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- PDB-8fm1: Structure of CBASS Cap5 from Pseudomonas syringae in the absence ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fm1
タイトルStructure of CBASS Cap5 from Pseudomonas syringae in the absence of a ligand (apo form dimer)
要素SAVED domain-containing protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / cyclic dinucleotide / bacterial immunity / CBASS / Cap5 effector DNA endonuclease / viral defense
機能・相同性HNH endonuclease / SMODS-associated and fused to various effectors / SMODS-associated and fused to various effectors sensor domain / HNH nuclease / metal ion binding / HNH endonuclease
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Rechkoblit, O. / Kreitler, D.F. / Aggarwal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM13170 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Activation of CBASS Cap5 endonuclease immune effector by cyclic nucleotides.
著者: Rechkoblit, O. / Sciaky, D. / Kreitler, D.F. / Buku, A. / Kottur, J. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2022年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAVED domain-containing protein
B: SAVED domain-containing protein
C: SAVED domain-containing protein
D: SAVED domain-containing protein
E: SAVED domain-containing protein
F: SAVED domain-containing protein
G: SAVED domain-containing protein
H: SAVED domain-containing protein
I: SAVED domain-containing protein
J: SAVED domain-containing protein
K: SAVED domain-containing protein
L: SAVED domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)514,01624
ポリマ－513,23112
非ポリマー78512
水00
1
A: SAVED domain-containing protein
B: SAVED domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6694
ポリマ－85,5382
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: SAVED domain-containing protein
D: SAVED domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6694
ポリマ－85,5382
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: SAVED domain-containing protein
F: SAVED domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6694
ポリマ－85,5382
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: SAVED domain-containing protein
H: SAVED domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6694
ポリマ－85,5382
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: SAVED domain-containing protein
J: SAVED domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6694
ポリマ－85,5382
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: SAVED domain-containing protein
L: SAVED domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6694
ポリマ－85,5382
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)159.428, 159.428, 433.875
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 16 through 59 or resid 81...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 16 through 59 or resid 81...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 16 through 59 or resid 81...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 16 through 59 or resid 81...
d_5ens_1(chain "E" and (resid 16 through 59 or resid 81...
d_6ens_1(chain "F" and (resid 16 through 59 or resid 81...
d_7ens_1(chain "G" and (resid 16 through 59 or resid 81...
d_8ens_1(chain "H" and (resid 16 through 59 or resid 81...
d_9ens_1(chain "I" and (resid 16 through 59 or resid 81...
d_10ens_1(chain "J" and (resid 16 through 59 or resid 81...
d_11ens_1(chain "K" and (resid 16 through 59 or resid 81...
d_12ens_1(chain "L" and (resid 16 through 59 or resid 81...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRPROA3 - 46
d_12ens_1ALALEUA51 - 350
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d_31ens_1THRPROC2 - 45
d_32ens_1ALALEUC50 - 349
d_41ens_1THRPROD3 - 46
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d_51ens_1THRPROE3 - 46
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d_61ens_1THRPROF1 - 44
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d_71ens_1THRPROG3 - 46
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d_102ens_1ALALEUJ48 - 347
d_111ens_1THRPROK3 - 46
d_112ens_1ALALEUK59 - 358
d_121ens_1THRPROL1 - 44
d_122ens_1ALALEUL54 - 353

