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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fko | ||||||
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タイトル | Crystal structure of HPK1 kinase domain T165E,S171E phosphomimetic mutant in complex with 3-{4-[(2S,5R)-5-Amino-2-methylpiperidin-1-yl]-6-chloro-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl}benzonitrile | ||||||
要素 | Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/INHIBITOR / inhibitor (酵素阻害剤) / hematopoietic / kinase (キナーゼ) / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation ...MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.104 Å | ||||||
データ登録者 | McTigue, M. / Johnson, E. / Cronin, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Design and Synthesis of Functionally Active 5-Amino-6-Aryl Pyrrolopyrimidine Inhibitors of Hematopoietic Progenitor Kinase 1. 著者: Gallego, R.A. / Bernier, L. / Chen, H. / Cho-Schultz, S. / Chung, L. / Collins, M. / Del Bel, M. / Elleraas, J. / Costa Jones, C. / Cronin, C.N. / Edwards, M. / Fang, X. / Fisher, T. / He, M. ...著者: Gallego, R.A. / Bernier, L. / Chen, H. / Cho-Schultz, S. / Chung, L. / Collins, M. / Del Bel, M. / Elleraas, J. / Costa Jones, C. / Cronin, C.N. / Edwards, M. / Fang, X. / Fisher, T. / He, M. / Hoffman, J. / Huo, R. / Jalaie, M. / Johnson, E. / Johnson, T.W. / Kania, R.S. / Kraus, M. / Lafontaine, J. / Le, P. / Liu, T. / Maestre, M. / Matthews, J. / McTigue, M. / Miller, N. / Mu, Q. / Qin, X. / Ren, S. / Richardson, P. / Rohner, A. / Sach, N. / Shao, L. / Smith, G. / Su, R. / Sun, B. / Timofeevski, S. / Tran, P. / Wang, S. / Wang, W. / Zhou, R. / Zhu, J. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fko.cif.gz | 338.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fko.ent.gz | 275.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fko.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/8fko ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/8fko | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37141.656 Da / 分子数: 6 / 変異: S165E, T171E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-Y3O / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 % |
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結晶化 | 温度: 286.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 15 mg/mL protein + reservoir (0.1 M Tris, pH 8.0, 17.5% 1,6-hexanediol, 10 mM magnesium sulfate, 24 mM barium acetate) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 180 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→52.91 Å / Num. obs: 110855 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 16208 / CC1/2: 0.774 / % possible all: 96.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 6NG0 解像度: 2.104→52.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU R Cruickshank DPI: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.223 / SU Rfree Blow DPI: 0.187 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.191
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原子変位パラメータ | Biso mean: 46.43 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.104→52.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.104→2.12 Å
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