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万見
- PDB-8fhm: RNase A-Uridine 5'-Hexaphosphate (RNaseA.p6U) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fhm
タイトルRNase A-Uridine 5'-Hexaphosphate (RNaseA.p6U)
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードRNA BINDING PROTEIN/INHIBITOR / RNase A / oligophosphate / inhibitor / nucleoside hexaphosphate / protein-ligan complex / RNA BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-U6F / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 溶液散乱 / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Park, G. / Cummins, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Experimental and Computational Studies for the Effect of Lengthening the Phosphate Chain of Nucleotide on the RNase A inhibitors.
著者: Park, G. / Cummins, C.
履歴
登録2022年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5895
ポリマ－27,4172
非ポリマー2,1723
水4,468248
1
A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4322
ポリマ－13,7081
非ポリマー7241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1563
ポリマ－13,7081
非ポリマー1,4482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.069, 32.527, 72.785
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.480, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-448-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Chain C U6F U6F U6F / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-U6F / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]oxy}phosphoryl]oxy}phosphoryl]oxy}phosphoryl]uridine


タイプ: RNA linking / 分子量: 724.081 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18N2O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
溶液散乱

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% PEG4000, 20 mM citrate, pH 6, crystal soaked in 50 mM ligand, 30% PEG4000, 25% glycerol, 20 mM citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.544178 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.544178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→30.93 Å / Num. obs: 22299 / % possible obs: 99.29 % / 冗長度: 17.13 % / Biso Wilson estimate: 17.55 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 3.13
反射 シェル解像度: 1.79→1.86 Å / Num. unique obs: 22299 / Rsym value: 0.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1AFU

1afu


解像度: 1.79→30.93 Å / SU ML: 0.214 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.7391
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2309 1137 5.1 %
Rwork0.1782 21162 -
obs0.1808 22299 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→30.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1894 0 123 248 2265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01192102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38432896
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0616303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0099349
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d34.3247311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.870.34491380.26052519X-RAY DIFFRACTION95.51
1.87-1.970.26341650.21612578X-RAY DIFFRACTION99.67
1.97-2.10.24661360.18232662X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.260.21271080.16362669X-RAY DIFFRACTION99.96
2.26-2.480.20421620.17052645X-RAY DIFFRACTION99.86
2.48-2.840.25261490.17962623X-RAY DIFFRACTION99.68
2.84-3.580.21151630.1632675X-RAY DIFFRACTION99.79
3.58-30.930.22231160.1742791X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.8943519672 Å / Origin y: -0.591650368591 Å / Origin z: 21.2729051685 Å
111213212223313233
T0.15026433969 Å2-0.0224487975764 Å2-0.0120199533713 Å2-0.135475426637 Å20.0215280981847 Å2--0.13826372585 Å2
L1.10938423004 °20.0870057887908 °2-0.622135141397 °2-0.36698113115 °20.139291729478 °2--0.844961426518 °2
S-0.0652322815583 Å °0.217895937699 Å °0.0120610905331 Å °-0.10713212516 Å °0.0522058482457 Å °-0.0143060720638 Å °0.0338776101905 Å °-0.108668606998 Å °0.0207262444522 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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