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.701112835297, -0.707216480417, -0.0910255019719), (-0.706908570704, 0.672668206882, 0.218626979384), (-0.0933866416924, 0.217628888885, -0.971553705091)-215.515641014, -73.9332118748, -128.047270151
2given(0.646610506973, -0.589598412234, 0.484012979748), (-0.756922853496, -0.417167384003, 0.50302998676), (-0.0946712529147, -0.691624960521, -0.716025326267)4.34171266095, -47.2505460803, -130.382565287
3given(-0.0791645496243, -0.71371809539, -0.695945008169), (0.746101495879, 0.420575881866, -0.516186483201), (0.661109319198, -0.560109282109, 0.499211438336)-154.244247968, 79.6590276633, 34.3967866515
4given(0.334787320467, 0.942162737654, -0.0157106916139), (0.267649527271, -0.0790938186667, 0.960264493981), (0.903482805927, -0.325689336063, -0.278649018963)-8.26244950302, 17.643237526, -6.85637487775
5given(-0.910873677383, 0.366651537397, 0.189409065189), (-0.204160154811, -0.00148557270601, -0.97893637396), (-0.358647145589, -0.930357158944, 0.0762088037103)-150.276609851, -154.898405281, -142.125012697
6given(-0.712594573999, -0.61607550617, 0.335648542087), (0.631881035664, -0.355702462744, 0.688623347532), (-0.304852964354, 0.702799209373, 0.642758073796)-148.585332294, 93.5560914911, 25.4371784291
7given(0.89968641903, 0.197501842666, -0.38930369836), (-0.236998308793, -0.527941797574, -0.81554231037), (-0.366600803385, 0.825996658902, -0.42817446262)8.46373041629, -103.043930813, -45.2780607478
8given(-0.515786386042, 0.148606375278, -0.843730140033), (0.561844968121, 0.802155145086, -0.202181490275), (0.646757014474, -0.578327993823, -0.497234447509)-123.293149084, 67.2120753095, -58.6859153209
9given(0.349082804419, 0.266199073501, 0.898487200202), (-0.935842612392, 0.0495393011002, 0.348918991282), (0.0483714842607, -0.962644228629, 0.266413754519)86.2600639367, -86.4521476266, -87.9191439694
10given(-0.163006536333, 0.837551386457, 0.521475353354), (0.811726522604, -0.186594349903, 0.553428045084), (0.560828781014, 0.513507763941, -0.649446575754)-0.26753632398, 82.6317408376, -87.466662426
11given(-0.569915286085, 0.778903078477, -0.261737580461), (-0.49376740187, -0.579235374444, -0.648598592231), (-0.656803105609, -0.24040876717, 0.714712043505)-96.0828026173, -149.540917267, -159.070813149

-
要素

#1: タンパク質
SAVED domain-containing protein / CBASS Cap5


分子量: 42769.238 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2P0QGK5
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.21 % / 解説: rectangular bipyramid
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1 M trisodium citrate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.16→112.733 Å / Num. obs: 85862 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 129.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 3.16→3.337 Å / Num. unique obs: 4294 / CC1/2: 0.541 / % possible all: 51.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc7_3834精密化
PHENIX1.18rc7_3834精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.16→112.73 Å / SU ML: 0.4335 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.5183
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2935 2000 2.33 %
Rwork0.2397 83838 -
obs0.2409 85838 89.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 121.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.16→112.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32950 0 12 0 32962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006233718
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.047945929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06135145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00616106
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.89512490
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.25872048205
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.29596094839
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.98585707163
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.84921493356
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.01348233096
ens_1d_7AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.74580168646
ens_1d_8AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.23018873014
ens_1d_9AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.08854685701
ens_1d_10AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.09450104543
ens_1d_11AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.99273410193
ens_1d_12AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.56850259136
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.16-3.240.3777200.3479832X-RAY DIFFRACTION12.58
3.24-3.330.4005710.34392984X-RAY DIFFRACTION45.05
3.33-3.430.37781380.33095774X-RAY DIFFRACTION87.29
3.43-3.540.36081580.3246633X-RAY DIFFRACTION99.96
3.54-3.660.37851580.31546618X-RAY DIFFRACTION99.99
3.66-3.810.36881590.29246656X-RAY DIFFRACTION99.93
3.81-3.980.35191590.29196674X-RAY DIFFRACTION99.97
3.98-4.190.3211590.27176689X-RAY DIFFRACTION100
4.19-4.460.31221600.25346684X-RAY DIFFRACTION100
4.46-4.80.28481600.23536724X-RAY DIFFRACTION99.97
4.8-5.280.27211600.23156729X-RAY DIFFRACTION99.91
5.28-6.050.3161620.25566797X-RAY DIFFRACTION99.96
6.05-7.620.30931640.24536867X-RAY DIFFRACTION99.99
7.62-112.730.23081720.18177177X-RAY DIFFRACTION99.53

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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