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- PDB-8fjm: Crystal Structure of the Trypanosoma brucei DOT1A histone H3K76 m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fjm
タイトルCrystal Structure of the Trypanosoma brucei DOT1A histone H3K76 methyltransferase in complex with AdoHcy - P212121 space group
要素Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
キーワードTRANSFERASE / HISTONE LYSINE METHYLTRANSFERASE / Histone-modifying enzyme / DOT1A / Trypanosoma brucei / AdoHcy complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / histone H3K79 trimethyltransferase activity / subtelomeric heterochromatin formation / DNA damage checkpoint signaling / chromosome / methylation / chromosome, telomeric region / DNA repair / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 domain / Histone H3-K79 methyltransferase / Histone methylation protein DOT1 / Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 (EC 2.1.1.43) domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Frisbie, V.S. / Hashimoto, H. / Debler, E.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI165840-01A1 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Two DOT1 enzymes cooperatively mediate efficient ubiquitin-independent histone H3 lysine 76 tri-methylation in kinetoplastids.
著者: Frisbie, V.S. / Hashimoto, H. / Xie, Y. / De Luna Vitorino, F.N. / Baeza, J. / Nguyen, T. / Yuan, Z. / Kiselar, J. / Garcia, B.A. / Debler, E.W.
履歴
登録2022年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
B: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6909
ポリマ－58,6522
非ポリマー1,0397
水6,359353
1
A: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8164
ポリマ－29,3261
非ポリマー4903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8755
ポリマ－29,3261
非ポリマー5494
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.934, 81.625, 170.115
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific / Histone H3-K79 methyltransferase / DOT1A


分子量: 29325.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
株: Lister / 遺伝子: Tb08.26N11.380, Tb927.8.1920 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q581Z0, [histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 360分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% (w/v) PEG 3,000, 200 mM calcium acetate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40.81 Å / Num. obs: 47091 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 20.52 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rpim(I) all: 0.053 / Rsym value: 0.161 / Χ2: 0.907 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4561 / CC1/2: 0.963 / CC star: 0.991 / Rpim(I) all: 0.531 / Rsym value: 1.323 / Χ2: 0.951 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→40.81 Å / SU ML: 0.162 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.4043
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1855 2796 4.75 %
Rwork0.16 56056 -
obs0.1612 42001 66.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3921 0 60 353 4334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00434072
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7495499
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0438600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.20391530
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.930.2969490.2634985X-RAY DIFFRACTION23.47
1.93-1.970.335560.23581130X-RAY DIFFRACTION26.79
1.97-20.2699660.22591305X-RAY DIFFRACTION30.5
2-2.050.2712780.22381606X-RAY DIFFRACTION38.21
2.05-2.090.2392960.23491876X-RAY DIFFRACTION43.66
2.09-2.140.25931080.21392101X-RAY DIFFRACTION50.08
2.14-2.190.23741140.21042205X-RAY DIFFRACTION51.9
2.19-2.250.22271250.19732396X-RAY DIFFRACTION57.07
2.25-2.320.18631300.18212543X-RAY DIFFRACTION59.67
2.32-2.390.21241320.16972636X-RAY DIFFRACTION62.67
2.39-2.480.20791370.16242832X-RAY DIFFRACTION65.74
2.48-2.580.20321510.16992962X-RAY DIFFRACTION70.72
2.58-2.690.22281580.16543194X-RAY DIFFRACTION75.55
2.69-2.840.23111560.17163363X-RAY DIFFRACTION78.94
2.84-3.010.1832000.15583915X-RAY DIFFRACTION92
3.01-3.250.18961950.15284104X-RAY DIFFRACTION96.93
3.25-3.570.172080.14594232X-RAY DIFFRACTION99.62
3.57-4.090.14382090.12834197X-RAY DIFFRACTION99.46
4.09-5.150.12932180.12834254X-RAY DIFFRACTION99.91
5.15-40.810.20512100.17894220X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.30255037277-0.7144378425331.759247834691.45692350415-1.070779267714.993743384070.2683599334640.30165493837-0.336225475157-0.160145200852-0.121559142412-0.003083557280180.599589249550.490297200214-0.1936851056960.2185100655180.0797209242768-0.01016080181830.179189504987-0.01966066469160.203390048692.17149181637-5.86002517666-33.1229207764
21.573444184652.879525996981.446021183288.371017403774.391299080855.35353544740.04644196568260.2419297747550.205287071934-0.3955675056590.01761895286330.113766694862-0.461357708480.0611832544721-0.0784984974980.224007367040.05713211177540.05197257203430.2205295059480.04617155078390.161905055934-5.5866607689517.6520307735-32.5084184876
32.44771871154-0.422943180474-0.5701351059254.109288567040.6807421535934.975494624540.07631839971840.1091822336460.1369415122830.1111787060670.0741595774726-0.175986405888-0.3316640668520.202474204038-0.1710874748850.1105747638260.03695066143780.004381016550340.1289820185770.01587299594670.1302705016110.01435517727697.26984234906-25.3134371456
42.180168729880.9825880363910.9061869160385.285685886741.264584618633.875779452590.0581640052751-0.0891388479952-0.0327151262669-0.103328698216-0.0754805786890.0549683933584-0.0787496326219-0.3506118042510.0004510216121040.06069553561630.02357123270660.004648044255430.1580957402650.00257460110080.112762116792-10.39249619366.7216417725-20.8079381606
51.62786373718-0.1981737244780.407618052511.53366857717-0.8014131771032.600549099060.01305344607870.07674302578160.1357845198990.03859195344050.0621663920460.18377219113-0.398789034704-0.464771322964-0.05043591388090.1945130271780.08189005687930.04300277642140.1888036304060.007462906623090.215020853638-14.291481388414.6567336414-22.9457743766
63.329966041421.00519121423-1.157297243422.63684438646-0.5506193513754.660674240670.0234321886471-0.09572372864930.1200152094560.07641138538970.05427120964660.00606695630909-0.110824260833-0.0254163205553-0.07625159663040.09811671758240.0125722624569-0.01140623485410.06818599085550.01642808985530.108974653922-3.443854282065.21631188418-8.77560177689
71.72344584381-0.966444589510.3219054440812.01168167136-1.356653062635.294321395580.07253176486810.06895411432110.1031574366680.036790638022-0.119399520853-0.1873120029770.01020397478230.452003692540.06593834057980.0888590357913-0.0144438294592-0.002560864183090.13423187984-0.003506484464840.1629513202396.96927993591-0.751834485423-15.4736008396
81.354180878420.4368313157360.2878871430042.858196635530.3148288400753.58283160915-0.1951879246610.149039994355-0.0471139865212-0.1980445208550.077446657094-0.151091462706-0.3587195700510.0630635758440.09416777203850.224797267987-0.0533430658477-0.02868712329540.1605985187940.02728730161630.1425124999718.47786051419-32.4243448478-31.4576198713
91.580952889590.1309057621661.301666275421.34912697478-0.1089005339313.38460541848-0.154910906718-0.1789396923340.07619915654290.02531696397010.03204576099780.0531646213104-0.336876705689-0.3634275017170.08500236526720.1357647238610.04241688263470.002230350390650.1554082403090.01036096645730.1485200442444.71456394676-36.3990848707-14.2035038079
101.078826672971.4160045852-1.065914397733.36637607146-0.8348889387124.67624475485-0.2537032684520.1980944787710.275631370015-0.1888573801370.2614039262960.336540939258-1.05971972592-0.329544546946-0.08385510228290.335582285932-0.0039238209013-0.06666717824160.1549881733740.02444403891410.2212892250778.3347711984-25.2222739806-22.0040077873
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 45 through 78 )AA45 - 781 - 34
22chain 'A' and (resid 79 through 104 )AA79 - 10435 - 60
33chain 'A' and (resid 105 through 123 )AA105 - 12361 - 79
44chain 'A' and (resid 124 through 160 )AA124 - 16080 - 116
55chain 'A' and (resid 161 through 200 )AA161 - 200117 - 156
66chain 'A' and (resid 201 through 245 )AA201 - 245157 - 201
77chain 'A' and (resid 246 through 295 )AA246 - 295202 - 251
88chain 'B' and (resid 44 through 123 )BB44 - 1231 - 67
99chain 'B' and (resid 124 through 274 )BB124 - 27468 - 218
1010chain 'B' and (resid 275 through 295 )BB275 - 295219 - 239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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