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- PDB-8flh: Bruton's tyrosine kinase in complex with an orthosteric inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8flh
タイトルBruton's tyrosine kinase in complex with an orthosteric inhibitor
要素Tyrosine-protein kinase BTK
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / tyrosine protein kinase BTK / LIGASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of B cell cytokine production / regulation of B cell apoptotic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / eosinophil homeostasis / proteoglycan catabolic process / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell ...regulation of B cell cytokine production / regulation of B cell apoptotic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / eosinophil homeostasis / proteoglycan catabolic process / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell / neutrophil homeostasis / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to molecule of fungal origin / positive regulation of type I hypersensitivity / MyD88 deficiency (TLR2/4) / cellular response to interleukin-7 / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / phospholipase activator activity / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of B cell proliferation / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Fc-epsilon receptor signaling pathway / mesoderm development / B cell activation / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / phospholipase binding / cell maturation / positive regulation of B cell proliferation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / positive regulation of phagocytosis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cellular response to reactive oxygen species / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / apoptotic signaling pathway / calcium-mediated signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / positive regulation of interleukin-6 production / G beta:gamma signalling through BTK / positive regulation of tumor necrosis factor production / DAP12 signaling / G alpha (12/13) signalling events / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle / protein tyrosine kinase activity / response to lipopolysaccharide / G alpha (q) signalling events / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular signal transduction / membrane raft / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Y8H / Tyrosine-protein kinase BTK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Metrick, C.M. / Marcotte, D.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Discovery of structural diverse reversible BTK inhibitors utilized to develop a novel in vivo CD69 and CD86 PK/PD mouse model.
著者: Vandeveer, G.H. / Arduini, R.M. / Baker, D.P. / Barry, K. / Bohnert, T. / Bowden-Verhoek, J.K. / Conlon, P. / Cullen, P.F. / Guan, B. / Jenkins, T.J. / Liao, S.Y. / Lin, L. / Liu, Y.T. / ...著者: Vandeveer, G.H. / Arduini, R.M. / Baker, D.P. / Barry, K. / Bohnert, T. / Bowden-Verhoek, J.K. / Conlon, P. / Cullen, P.F. / Guan, B. / Jenkins, T.J. / Liao, S.Y. / Lin, L. / Liu, Y.T. / Marcotte, D. / Mertsching, E. / Metrick, C.M. / Negrou, E. / Powell, N. / Scott, D. / Silvian, L.F. / Hopkins, B.T.
履歴
登録2022年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2844
ポリマ－32,6801
非ポリマー6043
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.974, 104.724, 38.056
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase BTK / Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase


分子量: 32680.471 Da / 分子数: 1 / 断片: Protein kinase domain residues 382-659 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTK, AGMX1, ATK, BPK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q06187, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-Y8H / 2-(3,5-dichloroanilino)-1-{(3R)-3-[methyl(7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)amino]azepan-1-yl}ethan-1-one


分子量: 447.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24Cl2N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: bis-tris, ammonium salt, PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 41951 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 18.17 Å2 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.55→1.98 Å / Num. unique obs: 21320 / Rrim(I) all: 0.357

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→30.78 Å / SU ML: 0.2105 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2012
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 2113 5.04 %
Rwork0.1956 39829 -
obs0.1972 41942 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→30.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2128 0 38 305 2471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00722273
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91763079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0517326
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3446851
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.580.32091030.30642169X-RAY DIFFRACTION80.91
1.58-1.620.27941070.28162551X-RAY DIFFRACTION95.44
1.62-1.670.28781370.26172674X-RAY DIFFRACTION99.5
1.67-1.720.2751610.23992647X-RAY DIFFRACTION99.82
1.72-1.770.30871310.24632668X-RAY DIFFRACTION99.68
1.77-1.840.3071540.26412649X-RAY DIFFRACTION99.61
1.84-1.910.32111320.26562664X-RAY DIFFRACTION99.4
1.91-20.29461520.25552658X-RAY DIFFRACTION99.26
2-2.10.24321650.1932655X-RAY DIFFRACTION99.54
2.1-2.230.21511390.18022695X-RAY DIFFRACTION99.72
2.23-2.410.22191430.18842697X-RAY DIFFRACTION99.4
2.41-2.650.24531210.1822731X-RAY DIFFRACTION99.86
2.65-3.030.20371490.18762722X-RAY DIFFRACTION99.65
3.03-3.820.20161590.16912758X-RAY DIFFRACTION99.69
3.82-30.780.17681600.16072891X-RAY DIFFRACTION99.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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