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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fj5 | ||||||
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タイトル | Structure of the Haloferax volcanii archaeal type IV pilus | ||||||
要素 | Pilin_N domain-containing protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Archaea / type IV pili | ||||||
機能・相同性 | Archaeal Type IV pilin, N-terminal / Archaeal Type IV pilin, N-terminal / Flagellin/pilin, N-terminal / membrane / Archaeal Type IV pilin N-terminal domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Haloferax volcanii (古細菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, F. / Kreutzberger, M.A. / Baquero, D.P. / Krupovic, M. / Egelman, E.H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: The evolution of archaeal flagellar filaments. 著者: Mark A B Kreutzberger / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Ying Liu / Diana P Baquero / Junfeng Liu / Ravi R Sonani / Chris R Calladine / Fengbin Wang / Mart Krupovic / Edward H Egelman / 要旨: Flagellar motility has independently arisen three times during evolution: in bacteria, archaea, and eukaryotes. In prokaryotes, the supercoiled flagellar filaments are composed largely of a single ...Flagellar motility has independently arisen three times during evolution: in bacteria, archaea, and eukaryotes. In prokaryotes, the supercoiled flagellar filaments are composed largely of a single protein, bacterial or archaeal flagellin, although these two proteins are not homologous, while in eukaryotes, the flagellum contains hundreds of proteins. Archaeal flagellin and archaeal type IV pilin are homologous, but how archaeal flagellar filaments (AFFs) and archaeal type IV pili (AT4Ps) diverged is not understood, in part, due to the paucity of structures for AFFs and AT4Ps. Despite having similar structures, AFFs supercoil, while AT4Ps do not, and supercoiling is essential for the function of AFFs. We used cryo-electron microscopy to determine the atomic structure of two additional AT4Ps and reanalyzed previous structures. We find that all AFFs have a prominent 10-strand packing, while AT4Ps show a striking structural diversity in their subunit packing. A clear distinction between all AFF and all AT4P structures involves the extension of the N-terminal α-helix with polar residues in the AFFs. Additionally, we characterize a flagellar-like AT4P from with filament and subunit structure similar to that of AFFs which can be viewed as an evolutionary link, showing how the structural diversity of AT4Ps likely allowed for an AT4P to evolve into a supercoiling AFF. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fj5.cif.gz | 406.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fj5.ent.gz | 340.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fj5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fj5_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fj5_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8fj5_validation.xml.gz | 54.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fj5_validation.cif.gz | 90.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/8fj5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/8fj5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 29215MC 7txiC 8fjsC 8fk0C 8fk7C 8gi2C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14841.991 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haloferax volcanii (strain ATCC 29605 / DSM 3757 / JCM 8879 / NBRC 14742 / NCIMB 2012 / VKM B-1768 / DS2) (古細菌) 株: ATCC 29605 / DSM 3757 / JCM 8879 / NBRC 14742 / NCIMB 2012 / VKM B-1768 / DS2 遺伝子: C498_05598 / 発現宿主: Haloferax volcanii (古細菌) / 参照: UniProt: A0A384KE22 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Archaeal type IV pilus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Haloferax volcanii (古細菌) 株: ATCC 29605 / DSM 3757 / JCM 8879 / NBRC 14742 / NCIMB 2012 / VKM B-1768 / DS2 |
由来(組換発現) | 生物種: Haloferax volcanii (古細菌) |
緩衝液 | pH: 6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 106.297 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.155 Å / らせん対称軸の対称性: C1 |
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1660828 / 対称性のタイプ: HELICAL |