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Yorodumi- PDB-8fjm: Crystal Structure of the Trypanosoma brucei DOT1A histone H3K76 m... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8fjm | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Trypanosoma brucei DOT1A histone H3K76 methyltransferase in complex with AdoHcy - P212121 space group | ||||||
Components | Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / HISTONE LYSINE METHYLTRANSFERASE / Histone-modifying enzyme / DOT1A / Trypanosoma brucei / AdoHcy complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information histone H3K79 trimethyltransferase activity / [histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / DNA damage checkpoint signaling / chromosome / methylation / DNA repair / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma brucei brucei TREU927 (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Frisbie, V.S. / Hashimoto, H. / Debler, E.W. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structure and Mechanism of the atypical Trypanosoma brucei DOT1A histone H3K76 methyltransferase Authors: Frisbie, V.S. / Hashimoto, H. / Xie, Y. / Baeza, J. / Nguyen, T. / Yuan, Z. / Garcia, B.A. / Debler, E.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8fjm.cif.gz | 336.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8fjm.ent.gz | 248.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8fjm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/8fjm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/8fjm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8fjnC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 29325.762 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (eukaryote) Strain: Lister / Gene: Tb08.26N11.380, Tb927.8.1920 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q581Z0, [histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase |
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-Non-polymers , 5 types, 360 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-ACT / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 10% (w/v) PEG 3,000, 200 mM calcium acetate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 22, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→40.81 Å / Num. obs: 47091 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 20.52 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rpim(I) all: 0.053 / Rsym value: 0.161 / Χ2: 0.907 / Net I/σ(I): 14.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4561 / CC1/2: 0.963 / CC star: 0.991 / Rpim(I) all: 0.531 / Rsym value: 1.323 / Χ2: 0.951 / % possible all: 99.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9→40.81 Å / SU ML: 0.162 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.4043 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→40.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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