PDB-8fh9: Crystal Structure Of Aldose Reductase (AKR1B1) Complexed With NAD...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fh9

タイトル

Crystal Structure Of Aldose Reductase (AKR1B1) Complexed With NADP+ And AT-007

要素

Aldo-keto reductase family 1 member B1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / aldose reductase / D/L-glyceraldehyde reductase / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / C21-steroid hormone biosynthetic process / NADP-retinol dehydrogenase / Pregnenolone biosynthesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Arenas, R. / Wilson, D.K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure Of Aldose Reductase (AKR1B1) Complexed With NADP+ And AT-007
著者: Arenas, R. / Wilson, D.K.

履歴

登録	2022年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fh9.cif.gz	144.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fh9.ent.gz	108.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fh9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fh9_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fh9_full_validation.pdf.gz	1021.9 KB	表示
XML形式データ	8fh9_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	8fh9_validation.cif.gz	22.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/8fh9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/8fh9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Aldo-keto reductase family 1 member B1

ヘテロ分子

37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.179, 46.888, 47.296
Angle α, β, γ (deg.)	75.478, 67.366, 76.634
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Aldo-keto reductase family 1 member B1 / Aldehyde reductase / Aldose reductase / AR 分子量: 35898.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1B1, ALDR1, ALR2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: P15121, NADP-retinol dehydrogenase, D/L-glyceraldehyde reductase, allyl-alcohol dehydrogenase, aldose reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-XYK / (4-oxo-3-{[5-(trifluoromethyl)-1,3-benzothiazol-2-yl]methyl}-3,4-dihydrothieno[3,4-d]pyridazin-1-yl)acetic acid 分子量: 425.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₀F₃N₃O₃S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 3,350, 100 mM Bis-Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→36.688 Å / Num. obs: 30424 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.035 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.187 / Num. unique obs: 1727 / CC_1/2: 0.967 / R_pim(I) all: 0.187 / R_rim(I) all: 0.265

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→36.688 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.184 / WR_factor R_work: 0.151 / SU B: 1.729 / SU ML: 0.058 / Average fsc free: 0.979 / Average fsc work: 0.9868 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1818	1516	4.983 %	0.05
R_work	0.1501	28905	-	-
all	0.152	-	-	-
obs	-	30421	90.666 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.172 Å²	-0.032 Å²	0.58 Å²
2-	-	-0.761 Å²	-0.495 Å²
3-	-	-	0.717 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→36.688 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2517	0	96	148	2761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	2681
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.977	1.658	3647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.682	1.572	5864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.046	5	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.87	5.714	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.976	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.222	10	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.914	10	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	3003
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	574
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	548
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.205	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.94	1.487	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.939	1.488	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.649	2.671	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.649	2.671	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.345	1.825	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.344	1.826	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.154	3.176	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.153	3.176	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.04	17.07	3080
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.019	16.662	3063

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.211	95	0.161	2174	0.163	2520	0.974	0.982	90.0397	0.143
1.744-1.792	0.176	115	0.147	2008	0.149	2354	0.977	0.985	90.1869	0.129
1.792-1.844	0.204	106	0.139	2029	0.142	2356	0.976	0.987	90.6197	0.123
1.844-1.9	0.218	94	0.144	1960	0.147	2313	0.972	0.986	88.8024	0.125
1.9-1.962	0.181	100	0.147	1760	0.149	2205	0.978	0.985	84.3537	0.13
1.962-2.031	0.188	86	0.135	1866	0.138	2118	0.978	0.989	92.1624	0.124
2.031-2.107	0.178	90	0.142	1818	0.144	2072	0.979	0.988	92.0849	0.133
2.107-2.193	0.183	90	0.137	1741	0.139	1990	0.979	0.989	92.01	0.129
2.193-2.29	0.165	96	0.133	1586	0.135	1879	0.982	0.989	89.5157	0.126
2.29-2.402	0.153	66	0.132	1526	0.133	1842	0.982	0.989	86.4278	0.128
2.402-2.531	0.172	81	0.132	1542	0.134	1729	0.982	0.99	93.8693	0.128
2.531-2.684	0.194	75	0.134	1449	0.137	1652	0.976	0.989	92.2518	0.131
2.684-2.868	0.162	79	0.135	1353	0.136	1551	0.982	0.989	92.3275	0.136
2.868-3.096	0.155	66	0.146	1180	0.147	1424	0.985	0.988	87.5	0.152
3.096-3.389	0.177	65	0.151	1201	0.153	1333	0.982	0.986	94.9737	0.162
3.389-3.785	0.186	61	0.167	1032	0.169	1169	0.983	0.984	93.4987	0.182
3.785-4.363	0.161	52	0.156	924	0.156	1062	0.986	0.986	91.9021	0.175
4.363-5.325	0.199	41	0.172	793	0.174	895	0.983	0.987	93.1844	0.203
5.325-7.452	0.248	39	0.225	601	0.227	684	0.977	0.979	93.5673	0.253
7.452-36.688	0.188	19	0.181	362	0.182	403	0.975	0.97	94.5409	0.211

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