||||||
機能・相同性 | Domain of unknown function DUF2470 / Domain of unknown function (DUF2470) / Haem oxygenase HugZ-like superfamily / HEME B/C / Ssr1698 protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yee, E.F. / Blaby-Haas, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: A hemoprotein with a zinc-mirror heme site ties heme availability to carbon metabolism in cyanobacteria. 著者: Grosjean, N. / Yee, E.F. / Kumaran, D. / Chopra, K. / Abernathy, M. / Biswas, S. / Byrnes, J. / Kreitler, D.F. / Cheng, J.F. / Ghosh, A. / Almo, S.C. / Iwai, M. / Niyogi, K.K. / Pakrasi, H.B. ...著者: Grosjean, N. / Yee, E.F. / Kumaran, D. / Chopra, K. / Abernathy, M. / Biswas, S. / Byrnes, J. / Kreitler, D.F. / Cheng, J.F. / Ghosh, A. / Almo, S.C. / Iwai, M. / Niyogi, K.K. / Pakrasi, H.B. / Sarangi, R. / van Dam, H. / Yang, L. / Blaby, I.K. / Blaby-Haas, C.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8gbkC ![]() 8gdwC ![]() 8gf4C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11239.646 Da / 分子数: 2 / 変異: H21A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / 遺伝子: ssr1698 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HEB / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.45 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium citrate, 0.1 M potassium phosphate, 34% PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月16日 / 詳細: KB bimorph mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→36.76 Å / Num. obs: 8771 / % possible obs: 81.64 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 81.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.851→3.05 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 2.395 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 106 / CC1/2: 0.436 / Rpim(I) all: 0.691 / Rrim(I) all: 2.495 / % possible all: 63.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 77.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→36.76 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.921678426611 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -26.9976013583 Å / Origin y: 19.4440202137 Å / Origin z: -1.77762991529 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |