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- PDB-8fim: Structure of APOBEC3A (E72A inactive mutant) in complex with TTC-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fim
タイトルStructure of APOBEC3A (E72A inactive mutant) in complex with TTC-hairpin DNA substrate
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*T)-3')
  • DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A
キーワードDNA BINDING PROTEIN / APOBEC / APOBEC3A / A3A / APOBEC3A E72A mutant / cancer / DNA / mutation / cytidine deaminase / hairpin DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation ...mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / negative regulation of viral genome replication / P-body / defense response to virus / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Harjes, S. / Jameson, G.B. / Harjes, E. / Filichev, V.V. / Kurup, H.M.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Health Research Council (HRC)20/1355 ニュージーランド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure-guided inhibition of the cancer DNA-mutating enzyme APOBEC3A.
著者: Harjes, S. / Kurup, H.M. / Rieffer, A.E. / Bayarjargal, M. / Filitcheva, J. / Su, Y. / Hale, T.K. / Filichev, V.V. / Harjes, E. / Harris, R.S. / Jameson, G.B.
履歴
登録2022年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A
H: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,45211
ポリマ－53,8354
非ポリマー1,6177
水28816
1
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A
C: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7736
ポリマ－26,9182
非ポリマー8564
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area12000 Å2
手法PISA
2
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A
H: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6785
ポリマ－26,9182
非ポリマー7613
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area11870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.917, 56.904, 91.549
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12H
22C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGASNASNAA10 - 19610 - 196
21ARGARGASNASNBB10 - 19610 - 196
12DTDTDTDTHC-7 - 51 - 13
22DTDTDTDTCD-7 - 51 - 13

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABHC

#1: タンパク質 DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A / A3A / Phorbolin-1


分子量: 22982.979 Da / 分子数: 2 / 変異: E72A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3A / プラスミド: pETite / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P31941, single-stranded DNA cytosine deaminase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*CP*T)-3')


分子量: 3934.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 23分子

#3: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 % / 解説: Tiny flattened needle
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: A3A-E72A (50 mM MES pH 6.0, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.2 mM EDTA) was mixed with oligonucleotides (10 mM Tris/HCl pH 7.9, 1 mM EDTA) at 0.85 mM and 1.7 mM respectively. Dilution was done with ...詳細: A3A-E72A (50 mM MES pH 6.0, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 0.2 mM EDTA) was mixed with oligonucleotides (10 mM Tris/HCl pH 7.9, 1 mM EDTA) at 0.85 mM and 1.7 mM respectively. Dilution was done with protein buffer. The mixture was added to crystallization liquid 1 to 1 and the mixture was pipetted on siliconized glass disks and sealed on top of a reservoir of crystallization liquid for hanging drop crystallization at 12 degrees Celsius. The crystallization liquid has the following composition: 100 mM Bicine at pH 6.6, 200 mM NaCl, 20 mM putrescine, 1 mM TCEP, 1 mM inositol hexaphosphate (phytic acid) and 45 % pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953739 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月22日 / 詳細: 1 vertical and 2 horizontal focussing mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953739 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→47.99 Å / Num. obs: 26243 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 51 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.46 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.22→2.29 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.535 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2098 / CC1/2: 0.332 / Rpim(I) all: 0.979 / Rrim(I) all: 1.826 / Χ2: 0.31 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JBluIce-EPICSデータ収集
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
pointlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KEG

5keg


解像度: 2.22→47.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 27.009 / SU ML: 0.299 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2772 1309 5 %RANDOM
Rwork0.2376 ---
obs0.2396 24929 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 162.28 Å2 / Biso mean: 62.63 Å2 / Biso min: 38.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.59 Å2-0 Å21.65 Å2
2--1.02 Å2-0 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.22→47.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3026 520 81 16 3643
Biso mean--112.97 49.14 -
残基数----400
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133789
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0153076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.871.6615272
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3191.5777056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3645374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.70421.071196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.25615472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.661526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02938
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A59400.11
12B59400.11
21H11600.06
22C11600.06
LS精密化 シェル解像度: 2.22→2.276 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 75 -
Rwork0.372 1560 -
obs--81.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6446-0.02850.05230.89380.19431.1965-0.0166-0.0365-0.0321-0.09360.11350.0097-0.02120.1375-0.09680.6446-0.0297-0.16040.0291-0.02950.3231.418-0.0142.32
20.9950.0421-0.35441.7657-0.66033.57510.047-0.1858-0.0458-0.02420.0653-0.0442-0.25720.3207-0.11230.6749-0.0299-0.1730.062400.290626.75-10.88112.38
30.6661-0.34160.97785.6585-1.26062.51550.03280.30360.2509-0.20330.26650.10270.01850.2121-0.29930.7705-0.15490.00680.30560.21130.54291.3611.92821.308
43.34972.2688-0.21014.63850.91570.9738-0.2837-0.31220.2095-0.04550.32620.69740.367-0.1346-0.04250.7737-0.1194-0.03950.30940.23390.5556.301-23.71815.258
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 196
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 196
3X-RAY DIFFRACTION3C-7 - 5
4X-RAY DIFFRACTION4H-7 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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