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- PDB-8fib: Crystal Structure of Erwinia tracheiphila CYP114 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fib
タイトルCrystal Structure of Erwinia tracheiphila CYP114
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / gibberellin
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Erwinia tracheiphila PSU-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Stewart Jr., C.E. / Nagel, R.
資金援助 米国, ドイツ, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131885 米国
German Research Foundation (DFG)NA 1261/1-2 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Dual factors required for cytochrome-P450-mediated hydrocarbon ring contraction in bacterial gibberellin phytohormone biosynthesis.
著者: Nagel, R. / Alexander, L.E. / Stewart Jr., C.E. / Peters, R.J.
履歴
登録2022年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4982
ポリマ－48,8811
非ポリマー6161
水6,323351
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.931, 97.410, 107.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-602-

HOH

21A-618-

HOH

31A-857-

HOH

41A-890-

HOH

51A-949-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450


分子量: 48881.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Erwinia tracheiphila PSU-1 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M2KDV0
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 % / Mosaicity: 0.3 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 20-25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.676→67.24 Å / Num. obs: 54653 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.68-1.716.91.1961844326780.6470.4841.2931.594.4
9.03-67.246.80.04127934110.9940.0170.04541.799.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.85 Å57.02 Å
Translation1.85 Å57.02 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14精密化
MOSFLM7.1.2データ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Z8O

1z8o


解像度: 1.68→67.24 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2037 2616 4.79 %
Rwork0.1602 52018 -
obs0.1623 54634 97.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.1 Å2 / Biso mean: 32.7348 Å2 / Biso min: 12.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→67.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3256 0 73 351 3680
Biso mean--18.71 37.1 -
残基数----418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073479
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9544746
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4442081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005621
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.68-1.70660.38221170.3058263894
1.7066-1.73940.351400.272265996
1.7394-1.77490.29961250.2416269896
1.7749-1.81350.24671290.2102269796
1.8135-1.85570.23571230.1965266796
1.8557-1.90210.21891380.182268997
1.9021-1.95350.25591380.1695270196
1.9535-2.0110.21371390.1634268697
2.011-2.07590.22711390.1568273497
2.0759-2.15010.18961400.1443273197
2.1501-2.23620.21441390.1335271197
2.2362-2.3380.18521400.1349273997
2.338-2.46130.19621410.138274898
2.4613-2.61550.1851410.1449273698
2.6155-2.81740.21071430.1515278598
2.8174-3.10090.19141430.1666278798
3.1009-3.54960.1961430.1574281299
3.5496-4.4720.19171460.1446284699
4.472-67.240.18351520.1645295499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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