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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fjm | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Trypanosoma brucei DOT1A histone H3K76 methyltransferase in complex with AdoHcy - P212121 space group | ||||||
要素 | Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / HISTONE LYSINE METHYLTRANSFERASE / Histone-modifying enzyme / DOT1A / Trypanosoma brucei / AdoHcy complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H3K79 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / DNA damage checkpoint signaling / chromosome / methylation / DNA repair / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Frisbie, V.S. / Hashimoto, H. / Debler, E.W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure and Mechanism of the atypical Trypanosoma brucei DOT1A histone H3K76 methyltransferase 著者: Frisbie, V.S. / Hashimoto, H. / Xie, Y. / Baeza, J. / Nguyen, T. / Yuan, Z. / Garcia, B.A. / Debler, E.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fjm.cif.gz | 336.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fjm.ent.gz | 248.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fjm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fjm_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fjm_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8fjm_validation.xml.gz | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fjm_validation.cif.gz | 33.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/8fjm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/8fjm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fjnC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29325.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ) 株: Lister / 遺伝子: Tb08.26N11.380, Tb927.8.1920 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q581Z0, [histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase |
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-非ポリマー , 5種, 360分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-ACT / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 10% (w/v) PEG 3,000, 200 mM calcium acetate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→40.81 Å / Num. obs: 47091 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 20.52 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rpim(I) all: 0.053 / Rsym value: 0.161 / Χ2: 0.907 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4561 / CC1/2: 0.963 / CC star: 0.991 / Rpim(I) all: 0.531 / Rsym value: 1.323 / Χ2: 0.951 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→40.81 Å / SU ML: 0.162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.4043 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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